Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "api_access_url": "",
2
  "api_access_url": "",
            
3
  "api_response_formats": [],
3
  "api_response_formats": [],
            
4
  "api_type": "",
4
  "api_type": "",
            
5
  "author": null,
5
  "author": null,
            
6
  "author_email": null,
6
  "author_email": null,
            
7
  "citation": "O'Sullivan, O. (2025). MicrobiomeMilkMap 2021-2022: 
7
  "citation": "O'Sullivan, O. (2025). MicrobiomeMilkMap 2021-2022: 
            
8
Data underlying the publication \"Seasonal and geographical impact on 
8
Data underlying the publication \"Seasonal and geographical impact on 
            
9
the Irish raw milk microbiota correlates with chemical composition and 
9
the Irish raw milk microbiota correlates with chemical composition and 
            
10
climatic variables\" [Data set]. Teagasc - The Irish Agriculture and 
10
climatic variables\" [Data set]. Teagasc - The Irish Agriculture and 
            
11
Food Development Authority. https://doi.org/10.82253/ZYQK-V069",
11
Food Development Authority. https://doi.org/10.82253/ZYQK-V069",
            
12
  "commercial_data": "false",
12
  "commercial_data": "false",
            
13
  "conforms_to": "",
13
  "conforms_to": "",
            
14
  "contact_email": "orla.osullivan@teagasc.ie",
14
  "contact_email": "orla.osullivan@teagasc.ie",
            
15
  "contact_name": "Dr Orla O'Sullivan ",
15
  "contact_name": "Dr Orla O'Sullivan ",
            
16
  "creator_user_id": "68d970d0-ff26-4dfe-ab51-46dde87e3f23",
16
  "creator_user_id": "68d970d0-ff26-4dfe-ab51-46dde87e3f23",
            
17
  "data_creator": [
17
  "data_creator": [
            
18
    "Min Yap"
18
    "Min Yap"
            
19
  ],
19
  ],
            
20
  "doi": "doi.org/10.82253/ZYQK-V069",
20
  "doi": "doi.org/10.82253/ZYQK-V069",
            
21
  "equipment_used": "- Sample collection and preparation: Raw bovine 
21
  "equipment_used": "- Sample collection and preparation: Raw bovine 
            
22
milk samples (200 ml) were collected from silos from 9 locations 
22
milk samples (200 ml) were collected from silos from 9 locations 
            
23
\r\nacross Ireland weekly from March 2021 to March 2022 (n=241). The 
23
\r\nacross Ireland weekly from March 2021 to March 2022 (n=241). The 
            
24
samples were collected over 2 days, transported under 
24
samples were collected over 2 days, transported under 
            
25
\r\nrefrigeration and stored at 4 degrees C, to mimic conditions of 
25
\r\nrefrigeration and stored at 4 degrees C, to mimic conditions of 
            
26
their storage in bulk tanks or silos, for a maximum of \r\n48h before 
26
their storage in bulk tanks or silos, for a maximum of \r\n48h before 
            
27
sample processing of all samples together. Samples were prepared as 
27
sample processing of all samples together. Samples were prepared as 
            
28
follows: 30 ml of the bovine milk \r\nsample was centrifuged at 4,500 
28
follows: 30 ml of the bovine milk \r\nsample was centrifuged at 4,500 
            
29
x g for 20 min at 4 degrees C. After centrifugation, the cream and 
29
x g for 20 min at 4 degrees C. After centrifugation, the cream and 
            
30
supernatant were \r\ndiscarded, and the pellets were subjected to two 
30
supernatant were \r\ndiscarded, and the pellets were subjected to two 
            
31
washing steps, whereby the pellets were resuspended in sterile\r\nPBS 
31
washing steps, whereby the pellets were resuspended in sterile\r\nPBS 
            
32
and centrifuged at 13,000 x g for 1 minute, after which the 
32
and centrifuged at 13,000 x g for 1 minute, after which the 
            
33
supernatant was discarded, and the pellet was \r\nstored at -20 
33
supernatant was discarded, and the pellet was \r\nstored at -20 
            
34
degrees C before DNA extraction. \r\n\r\n- DNA extraction: Samples 
34
degrees C before DNA extraction. \r\n\r\n- DNA extraction: Samples 
            
35
were subjected to DNA extraction using the MolYsis complete5 kit 
35
were subjected to DNA extraction using the MolYsis complete5 kit 
            
36
(Molzym GmBH & Co. KG, \r\nBremen, Germany), with 50 microlitres of 
36
(Molzym GmBH & Co. KG, \r\nBremen, Germany), with 50 microlitres of 
            
37
DNA eluted for downstream sequencing. The MolYsis kit was used to 
37
DNA eluted for downstream sequencing. The MolYsis kit was used to 
            
38
improve\r\nmicrobiota characterization by significantly enhancing the 
38
improve\r\nmicrobiota characterization by significantly enhancing the 
            
39
microbial sequencing depth of milk samples. gDNA was \r\nquantified 
39
microbial sequencing depth of milk samples. gDNA was \r\nquantified 
            
40
using the Qubit dsDNA HS assay kit (Invitrogen) and stored at -20 
40
using the Qubit dsDNA HS assay kit (Invitrogen) and stored at -20 
            
41
degrees C before library preparation.\r\n\r\n- Shotgun metagenomic 
41
degrees C before library preparation.\r\n\r\n- Shotgun metagenomic 
            
42
sequencing: 248 samples (241 samples and 7 controls) were prepared for 
42
sequencing: 248 samples (241 samples and 7 controls) were prepared for 
            
43
shotgun metagenomic \r\nsequencing according to Illumina Nextera XT 
43
shotgun metagenomic \r\nsequencing according to Illumina Nextera XT 
            
44
library preparation kit guidelines, using unique dual indexes for 
44
library preparation kit guidelines, using unique dual indexes for 
            
45
\r\nmultiplexing with the Nextera XT index kit (Illumina). Following 
45
\r\nmultiplexing with the Nextera XT index kit (Illumina). Following 
            
46
indexing and clean-up, samples were pooled to an \r\nequimolar 
46
indexing and clean-up, samples were pooled to an \r\nequimolar 
            
47
concentration of 1 nM. Samples were sequenced in two pools, the first 
47
concentration of 1 nM. Samples were sequenced in two pools, the first 
            
48
pool containing 98 samples on an \r\nIllumina NextSeq 550 sequencing 
48
pool containing 98 samples on an \r\nIllumina NextSeq 550 sequencing 
            
49
platform with a V2 kit, and the second containing 150 samples on an 
49
platform with a V2 kit, and the second containing 150 samples on an 
            
50
Illumina NextSeq \r\n2000 sequencing platform with a P3 chip, at the 
50
Illumina NextSeq \r\n2000 sequencing platform with a P3 chip, at the 
            
51
Teagasc DNA Sequencing Facility, using standard Illumina sequencing 
51
Teagasc DNA Sequencing Facility, using standard Illumina sequencing 
            
52
\r\nprotocols. \r\n\r\n- Bioinformatic processing: Default parameters 
52
\r\nprotocols. \r\n\r\n- Bioinformatic processing: Default parameters 
            
53
were applied for all the bioinformatic tools unless otherwise 
53
were applied for all the bioinformatic tools unless otherwise 
            
54
specified. \r\nQuality checks and adapter trimming were performed with 
54
specified. \r\nQuality checks and adapter trimming were performed with 
            
55
FastQC (0.11.8) and cutadapt (2.6) and host reads were aligned \r\nto 
55
FastQC (0.11.8) and cutadapt (2.6) and host reads were aligned \r\nto 
            
56
the bovine genome (Bos taurus) and removed with Bowtie2 (2.4.4). 
56
the bovine genome (Bos taurus) and removed with Bowtie2 (2.4.4). 
            
57
Taxonomic classification was performed with Kraken2 \r\n(2.0.7) (32) 
57
Taxonomic classification was performed with Kraken2 \r\n(2.0.7) (32) 
            
58
using the Genome Taxonomy Database (release 89) which contains 
58
using the Genome Taxonomy Database (release 89) which contains 
            
59
Bacteria and Archaea. SUPER-FOCUS was used \r\nto predict the 
59
Bacteria and Archaea. SUPER-FOCUS was used \r\nto predict the 
            
60
microbiological functional potential of shotgun reads, through the 
60
microbiological functional potential of shotgun reads, through the 
            
61
alignment of reads against a reduced \r\nSEED database using DIAMOND, 
61
alignment of reads against a reduced \r\nSEED database using DIAMOND, 
            
62
with results classified into subsystems (sets of protein families with 
62
with results classified into subsystems (sets of protein families with 
            
63
similar function). \r\nResistome analysis was done using Resistance 
63
similar function). \r\nResistome analysis was done using Resistance 
            
64
Gene Identifier (RGI 4.2.2), with the strict cut-off. Assembly of 
64
Gene Identifier (RGI 4.2.2), with the strict cut-off. Assembly of 
            
65
Metagenome \r\nAssembled Genomes (MAGs) was done using metaSPAdes 
65
Metagenome \r\nAssembled Genomes (MAGs) was done using metaSPAdes 
            
66
(3.13), followed by binning with MetaBAT2 (2.12.1) and quality 
66
(3.13), followed by binning with MetaBAT2 (2.12.1) and quality 
            
67
\r\nassessment with checkM (1.0.18). High-quality MAGs, of at least 
67
\r\nassessment with checkM (1.0.18). High-quality MAGs, of at least 
            
68
90% completeness and less than 5% contamination were \r\nassigned 
68
90% completeness and less than 5% contamination were \r\nassigned 
            
69
taxonomy with GTDB-tk (2.1.1).\r\n\r\n- Chemical analysis: The 
69
taxonomy with GTDB-tk (2.1.1).\r\n\r\n- Chemical analysis: The 
            
70
chemical composition of the 100 ml of milk samples was determined by 
70
chemical composition of the 100 ml of milk samples was determined by 
            
71
DPTC analytical \r\nstaff at the Technical Services lab at the Teagasc 
71
DPTC analytical \r\nstaff at the Technical Services lab at the Teagasc 
            
72
Food Research Centre. Kjeldahl analysis was used to determine 
72
Food Research Centre. Kjeldahl analysis was used to determine 
            
73
\r\nprotein and nonprotein nitrogen (NPN) contents. Rose Gottlieb 
73
\r\nprotein and nonprotein nitrogen (NPN) contents. Rose Gottlieb 
            
74
method was used to determine fat content, and the \r\nCEM SMART Trac 
74
method was used to determine fat content, and the \r\nCEM SMART Trac 
            
75
II (CEM, Matthews, NC, USA) was used to measure the total solids 
75
II (CEM, Matthews, NC, USA) was used to measure the total solids 
            
76
content. Polarimetry was used to \r\ndetermine the lactose content, 
76
content. Polarimetry was used to \r\ndetermine the lactose content, 
            
77
and titration was used to determine titratable acidity (TA) in raw 
77
and titration was used to determine titratable acidity (TA) in raw 
            
78
milk samples.\r\n\r\n- Climactic data: Monthly climate data for the 
78
milk samples.\r\n\r\n- Climactic data: Monthly climate data for the 
            
79
sampling locations relating to mean temperature (degrees C), total 
79
sampling locations relating to mean temperature (degrees C), total 
            
80
rainfall \r\n(mm), grass minimum temperature (degrees C), mean wind 
80
rainfall \r\n(mm), grass minimum temperature (degrees C), mean wind 
            
81
speed (knots) and sunshine duration (daily hours of sun) was retrieved 
81
speed (knots) and sunshine duration (daily hours of sun) was retrieved 
            
82
\r\nfrom the Irish Meteorological Service website (www.met.ie). The 
82
\r\nfrom the Irish Meteorological Service website (www.met.ie). The 
            
83
months of March, April and May were classified as \r\nSpring, June, 
83
months of March, April and May were classified as \r\nSpring, June, 
            
84
July and August as Summer, September, October and November as Autumn 
84
July and August as Summer, September, October and November as Autumn 
            
85
and December, January and \r\nFebruary as Winter.\r\n\r\n- Statistical 
85
and December, January and \r\nFebruary as Winter.\r\n\r\n- Statistical 
            
86
analysis: Statistical analysis and data visualization was performed in 
86
analysis: Statistical analysis and data visualization was performed in 
            
87
R (4.1.2). All data was cleaned, \r\nanalyzed and visualised in R with 
87
R (4.1.2). All data was cleaned, \r\nanalyzed and visualised in R with 
            
88
ggplot2, tidyverse and ggpubr packages (44, 45). Kruskal-Wallis and 
88
ggplot2, tidyverse and ggpubr packages (44, 45). Kruskal-Wallis and 
            
89
pairwise \r\nWilcoxon rank sum tests with Benjamini-Hochberg P-value 
89
pairwise \r\nWilcoxon rank sum tests with Benjamini-Hochberg P-value 
            
90
correction were used to compare sampling seasons and locations. 
90
correction were used to compare sampling seasons and locations. 
            
91
\r\nMicrobiota diversity analysis was performed with the vegan package 
91
\r\nMicrobiota diversity analysis was performed with the vegan package 
            
92
(46), and beta diversity was calculated as Bray-Curtis \r\nmetrics, 
92
(46), and beta diversity was calculated as Bray-Curtis \r\nmetrics, 
            
93
visualised in a principal coordinate analysis plot. The adonis 
93
visualised in a principal coordinate analysis plot. The adonis 
            
94
function from the vegan package was used to \r\ncalculate the 
94
function from the vegan package was used to \r\ncalculate the 
            
95
permutational analysis of variance (PERMANOVA) to determine 
95
permutational analysis of variance (PERMANOVA) to determine 
            
96
differences in composition of the community \r\nbetween groups of 
96
differences in composition of the community \r\nbetween groups of 
            
97
samples (number of permutations=999). Redundancy analysis was also 
97
samples (number of permutations=999). Redundancy analysis was also 
            
98
done with vegan and visualised \r\nusing the ggord package. The 
98
done with vegan and visualised \r\nusing the ggord package. The 
            
99
multiplatt function from the indicspecies package was used to identify 
99
multiplatt function from the indicspecies package was used to identify 
            
100
taxa that were \r\nsignificantly associated with particular seasons 
100
taxa that were \r\nsignificantly associated with particular seasons 
            
101
and sampling locations, by calculating Pearson's phi coefficient of 
101
and sampling locations, by calculating Pearson's phi coefficient of 
            
102
\r\nassociation and correcting for unequal group sizes using the 
102
\r\nassociation and correcting for unequal group sizes using the 
            
103
parameter r.g. Pearson's correlation was measured \r\nwith the R base 
103
parameter r.g. Pearson's correlation was measured \r\nwith the R base 
            
104
function, cor, and visualised using ggcorrplot.\r\n",
104
function, cor, and visualised using ggcorrplot.\r\n",
            
105
  "funding_acknowledgment": "",
105
  "funding_acknowledgment": "",
            
106
  "geographic_coverage": "Ireland",
106
  "geographic_coverage": "Ireland",
            
107
  "groups": [],
107
  "groups": [],
            
108
  "high_value_data": "false",
108
  "high_value_data": "false",
            
109
  "id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
109
  "id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
            
110
  "if_not_open_why": "",
110
  "if_not_open_why": "",
            
111
  "isopen": false,
111
  "isopen": false,
            
112
  "language": "en",
112
  "language": "en",
            
113
  "license_id": "cc-by-nc",
113
  "license_id": "cc-by-nc",
            
114
  "license_title": "CC-BY-NC",
114
  "license_title": "CC-BY-NC",
            
115
  "maintainer": null,
115
  "maintainer": null,
            
116
  "maintainer_email": null,
116
  "maintainer_email": null,
            
117
  "metadata_created": "2025-09-24T11:54:27.934616",
117
  "metadata_created": "2025-09-24T11:54:27.934616",
            
n
118
  "metadata_modified": "2025-10-28T14:59:22.370885",
n
118
  "metadata_modified": "2025-10-28T14:59:41.970015",
            
119
  "name": "microbiomemilkmap-2021-2022",
119
  "name": "microbiomemilkmap-2021-2022",
            
120
  "notes_translated": {
120
  "notes_translated": {
            
121
    "en": "Season and location have previously been shown to be 
121
    "en": "Season and location have previously been shown to be 
            
122
associated with differences in the microbiota of raw milk, 
122
associated with differences in the microbiota of raw milk, 
            
123
\r\nespecially in milk from pasture-based systems. Here we further 
123
\r\nespecially in milk from pasture-based systems. Here we further 
            
124
advance research in this area by examining \r\ndifferences in the raw 
124
advance research in this area by examining \r\ndifferences in the raw 
            
125
milk microbiota from several locations across Ireland over 12 months, 
125
milk microbiota from several locations across Ireland over 12 months, 
            
126
and by investigating \r\nmicrobiota associations with climatic 
126
and by investigating \r\nmicrobiota associations with climatic 
            
127
variables and chemical composition. Shotgun metagenomic sequencing was 
127
variables and chemical composition. Shotgun metagenomic sequencing was 
            
128
used \r\nto investigate the microbiota of raw milk collected from 9 
128
used \r\nto investigate the microbiota of raw milk collected from 9 
            
129
locations (n=241). Concurrent chemical analysis of the \r\nprotein, 
129
locations (n=241). Concurrent chemical analysis of the \r\nprotein, 
            
130
fat, lactose, total solids, nonprotein nitrogen (NPN) contents and 
130
fat, lactose, total solids, nonprotein nitrogen (NPN) contents and 
            
131
titratable acidity (TA) of the same \r\nraw milk were performed.",
131
titratable acidity (TA) of the same \r\nraw milk were performed.",
            
132
    "ga": ""
132
    "ga": ""
            
133
  },
133
  },
            
134
  "num_resources": 4,
134
  "num_resources": 4,
            
135
  "num_tags": 2,
135
  "num_tags": 2,
            
136
  "open_data": "Open data",
136
  "open_data": "Open data",
            
137
  "orcid_id": "https://orcid.org/0000-0002-4332-1109",
137
  "orcid_id": "https://orcid.org/0000-0002-4332-1109",
            
138
  "organization": {
138
  "organization": {
            
139
    "approval_status": "approved",
139
    "approval_status": "approved",
            
140
    "created": "2025-09-24T11:47:36.394831",
140
    "created": "2025-09-24T11:47:36.394831",
            
141
    "description": "",
141
    "description": "",
            
142
    "id": "4b6fc2b8-ef2a-4899-974a-0aa62c78f935",
142
    "id": "4b6fc2b8-ef2a-4899-974a-0aa62c78f935",
            
143
    "image_url": "",
143
    "image_url": "",
            
144
    "is_organization": true,
144
    "is_organization": true,
            
145
    "name": "food-biosciences-research",
145
    "name": "food-biosciences-research",
            
146
    "state": "active",
146
    "state": "active",
            
147
    "title": "Food Biosciences Research",
147
    "title": "Food Biosciences Research",
            
148
    "type": "organization"
148
    "type": "organization"
            
149
  },
149
  },
            
150
  "owner_org": "4b6fc2b8-ef2a-4899-974a-0aa62c78f935",
150
  "owner_org": "4b6fc2b8-ef2a-4899-974a-0aa62c78f935",
            
151
  "personal_data_flag": "false",
151
  "personal_data_flag": "false",
            
152
  "personal_sensitive_data": "false",
152
  "personal_sensitive_data": "false",
            
153
  "private": false,
153
  "private": false,
            
154
  "provenance": "",
154
  "provenance": "",
            
155
  "publish_to_public": true,
155
  "publish_to_public": true,
            
156
  "related_resource": [
156
  "related_resource": [
            
157
    "Yap, M., O'Sullivan, O., O'Toole, P.W., Sheehan, J.J., Fenelon, 
157
    "Yap, M., O'Sullivan, O., O'Toole, P.W., Sheehan, J.J., Fenelon, 
            
158
M.A. and Cotter, P.D., (2024) Seasonal and geographical impact on the 
158
M.A. and Cotter, P.D., (2024) Seasonal and geographical impact on the 
            
159
Irish raw milk microbiota correlates with chemical composition and 
159
Irish raw milk microbiota correlates with chemical composition and 
            
160
climatic variables. mSystems, 9, e01290-23. 
160
climatic variables. mSystems, 9, e01290-23. 
            
161
https://doi.org/10.1128/msystems.01290-23"
161
https://doi.org/10.1128/msystems.01290-23"
            
162
  ],
162
  ],
            
163
  "relationships_as_object": [],
163
  "relationships_as_object": [],
            
164
  "relationships_as_subject": [],
164
  "relationships_as_subject": [],
            
165
  "resources": [
165
  "resources": [
            
166
    {
166
    {
            
167
      "api_access_url": "",
167
      "api_access_url": "",
            
168
      "api_response_formats": [],
168
      "api_response_formats": [],
            
169
      "api_type": "",
169
      "api_type": "",
            
170
      "cache_last_updated": null,
170
      "cache_last_updated": null,
            
171
      "cache_url": null,
171
      "cache_url": null,
            
172
      "created": "2025-08-19T08:52:05.916222",
172
      "created": "2025-08-19T08:52:05.916222",
            
173
      "datastore_active": false,
173
      "datastore_active": false,
            
174
      "description": null,
174
      "description": null,
            
175
      "format": "CSV",
175
      "format": "CSV",
            
176
      "hash": "",
176
      "hash": "",
            
177
      "id": "014483ba-0eac-4b5f-ac69-e81939c1dda4",
177
      "id": "014483ba-0eac-4b5f-ac69-e81939c1dda4",
            
178
      "last_modified": null,
178
      "last_modified": null,
            
n
179
      "metadata_modified": "2025-10-28T14:59:22.377666",
n
179
      "metadata_modified": "2025-10-28T14:59:41.978545",
            
180
      "mimetype": null,
180
      "mimetype": null,
            
181
      "mimetype_inner": null,
181
      "mimetype_inner": null,
            
182
      "name": "MilkMicrobiomeMap_climate_metadata",
182
      "name": "MilkMicrobiomeMap_climate_metadata",
            
183
      "notes": "",
183
      "notes": "",
            
184
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
184
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
            
185
      "position": 0,
185
      "position": 0,
            
186
      "resource_type": null,
186
      "resource_type": null,
            
187
      "size": null,
187
      "size": null,
            
188
      "state": "active",
188
      "state": "active",
            
189
      "url": 
189
      "url": 
            
190
5f-ac69-e81939c1dda4/download/milkmicrobiomemap_climate_metadata.csv",
190
5f-ac69-e81939c1dda4/download/milkmicrobiomemap_climate_metadata.csv",
            
191
      "url_type": "upload"
191
      "url_type": "upload"
            
192
    },
192
    },
            
193
    {
193
    {
            
194
      "api_access_url": "",
194
      "api_access_url": "",
            
195
      "api_response_formats": [],
195
      "api_response_formats": [],
            
196
      "api_type": "",
196
      "api_type": "",
            
197
      "cache_last_updated": null,
197
      "cache_last_updated": null,
            
198
      "cache_url": null,
198
      "cache_url": null,
            
199
      "created": "2025-08-19T08:52:23.393280",
199
      "created": "2025-08-19T08:52:23.393280",
            
200
      "datastore_active": false,
200
      "datastore_active": false,
            
201
      "description": null,
201
      "description": null,
            
202
      "format": "CSV",
202
      "format": "CSV",
            
203
      "hash": "",
203
      "hash": "",
            
204
      "id": "d9b5144c-a0d9-46aa-80b7-29af6196e16f",
204
      "id": "d9b5144c-a0d9-46aa-80b7-29af6196e16f",
            
205
      "last_modified": null,
205
      "last_modified": null,
            
n
206
      "metadata_modified": "2025-10-28T14:59:22.377823",
n
206
      "metadata_modified": "2025-10-28T14:59:41.978754",
            
207
      "mimetype": null,
207
      "mimetype": null,
            
208
      "mimetype_inner": null,
208
      "mimetype_inner": null,
            
209
      "name": "MilkMicrobiomeMap_metadata_redacted",
209
      "name": "MilkMicrobiomeMap_metadata_redacted",
            
210
      "notes": "",
210
      "notes": "",
            
211
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
211
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
            
212
      "position": 1,
212
      "position": 1,
            
213
      "resource_type": null,
213
      "resource_type": null,
            
214
      "size": null,
214
      "size": null,
            
215
      "state": "active",
215
      "state": "active",
            
216
      "url": 
216
      "url": 
            
217
a-80b7-29af6196e16f/download/milkmicrobiomemap_metadata_redacted.csv",
217
a-80b7-29af6196e16f/download/milkmicrobiomemap_metadata_redacted.csv",
            
218
      "url_type": "upload"
218
      "url_type": "upload"
            
219
    },
219
    },
            
220
    {
220
    {
            
221
      "api_access_url": "",
221
      "api_access_url": "",
            
222
      "api_response_formats": [],
222
      "api_response_formats": [],
            
223
      "api_type": "",
223
      "api_type": "",
            
224
      "cache_last_updated": null,
224
      "cache_last_updated": null,
            
225
      "cache_url": null,
225
      "cache_url": null,
            
226
      "created": "2025-08-19T08:52:38.308579",
226
      "created": "2025-08-19T08:52:38.308579",
            
227
      "datastore_active": false,
227
      "datastore_active": false,
            
228
      "description": null,
228
      "description": null,
            
229
      "format": "CSV",
229
      "format": "CSV",
            
230
      "hash": "",
230
      "hash": "",
            
231
      "id": "363a6efa-7d7a-44bd-a6e0-f15e9a6503ae",
231
      "id": "363a6efa-7d7a-44bd-a6e0-f15e9a6503ae",
            
232
      "last_modified": null,
232
      "last_modified": null,
            
n
233
      "metadata_modified": "2025-10-28T14:59:22.377959",
n
233
      "metadata_modified": "2025-10-28T14:59:41.978899",
            
234
      "mimetype": null,
234
      "mimetype": null,
            
235
      "mimetype_inner": null,
235
      "mimetype_inner": null,
            
236
      "name": "Teagasc_codebook_MilkMicrobiomeMap",
236
      "name": "Teagasc_codebook_MilkMicrobiomeMap",
            
237
      "notes": "",
237
      "notes": "",
            
238
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
238
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
            
239
      "position": 2,
239
      "position": 2,
            
240
      "resource_type": null,
240
      "resource_type": null,
            
241
      "size": null,
241
      "size": null,
            
242
      "state": "active",
242
      "state": "active",
            
243
      "url": 
243
      "url": 
            
244
bd-a6e0-f15e9a6503ae/download/teagasc_codebook_milkmicrobiomemap.csv",
244
bd-a6e0-f15e9a6503ae/download/teagasc_codebook_milkmicrobiomemap.csv",
            
245
      "url_type": "upload"
245
      "url_type": "upload"
            
246
    },
246
    },
            
247
    {
247
    {
            
248
      "api_access_url": "",
248
      "api_access_url": "",
            
249
      "api_response_formats": [],
249
      "api_response_formats": [],
            
250
      "api_type": "",
250
      "api_type": "",
            
251
      "cache_last_updated": null,
251
      "cache_last_updated": null,
            
252
      "cache_url": null,
252
      "cache_url": null,
            
253
      "created": "2025-08-19T08:52:55.455944",
253
      "created": "2025-08-19T08:52:55.455944",
            
254
      "datastore_active": false,
254
      "datastore_active": false,
            
255
      "description": null,
255
      "description": null,
            
256
      "format": "TXT",
256
      "format": "TXT",
            
257
      "hash": "",
257
      "hash": "",
            
258
      "id": "a4940370-279e-4459-9b88-d9620a8eeddc",
258
      "id": "a4940370-279e-4459-9b88-d9620a8eeddc",
            
259
      "last_modified": null,
259
      "last_modified": null,
            
t
260
      "metadata_modified": "2025-10-28T14:59:22.378133",
t
260
      "metadata_modified": "2025-10-28T14:59:41.979068",
            
261
      "mimetype": null,
261
      "mimetype": null,
            
262
      "mimetype_inner": null,
262
      "mimetype_inner": null,
            
263
      "name": "README",
263
      "name": "README",
            
264
      "notes": "",
264
      "notes": "",
            
265
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
265
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
            
266
      "position": 3,
266
      "position": 3,
            
267
      "resource_type": null,
267
      "resource_type": null,
            
268
      "size": null,
268
      "size": null,
            
269
      "state": "active",
269
      "state": "active",
            
270
      "url": 
270
      "url": 
            
271
d0623a04e/resource/a4940370-279e-4459-9b88-d9620a8eeddc/download/___",
271
d0623a04e/resource/a4940370-279e-4459-9b88-d9620a8eeddc/download/___",
            
272
      "url_type": "upload"
272
      "url_type": "upload"
            
273
    }
273
    }
            
274
  ],
274
  ],
            
275
  "rights": "This license enables reusers to distribute, remix, adapt, 
275
  "rights": "This license enables reusers to distribute, remix, adapt, 
            
276
and build upon the material in any medium or format for noncommercial 
276
and build upon the material in any medium or format for noncommercial 
            
277
purposes only, and only so long as attribution is given to the 
277
purposes only, and only so long as attribution is given to the 
            
278
creator. CC BY-NC includes the following elements:\r\n\r\n BY: credit 
278
creator. CC BY-NC includes the following elements:\r\n\r\n BY: credit 
            
279
must be given to the creator.\r\n NC: Only noncommercial uses of the 
279
must be given to the creator.\r\n NC: Only noncommercial uses of the 
            
280
work are permitted.",
280
work are permitted.",
            
281
  "spatial": "",
281
  "spatial": "",
            
282
  "spatial_resolution": "",
282
  "spatial_resolution": "",
            
283
  "spatial_uri": "",
283
  "spatial_uri": "",
            
284
  "srs": [],
284
  "srs": [],
            
285
  "state": "active",
285
  "state": "active",
            
286
  "supplementary_data": "",
286
  "supplementary_data": "",
            
287
  "tags": [
287
  "tags": [
            
288
    {
288
    {
            
289
      "display_name": "Microbiome",
289
      "display_name": "Microbiome",
            
290
      "id": "7576d3c7-4914-4113-b5c1-b1a9e95c1436",
290
      "id": "7576d3c7-4914-4113-b5c1-b1a9e95c1436",
            
291
      "name": "Microbiome",
291
      "name": "Microbiome",
            
292
      "state": "active",
292
      "state": "active",
            
293
      "vocabulary_id": null
293
      "vocabulary_id": null
            
294
    },
294
    },
            
295
    {
295
    {
            
296
      "display_name": "Milk",
296
      "display_name": "Milk",
            
297
      "id": "e5f9d75f-9316-45d2-9a92-805dabccaf9a",
297
      "id": "e5f9d75f-9316-45d2-9a92-805dabccaf9a",
            
298
      "name": "Milk",
298
      "name": "Milk",
            
299
      "state": "active",
299
      "state": "active",
            
300
      "vocabulary_id": null
300
      "vocabulary_id": null
            
301
    }
301
    }
            
302
  ],
302
  ],
            
303
  "temporal": "",
303
  "temporal": "",
            
304
  "theme": "food",
304
  "theme": "food",
            
305
  "title": "MicrobiomeMilkMap 2021-2022: Data underlying the 
305
  "title": "MicrobiomeMilkMap 2021-2022: Data underlying the 
            
306
publication \"Seasonal and geographical impact on the Irish  raw milk 
306
publication \"Seasonal and geographical impact on the Irish  raw milk 
            
307
microbiota correlates with chemical composition and climatic 
307
microbiota correlates with chemical composition and climatic 
            
308
variables\"",
308
variables\"",
            
309
  "title_translated": {
309
  "title_translated": {
            
310
    "en": "MicrobiomeMilkMap 2021-2022: Data underlying the 
310
    "en": "MicrobiomeMilkMap 2021-2022: Data underlying the 
            
311
publication \"Seasonal and geographical impact on the Irish  raw milk 
311
publication \"Seasonal and geographical impact on the Irish  raw milk 
            
312
microbiota correlates with chemical composition and climatic 
312
microbiota correlates with chemical composition and climatic 
            
313
variables\"",
313
variables\"",
            
314
    "ga": ""
314
    "ga": ""
            
315
  },
315
  },
            
316
  "type": "dataset",
316
  "type": "dataset",
            
317
  "update_frequency": "",
317
  "update_frequency": "",
            
318
  "url": "",
318
  "url": "",
            
319
  "version": "",
319
  "version": "",
            
320
  "vertical_extent": ""
320
  "vertical_extent": ""
            
321
}
321
}