Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "api_access_url": "",
2
  "api_access_url": "",
            
3
  "api_response_formats": [],
3
  "api_response_formats": [],
            
4
  "api_type": "",
4
  "api_type": "",
            
5
  "author": null,
5
  "author": null,
            
6
  "author_email": null,
6
  "author_email": null,
            
7
  "citation": "Byrne, S.L. (2025) Genome-Wide Association Study (GWAS) 
7
  "citation": "Byrne, S.L. (2025) Genome-Wide Association Study (GWAS) 
            
8
for heading date and crown rust resistance in perennial ryegrass 
8
for heading date and crown rust resistance in perennial ryegrass 
            
9
dataset. Teagasc Open Data Platform. ",
9
dataset. Teagasc Open Data Platform. ",
            
10
  "commercial_data": "false",
10
  "commercial_data": "false",
            
11
  "conforms_to": "",
11
  "conforms_to": "",
            
12
  "contact_email": "stephen.byrne@teagasc.ie",
12
  "contact_email": "stephen.byrne@teagasc.ie",
            
13
  "contact_name": "Dr Stephen Byrne ",
13
  "contact_name": "Dr Stephen Byrne ",
            
14
  "creator_user_id": "68d970d0-ff26-4dfe-ab51-46dde87e3f23",
14
  "creator_user_id": "68d970d0-ff26-4dfe-ab51-46dde87e3f23",
            
15
  "data_creator": [],
15
  "data_creator": [],
            
16
  "description_english": "This work aimed to identify Quantitative 
16
  "description_english": "This work aimed to identify Quantitative 
            
17
Trait Loci associated with heading date and crown rust in perennial 
17
Trait Loci associated with heading date and crown rust in perennial 
            
18
ryegrass. Full details on the collection and analysis of phenotypic 
18
ryegrass. Full details on the collection and analysis of phenotypic 
            
19
data can be found in https://doi.org/10.1038/s41598-017-03232-8 and 
19
data can be found in https://doi.org/10.1038/s41598-017-03232-8 and 
            
20
https://doi.org/10.1186/s12863-018-0613-z , and associated  raw 
20
https://doi.org/10.1186/s12863-018-0613-z , and associated  raw 
            
21
genotyping-by-sequencing (GBS) data is available at the NCBI 
21
genotyping-by-sequencing (GBS) data is available at the NCBI 
            
22
(BioProject accession PRJNA352789). When those initial studies were 
22
(BioProject accession PRJNA352789). When those initial studies were 
            
23
carried out a  pseudochromosome scale assembly of perennial ryegrass 
23
carried out a  pseudochromosome scale assembly of perennial ryegrass 
            
24
was not yet available. In this work, the GBS data has been re-analysed 
24
was not yet available. In this work, the GBS data has been re-analysed 
            
25
using the pseudochromosome  scale assembly as a reference, a new SNP 
25
using the pseudochromosome  scale assembly as a reference, a new SNP 
            
26
database established, and used to carry out a GWAS.  \r\n",
26
database established, and used to carry out a GWAS.  \r\n",
            
27
  "description_translated": "",
27
  "description_translated": "",
            
28
  "doi": "",
28
  "doi": "",
            
29
  "equipment_used": "",
29
  "equipment_used": "",
            
30
  "funding_acknowledgment": "",
30
  "funding_acknowledgment": "",
            
31
  "geographic_coverage": "",
31
  "geographic_coverage": "",
            
32
  "groups": [],
32
  "groups": [],
            
33
  "high_value_data": "false",
33
  "high_value_data": "false",
            
34
  "id": "009b6b48-0b8b-49d0-9ad9-f761ca0a7f4e",
34
  "id": "009b6b48-0b8b-49d0-9ad9-f761ca0a7f4e",
            
35
  "if_not_open_why": "",
35
  "if_not_open_why": "",
            
36
  "isopen": false,
36
  "isopen": false,
            
37
  "language": "en",
37
  "language": "en",
            
38
  "license_id": "cc-by-nc",
38
  "license_id": "cc-by-nc",
            
39
  "license_title": "CC-BY-NC",
39
  "license_title": "CC-BY-NC",
            
40
  "maintainer": null,
40
  "maintainer": null,
            
41
  "maintainer_email": null,
41
  "maintainer_email": null,
            
42
  "metadata_created": "2025-09-24T11:28:18.660767",
42
  "metadata_created": "2025-09-24T11:28:18.660767",
            
n
43
  "metadata_modified": "2025-09-24T11:28:18.660774",
n
43
  "metadata_modified": "2025-09-24T11:32:11.215888",
            
44
  "name": 
44
  "name": 
            
45
was-for-heading-date-and-crown-rust-resistance-in-perennial-ryegrass",
45
was-for-heading-date-and-crown-rust-resistance-in-perennial-ryegrass",
            
46
  "num_resources": 2,
46
  "num_resources": 2,
            
47
  "num_tags": 4,
47
  "num_tags": 4,
            
48
  "open_data": "Open data",
48
  "open_data": "Open data",
            
49
  "orcid_id": "http://orcid.org/0000-0002-1179-2272",
49
  "orcid_id": "http://orcid.org/0000-0002-1179-2272",
            
50
  "organization": {
50
  "organization": {
            
51
    "approval_status": "approved",
51
    "approval_status": "approved",
            
52
    "created": "2025-09-02T11:44:16.121764",
52
    "created": "2025-09-02T11:44:16.121764",
            
53
    "description": "",
53
    "description": "",
            
54
    "id": "9cf31806-11fa-422c-b1d4-a68a52abd204",
54
    "id": "9cf31806-11fa-422c-b1d4-a68a52abd204",
            
55
    "image_url": "",
55
    "image_url": "",
            
56
    "is_organization": true,
56
    "is_organization": true,
            
57
    "name": "crops-research",
57
    "name": "crops-research",
            
58
    "state": "active",
58
    "state": "active",
            
59
    "title": "Crops Research",
59
    "title": "Crops Research",
            
60
    "type": "organization"
60
    "type": "organization"
            
61
  },
61
  },
            
62
  "owner_org": "9cf31806-11fa-422c-b1d4-a68a52abd204",
62
  "owner_org": "9cf31806-11fa-422c-b1d4-a68a52abd204",
            
63
  "personal_data_flag": "false",
63
  "personal_data_flag": "false",
            
64
  "personal_sensitive_data": "false",
64
  "personal_sensitive_data": "false",
            
65
  "private": false,
65
  "private": false,
            
66
  "provenance": "+ Heading date Please see 
66
  "provenance": "+ Heading date Please see 
            
67
https://doi.org/10.1038/s41598-017-03232-8 for full details on data 
67
https://doi.org/10.1038/s41598-017-03232-8 for full details on data 
            
68
collection and analysis.   + Crown rust Please see 
68
collection and analysis.   + Crown rust Please see 
            
69
https://doi.org/10.1186/s12863-018-0613-z for full details on data 
69
https://doi.org/10.1186/s12863-018-0613-z for full details on data 
            
70
collection and analysis.   + SNPs SNPs were identified by mapping GBS 
70
collection and analysis.   + SNPs SNPs were identified by mapping GBS 
            
71
data for each plant back to the reference genome 
71
data for each plant back to the reference genome 
            
72
(https://doi.org/10.1186/s12864-022-08697-0) and identifying genetic 
72
(https://doi.org/10.1186/s12864-022-08697-0) and identifying genetic 
            
73
variation. SNPs are encoded as 0, 1, 2 representing homozygous for 
73
variation. SNPs are encoded as 0, 1, 2 representing homozygous for 
            
74
reference allele, heterozygous, and homozygous for alternate allele, 
74
reference allele, heterozygous, and homozygous for alternate allele, 
            
75
respectively.    + Processing and analysis scripts The GWAS was 
75
respectively.    + Processing and analysis scripts The GWAS was 
            
76
performed in R and the script outlining the analysis is included.  + 
76
performed in R and the script outlining the analysis is included.  + 
            
77
Figures and tables All figures and tables were created through R. The 
77
Figures and tables All figures and tables were created through R. The 
            
78
manhattan plots for each trait are included along with tables of 
78
manhattan plots for each trait are included along with tables of 
            
79
identified QTL. Refer to the  R script for detailed information.",
79
identified QTL. Refer to the  R script for detailed information.",
            
n
80
  "publish_to_public": "true",
n
80
  "publish_to_public": "false",
            
81
  "related_resource": [
81
  "related_resource": [
            
82
    "Byrne, S.L., Conaghan, P., Barth, S., Arojju, S.K., Casler, M., 
82
    "Byrne, S.L., Conaghan, P., Barth, S., Arojju, S.K., Casler, M., 
            
83
Michel, T., Velmurugan, J. and Milbourne, D. (2017) \u2018Using 
83
Michel, T., Velmurugan, J. and Milbourne, D. (2017) \u2018Using 
            
84
variable importance measures to identify a small set of SNPs to 
84
variable importance measures to identify a small set of SNPs to 
            
85
predict heading date in perennial ryegrass\u2019, Scientific Reports, 
85
predict heading date in perennial ryegrass\u2019, Scientific Reports, 
            
86
7(1), p.3566. doi:10.1038/s41598-017-03232-8.",
86
7(1), p.3566. doi:10.1038/s41598-017-03232-8.",
            
87
    "Arojju, S., Conaghan, P., Barth, S., Byrne, S.L., Casler, M., 
87
    "Arojju, S., Conaghan, P., Barth, S., Byrne, S.L., Casler, M., 
            
88
Lynn, D. and Milbourne, D. (2018) \u2018Genomic prediction of crown 
88
Lynn, D. and Milbourne, D. (2018) \u2018Genomic prediction of crown 
            
89
rust resistance in Lolium perenne\u2019, BMC Genetics, 19(1), p.35. 
89
rust resistance in Lolium perenne\u2019, BMC Genetics, 19(1), p.35. 
            
90
doi:10.1186/s12863-018-0613-z."
90
doi:10.1186/s12863-018-0613-z."
            
91
  ],
91
  ],
            
92
  "relationships_as_object": [],
92
  "relationships_as_object": [],
            
93
  "relationships_as_subject": [],
93
  "relationships_as_subject": [],
            
94
  "resources": [
94
  "resources": [
            
95
    {
95
    {
            
96
      "api_access_url": "",
96
      "api_access_url": "",
            
97
      "api_response_formats": [],
97
      "api_response_formats": [],
            
98
      "api_type": "",
98
      "api_type": "",
            
99
      "cache_last_updated": null,
99
      "cache_last_updated": null,
            
100
      "cache_url": null,
100
      "cache_url": null,
            
101
      "created": "2025-08-18T11:56:22.988659",
101
      "created": "2025-08-18T11:56:22.988659",
            
102
      "datastore_active": false,
102
      "datastore_active": false,
            
103
      "description": null,
103
      "description": null,
            
104
      "format": "ZIP",
104
      "format": "ZIP",
            
105
      "hash": "",
105
      "hash": "",
            
106
      "id": "2541bce1-ec6b-4957-9f16-d39f9882c6e0",
106
      "id": "2541bce1-ec6b-4957-9f16-d39f9882c6e0",
            
107
      "last_modified": null,
107
      "last_modified": null,
            
n
108
      "metadata_modified": "2025-09-24T11:28:18.646788",
n
108
      "metadata_modified": "2025-09-24T11:32:11.223779",
            
109
      "mimetype": null,
109
      "mimetype": null,
            
110
      "mimetype_inner": null,
110
      "mimetype_inner": null,
            
111
      "name": "GWAS Zip File ",
111
      "name": "GWAS Zip File ",
            
112
      "notes": "",
112
      "notes": "",
            
113
      "package_id": "009b6b48-0b8b-49d0-9ad9-f761ca0a7f4e",
113
      "package_id": "009b6b48-0b8b-49d0-9ad9-f761ca0a7f4e",
            
114
      "position": 0,
114
      "position": 0,
            
115
      "resource_type": null,
115
      "resource_type": null,
            
116
      "size": null,
116
      "size": null,
            
117
      "state": "active",
117
      "state": "active",
            
118
      "url": 
118
      "url": 
            
119
1ca0a7f4e/resource/2541bce1-ec6b-4957-9f16-d39f9882c6e0/download/___",
119
1ca0a7f4e/resource/2541bce1-ec6b-4957-9f16-d39f9882c6e0/download/___",
            
120
      "url_type": "upload"
120
      "url_type": "upload"
            
121
    },
121
    },
            
122
    {
122
    {
            
123
      "api_response_formats": [],
123
      "api_response_formats": [],
            
124
      "cache_last_updated": null,
124
      "cache_last_updated": null,
            
125
      "cache_url": null,
125
      "cache_url": null,
            
126
      "created": "2025-09-24T11:26:20.107728",
126
      "created": "2025-09-24T11:26:20.107728",
            
127
      "datastore_active": false,
127
      "datastore_active": false,
            
128
      "description": null,
128
      "description": null,
            
129
      "format": "ZIP",
129
      "format": "ZIP",
            
130
      "hash": "",
130
      "hash": "",
            
131
      "id": "e8d6497f-5040-496d-a6a9-372afd765157",
131
      "id": "e8d6497f-5040-496d-a6a9-372afd765157",
            
132
      "last_modified": null,
132
      "last_modified": null,
            
n
133
      "metadata_modified": "2025-09-24T11:28:18.648159",
n
133
      "metadata_modified": "2025-09-24T11:32:11.223944",
            
134
      "mimetype": null,
134
      "mimetype": null,
            
135
      "mimetype_inner": null,
135
      "mimetype_inner": null,
            
136
      "package_id": "009b6b48-0b8b-49d0-9ad9-f761ca0a7f4e",
136
      "package_id": "009b6b48-0b8b-49d0-9ad9-f761ca0a7f4e",
            
137
      "position": 1,
137
      "position": 1,
            
138
      "resource_type": null,
138
      "resource_type": null,
            
139
      "size": null,
139
      "size": null,
            
140
      "state": "active",
140
      "state": "active",
            
141
      "url": 
141
      "url": 
            
142
1ca0a7f4e/resource/e8d6497f-5040-496d-a6a9-372afd765157/download/___",
142
1ca0a7f4e/resource/e8d6497f-5040-496d-a6a9-372afd765157/download/___",
            
143
      "url_type": "upload"
143
      "url_type": "upload"
            
144
    }
144
    }
            
145
  ],
145
  ],
            
146
  "rights": "This license enables reusers to distribute, remix, adapt, 
146
  "rights": "This license enables reusers to distribute, remix, adapt, 
            
147
and build upon the material in any medium or format for noncommercial 
147
and build upon the material in any medium or format for noncommercial 
            
148
purposes only, and only so long as attribution is given to the 
148
purposes only, and only so long as attribution is given to the 
            
149
creator. CC BY-NC includes the following elements:\r\n\r\n BY: credit 
149
creator. CC BY-NC includes the following elements:\r\n\r\n BY: credit 
            
150
must be given to the creator.\r\n NC: Only noncommercial uses of the 
150
must be given to the creator.\r\n NC: Only noncommercial uses of the 
            
151
work are permitted.",
151
work are permitted.",
            
152
  "spatial": "",
152
  "spatial": "",
            
153
  "spatial_resolution": "",
153
  "spatial_resolution": "",
            
154
  "spatial_uri": "",
154
  "spatial_uri": "",
            
155
  "srs": [],
155
  "srs": [],
            
t
156
  "state": "approval_needed",
t
156
  "state": "active",
            
157
  "supplementary_data": "",
157
  "supplementary_data": "",
            
158
  "tags": [
158
  "tags": [
            
159
    {
159
    {
            
160
      "display_name": "Grass",
160
      "display_name": "Grass",
            
161
      "id": "1b118dc1-532d-4a23-b6c8-dee25aace6f3",
161
      "id": "1b118dc1-532d-4a23-b6c8-dee25aace6f3",
            
162
      "name": "Grass",
162
      "name": "Grass",
            
163
      "state": "active",
163
      "state": "active",
            
164
      "vocabulary_id": null
164
      "vocabulary_id": null
            
165
    },
165
    },
            
166
    {
166
    {
            
167
      "display_name": "Grassland",
167
      "display_name": "Grassland",
            
168
      "id": "732f3589-efc9-47f0-810b-a8ed20a79fe0",
168
      "id": "732f3589-efc9-47f0-810b-a8ed20a79fe0",
            
169
      "name": "Grassland",
169
      "name": "Grassland",
            
170
      "state": "active",
170
      "state": "active",
            
171
      "vocabulary_id": null
171
      "vocabulary_id": null
            
172
    },
172
    },
            
173
    {
173
    {
            
174
      "display_name": "Plant breeding",
174
      "display_name": "Plant breeding",
            
175
      "id": "37ced4f9-4834-417d-a730-a1b6dd2b2f17",
175
      "id": "37ced4f9-4834-417d-a730-a1b6dd2b2f17",
            
176
      "name": "Plant breeding",
176
      "name": "Plant breeding",
            
177
      "state": "active",
177
      "state": "active",
            
178
      "vocabulary_id": null
178
      "vocabulary_id": null
            
179
    },
179
    },
            
180
    {
180
    {
            
181
      "display_name": "Ryegrass",
181
      "display_name": "Ryegrass",
            
182
      "id": "bcd66e99-7de4-459b-a40e-ab04a81a93a5",
182
      "id": "bcd66e99-7de4-459b-a40e-ab04a81a93a5",
            
183
      "name": "Ryegrass",
183
      "name": "Ryegrass",
            
184
      "state": "active",
184
      "state": "active",
            
185
      "vocabulary_id": null
185
      "vocabulary_id": null
            
186
    }
186
    }
            
187
  ],
187
  ],
            
188
  "temporal": "",
188
  "temporal": "",
            
189
  "theme": "crops_environment_and_land_use",
189
  "theme": "crops_environment_and_land_use",
            
190
  "title": "Genome-Wide Association Study (GWAS) for heading date and 
190
  "title": "Genome-Wide Association Study (GWAS) for heading date and 
            
191
crown rust resistance in perennial ryegrass.",
191
crown rust resistance in perennial ryegrass.",
            
192
  "title_translated": {
192
  "title_translated": {
            
193
    "en": "Genome-Wide Association Study (GWAS) for heading date and 
193
    "en": "Genome-Wide Association Study (GWAS) for heading date and 
            
194
crown rust resistance in perennial ryegrass.",
194
crown rust resistance in perennial ryegrass.",
            
195
    "ga": ""
195
    "ga": ""
            
196
  },
196
  },
            
197
  "type": "dataset",
197
  "type": "dataset",
            
198
  "update_frequency": "",
198
  "update_frequency": "",
            
199
  "url": "",
199
  "url": "",
            
200
  "version": "",
200
  "version": "",
            
201
  "vertical_extent": ""
201
  "vertical_extent": ""
            
202
}
202
}