Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "api_access_url": "",
2
  "api_access_url": "",
            
3
  "api_response_formats": [],
3
  "api_response_formats": [],
            
4
  "api_type": "",
4
  "api_type": "",
            
5
  "author": null,
5
  "author": null,
            
6
  "author_email": null,
6
  "author_email": null,
            
7
  "citation": "Vexler, L., Byrne, S., & Milbourne, D. (2026). k-mer 
7
  "citation": "Vexler, L., Byrne, S., & Milbourne, D. (2026). k-mer 
            
8
analysis of publicly available resources enables rapid development of 
8
analysis of publicly available resources enables rapid development of 
            
9
an improved KASP marker linked to the H1 resistance locus in potato 
9
an improved KASP marker linked to the H1 resistance locus in potato 
            
10
[Dataset]. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.19629845",
10
[Dataset]. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.19629845",
            
11
  "commercial_data": "false",
11
  "commercial_data": "false",
            
12
  "conforms_to": "",
12
  "conforms_to": "",
            
13
  "contact_email": "stephen.byrne@teagasc.ie",
13
  "contact_email": "stephen.byrne@teagasc.ie",
            
14
  "contact_name": "Stephen Byrne ",
14
  "contact_name": "Stephen Byrne ",
            
15
  "creator_user_id": "68d970d0-ff26-4dfe-ab51-46dde87e3f23",
15
  "creator_user_id": "68d970d0-ff26-4dfe-ab51-46dde87e3f23",
            
16
  "data_creator": [
16
  "data_creator": [
            
17
    "Vexler, L",
17
    "Vexler, L",
            
18
    "Milbourne, D."
18
    "Milbourne, D."
            
19
  ],
19
  ],
            
20
  "doi": "https://doi.org/10.5281/zenodo.19629845",
20
  "doi": "https://doi.org/10.5281/zenodo.19629845",
            
21
  "equipment_used": "",
21
  "equipment_used": "",
            
22
  "funding_acknowledgment": "European Union Horizon Europe, IPMorama 
22
  "funding_acknowledgment": "European Union Horizon Europe, IPMorama 
            
23
project (\"Integrating breeding for IPM into the deployment landscape 
23
project (\"Integrating breeding for IPM into the deployment landscape 
            
24
for wheat, potatoes and grain legumes\"), grant agreement 101135348",
24
for wheat, potatoes and grain legumes\"), grant agreement 101135348",
            
25
  "geographic_coverage": "Teagasc Oak Park, Carlow, Ireland",
25
  "geographic_coverage": "Teagasc Oak Park, Carlow, Ireland",
            
26
  "groups": [],
26
  "groups": [],
            
27
  "high_value_data": "false",
27
  "high_value_data": "false",
            
28
  "id": "643b11d9-a4f7-4a63-8b2d-c6a4c4e071bd",
28
  "id": "643b11d9-a4f7-4a63-8b2d-c6a4c4e071bd",
            
29
  "if_not_open_why": "",
29
  "if_not_open_why": "",
            
30
  "isopen": true,
30
  "isopen": true,
            
31
  "language": "en",
31
  "language": "en",
            
32
  "license_id": "CC-BY-4.0",
32
  "license_id": "CC-BY-4.0",
            
33
  "license_title": "Creative Commons Attribution 4.0",
33
  "license_title": "Creative Commons Attribution 4.0",
            
34
  "license_url": "https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/",
34
  "license_url": "https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/",
            
35
  "maintainer": null,
35
  "maintainer": null,
            
36
  "maintainer_email": null,
36
  "maintainer_email": null,
            
37
  "metadata_created": "2026-10-07T15:31:23.391545",
37
  "metadata_created": "2026-10-07T15:31:23.391545",
            
n
38
  "metadata_modified": "2026-10-07T15:31:23.391551",
n
38
  "metadata_modified": "2026-10-08T08:28:07.436006",
            
39
  "name": 
39
  "name": 
            
40
arker-development-for-potato-h1-resistance-via-public-k-mer-analysis",
40
arker-development-for-potato-h1-resistance-via-public-k-mer-analysis",
            
41
  "notes_translated": {
41
  "notes_translated": {
            
42
    "en": "Electronic supplementary material (ESM S1-S5) for a study 
42
    "en": "Electronic supplementary material (ESM S1-S5) for a study 
            
43
that redeveloped a KASP marker for the H1 potato cyst nematode (PCN) 
43
that redeveloped a KASP marker for the H1 potato cyst nematode (PCN) 
            
44
resistance locus in potato. Bulked resequencing data from Meade et al. 
44
resistance locus in potato. Bulked resequencing data from Meade et al. 
            
45
(2020) were re-analysed with the CoSSA k-mer subtraction approach. 
45
(2020) were re-analysed with the CoSSA k-mer subtraction approach. 
            
46
H1-associated k-mers were extracted and mapped to the DM potato 
46
H1-associated k-mers were extracted and mapped to the DM potato 
            
47
reference genome, giving 99 candidate SNPs near the diagnostic 57R 
47
reference genome, giving 99 candidate SNPs near the diagnostic 57R 
            
48
marker region. Two SNPs were converted to KASP assays and tested on 
48
marker region. Two SNPs were converted to KASP assays and tested on 
            
49
three years of breeding material. One gave a modest but statistically 
49
three years of breeding material. One gave a modest but statistically 
            
50
significant improvement in classification accuracy over the previously 
50
significant improvement in classification accuracy over the previously 
            
51
published marker. The dataset documents a low-cost workflow for 
51
published marker. The dataset documents a low-cost workflow for 
            
52
turning reference-free k-mer signals from public sequence data into 
52
turning reference-free k-mer signals from public sequence data into 
            
53
breeder-ready marker assays. It contains: the k-mer datasets and set 
53
breeder-ready marker assays. It contains: the k-mer datasets and set 
            
54
operations used (S1); the effect of k-mer depth thresholds on 
54
operations used (S1); the effect of k-mer depth thresholds on 
            
55
genome-wide signal and H1 enrichment (S2, S3); multi-year KASP calls 
55
genome-wide signal and H1 enrichment (S2, S3); multi-year KASP calls 
            
56
with phenotypic PCN resistance data for the validation panel (S4); and 
56
with phenotypic PCN resistance data for the validation panel (S4); and 
            
57
the 99 candidate SNPs (S5).",
57
the 99 candidate SNPs (S5).",
            
58
    "ga": ""
58
    "ga": ""
            
59
  },
59
  },
            
60
  "num_resources": 0,
60
  "num_resources": 0,
            
61
  "num_tags": 4,
61
  "num_tags": 4,
            
62
  "open_data": "Open data",
62
  "open_data": "Open data",
            
63
  "orcid_id": "http://orcid.org/0000-0002-1179-2272",
63
  "orcid_id": "http://orcid.org/0000-0002-1179-2272",
            
64
  "organization": {
64
  "organization": {
            
65
    "approval_status": "approved",
65
    "approval_status": "approved",
            
66
    "created": "2025-09-02T11:44:16.121764",
66
    "created": "2025-09-02T11:44:16.121764",
            
67
    "description": "",
67
    "description": "",
            
68
    "id": "9cf31806-11fa-422c-b1d4-a68a52abd204",
68
    "id": "9cf31806-11fa-422c-b1d4-a68a52abd204",
            
69
    "image_url": "",
69
    "image_url": "",
            
70
    "is_organization": true,
70
    "is_organization": true,
            
71
    "name": "crops-research",
71
    "name": "crops-research",
            
72
    "state": "active",
72
    "state": "active",
            
73
    "title": "Crops Research",
73
    "title": "Crops Research",
            
74
    "type": "organization"
74
    "type": "organization"
            
75
  },
75
  },
            
76
  "owner_org": "9cf31806-11fa-422c-b1d4-a68a52abd204",
76
  "owner_org": "9cf31806-11fa-422c-b1d4-a68a52abd204",
            
77
  "personal_data_flag": "false",
77
  "personal_data_flag": "false",
            
78
  "personal_sensitive_data": "false",
78
  "personal_sensitive_data": "false",
            
79
  "private": false,
79
  "private": false,
            
80
  "provenance": "Publicly available bulked resequencing data from 
80
  "provenance": "Publicly available bulked resequencing data from 
            
81
Meade et al. (2020) were downloaded from the read archives (ESM S1). 
81
Meade et al. (2020) were downloaded from the read archives (ESM S1). 
            
82
The new KASP assays were validated on potato breeding material across 
82
The new KASP assays were validated on potato breeding material across 
            
83
three years, with PCN resistance phenotypes. k-mers were counted in 
83
three years, with PCN resistance phenotypes. k-mers were counted in 
            
84
resistant and susceptible sequencing pools, and H1-associated k-mers 
84
resistant and susceptible sequencing pools, and H1-associated k-mers 
            
85
extracted by set subtraction (CoSSA), testing several depth thresholds 
85
extracted by set subtraction (CoSSA), testing several depth thresholds 
            
86
(ESM S2, S3). The retained k-mers were mapped to the DM reference 
86
(ESM S2, S3). The retained k-mers were mapped to the DM reference 
            
87
genome to identify candidate SNPs near the 57R region (ESM S5). Two 
87
genome to identify candidate SNPs near the 57R region (ESM S5). Two 
            
88
SNPs were converted to KASP assays and their classification accuracy 
88
SNPs were converted to KASP assays and their classification accuracy 
            
89
compared with the previously published marker against phenotypic PCN 
89
compared with the previously published marker against phenotypic PCN 
            
90
resistance (ESM S4)",
90
resistance (ESM S4)",
            
91
  "publish_to_public": true,
91
  "publish_to_public": true,
            
92
  "related_resource": [
92
  "related_resource": [
            
93
    "Vexler L, Clot CR, Byrne S et al. k-mer analysis of publicly 
93
    "Vexler L, Clot CR, Byrne S et al. k-mer analysis of publicly 
            
94
available resources enables rapid development of an improved KASP 
94
available resources enables rapid development of an improved KASP 
            
95
marker linked to the H1 resistance locus in potato [version 1; peer 
95
marker linked to the H1 resistance locus in potato [version 1; peer 
            
96
review: awaiting peer review]. Open Res Europe 2026, 6:342 
96
review: awaiting peer review]. Open Res Europe 2026, 6:342 
            
97
(https://doi.org/10.12688/openreseurope.23753.1)",
97
(https://doi.org/10.12688/openreseurope.23753.1)",
            
98
    "Meade, F., Byrne, S., Griffin, D. et al. Rapid Development of 
98
    "Meade, F., Byrne, S., Griffin, D. et al. Rapid Development of 
            
99
KASP Markers for Disease Resistance Genes Using Pooled Whole-Genome 
99
KASP Markers for Disease Resistance Genes Using Pooled Whole-Genome 
            
100
Resequencing. Potato Res. 63, 57\u201373 (2020). 
100
Resequencing. Potato Res. 63, 57\u201373 (2020). 
            
101
https://doi.org/10.1007/s11540-019-09428-x",
101
https://doi.org/10.1007/s11540-019-09428-x",
            
102
    "Zenodo record 19629845, Version v1, published 17 April 2026, in 
102
    "Zenodo record 19629845, Version v1, published 17 April 2026, in 
            
103
the IPMorama community: https://doi.org/10.5281/zenodo.19629845"
103
the IPMorama community: https://doi.org/10.5281/zenodo.19629845"
            
104
  ],
104
  ],
            
105
  "relationships_as_object": [],
105
  "relationships_as_object": [],
            
106
  "relationships_as_subject": [],
106
  "relationships_as_subject": [],
            
107
  "resources": [],
107
  "resources": [],
            
108
  "rights": "https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.en",
108
  "rights": "https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.en",
            
109
  "spatial": "",
109
  "spatial": "",
            
110
  "spatial_resolution": "",
110
  "spatial_resolution": "",
            
111
  "spatial_uri": "",
111
  "spatial_uri": "",
            
112
  "srs": [],
112
  "srs": [],
            
t
113
  "state": "approval_needed",
t
113
  "state": "active",
            
114
  "supplementary_data": "",
114
  "supplementary_data": "",
            
115
  "tags": [
115
  "tags": [
            
116
    {
116
    {
            
117
      "display_name": "K-mer analysis",
117
      "display_name": "K-mer analysis",
            
118
      "id": "48f1ca86-9bd5-4897-b48f-ad2ea17db3d9",
118
      "id": "48f1ca86-9bd5-4897-b48f-ad2ea17db3d9",
            
119
      "name": "K-mer analysis",
119
      "name": "K-mer analysis",
            
120
      "state": "active",
120
      "state": "active",
            
121
      "vocabulary_id": null
121
      "vocabulary_id": null
            
122
    },
122
    },
            
123
    {
123
    {
            
124
      "display_name": "Molecular markers",
124
      "display_name": "Molecular markers",
            
125
      "id": "1c0a0a64-0649-4873-9563-77ad1fef172f",
125
      "id": "1c0a0a64-0649-4873-9563-77ad1fef172f",
            
126
      "name": "Molecular markers",
126
      "name": "Molecular markers",
            
127
      "state": "active",
127
      "state": "active",
            
128
      "vocabulary_id": null
128
      "vocabulary_id": null
            
129
    },
129
    },
            
130
    {
130
    {
            
131
      "display_name": "Potato",
131
      "display_name": "Potato",
            
132
      "id": "5de0d9de-331e-402d-b8dc-79e314862ba1",
132
      "id": "5de0d9de-331e-402d-b8dc-79e314862ba1",
            
133
      "name": "Potato",
133
      "name": "Potato",
            
134
      "state": "active",
134
      "state": "active",
            
135
      "vocabulary_id": null
135
      "vocabulary_id": null
            
136
    },
136
    },
            
137
    {
137
    {
            
138
      "display_name": "Solanum tuberosum",
138
      "display_name": "Solanum tuberosum",
            
139
      "id": "fc26d31b-4310-4ca1-8a87-67f6fe1cabb5",
139
      "id": "fc26d31b-4310-4ca1-8a87-67f6fe1cabb5",
            
140
      "name": "Solanum tuberosum",
140
      "name": "Solanum tuberosum",
            
141
      "state": "active",
141
      "state": "active",
            
142
      "vocabulary_id": null
142
      "vocabulary_id": null
            
143
    }
143
    }
            
144
  ],
144
  ],
            
145
  "temporal": "",
145
  "temporal": "",
            
146
  "theme": "crops_environment_and_land_use",
146
  "theme": "crops_environment_and_land_use",
            
147
  "title": "KASP Marker Development for Potato H1 Resistance via 
147
  "title": "KASP Marker Development for Potato H1 Resistance via 
            
148
Public K-mer Analysis",
148
Public K-mer Analysis",
            
149
  "title_translated": {
149
  "title_translated": {
            
150
    "en": "KASP Marker Development for Potato H1 Resistance via Public 
150
    "en": "KASP Marker Development for Potato H1 Resistance via Public 
            
151
K-mer Analysis",
151
K-mer Analysis",
            
152
    "ga": ""
152
    "ga": ""
            
153
  },
153
  },
            
154
  "type": "dataset",
154
  "type": "dataset",
            
155
  "update_frequency": "",
155
  "update_frequency": "",
            
156
  "url": "https://zenodo.org/records/19629845",
156
  "url": "https://zenodo.org/records/19629845",
            
157
  "version": "",
157
  "version": "",
            
158
  "vertical_extent": ""
158
  "vertical_extent": ""
            
159
}
159
}