Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "api_access_url": "",
2
  "api_access_url": "",
            
3
  "api_response_formats": [],
3
  "api_response_formats": [],
            
4
  "api_type": "",
4
  "api_type": "",
            
5
  "author": null,
5
  "author": null,
            
6
  "author_email": null,
6
  "author_email": null,
            
n
7
  "citation": "O'Sullivan, O., Yap, M. (2025) MicrobiomeMilkMap 
n
7
  "citation": "O'Sullivan, O. (2025). MicrobiomeMilkMap 2021-2022: 
            
8
2021-2022: Data underlying the publication \"Seasonal and geographical 
8
Data underlying the publication \"Seasonal and geographical impact on 
            
9
impact on the Irish  raw milk microbiota correlates with chemical 
9
the Irish raw milk microbiota correlates with chemical composition and 
            
10
composition and climatic variables\". Teagasc Open Platform. ",
10
climatic variables\" [Data set]. Teagasc - The Irish Agriculture and 
            
11
Food Development Authority. https://doi.org/10.82253/ZYQK-V069",
            
11
  "commercial_data": "false",
12
  "commercial_data": "false",
            
12
  "conforms_to": "",
13
  "conforms_to": "",
            
13
  "contact_email": "orla.osullivan@teagasc.ie",
14
  "contact_email": "orla.osullivan@teagasc.ie",
            
14
  "contact_name": "Dr Orla O'Sullivan ",
15
  "contact_name": "Dr Orla O'Sullivan ",
            
15
  "creator_user_id": "68d970d0-ff26-4dfe-ab51-46dde87e3f23",
16
  "creator_user_id": "68d970d0-ff26-4dfe-ab51-46dde87e3f23",
            
16
  "data_creator": [
17
  "data_creator": [
            
17
    "Min Yap"
18
    "Min Yap"
            
18
  ],
19
  ],
            
19
  "description_english": "Season and location have previously been 
20
  "description_english": "Season and location have previously been 
            
20
shown to be associated with differences in the microbiota of raw milk, 
21
shown to be associated with differences in the microbiota of raw milk, 
            
21
\r\nespecially in milk from pasture-based systems. Here we further 
22
\r\nespecially in milk from pasture-based systems. Here we further 
            
22
advance research in this area by examining \r\ndifferences in the raw 
23
advance research in this area by examining \r\ndifferences in the raw 
            
23
milk microbiota from several locations across Ireland over 12 months, 
24
milk microbiota from several locations across Ireland over 12 months, 
            
24
and by investigating \r\nmicrobiota associations with climatic 
25
and by investigating \r\nmicrobiota associations with climatic 
            
25
variables and chemical composition. Shotgun metagenomic sequencing was 
26
variables and chemical composition. Shotgun metagenomic sequencing was 
            
26
used \r\nto investigate the microbiota of raw milk collected from 9 
27
used \r\nto investigate the microbiota of raw milk collected from 9 
            
27
locations (n=241). Concurrent chemical analysis of the \r\nprotein, 
28
locations (n=241). Concurrent chemical analysis of the \r\nprotein, 
            
28
fat, lactose, total solids, nonprotein nitrogen (NPN) contents and 
29
fat, lactose, total solids, nonprotein nitrogen (NPN) contents and 
            
29
titratable acidity (TA) of the same \r\nraw milk were performed.",
30
titratable acidity (TA) of the same \r\nraw milk were performed.",
            
30
  "description_translated": "",
31
  "description_translated": "",
            
n
31
  "doi": "",
n
32
  "doi": "doi.org/10.82253/ZYQK-V069",
            
32
  "equipment_used": "- Sample collection and preparation: Raw bovine 
33
  "equipment_used": "- Sample collection and preparation: Raw bovine 
            
33
milk samples (200 ml) were collected from silos from 9 locations 
34
milk samples (200 ml) were collected from silos from 9 locations 
            
34
\r\nacross Ireland weekly from March 2021 to March 2022 (n=241). The 
35
\r\nacross Ireland weekly from March 2021 to March 2022 (n=241). The 
            
35
samples were collected over 2 days, transported under 
36
samples were collected over 2 days, transported under 
            
36
\r\nrefrigeration and stored at 4 degrees C, to mimic conditions of 
37
\r\nrefrigeration and stored at 4 degrees C, to mimic conditions of 
            
37
their storage in bulk tanks or silos, for a maximum of \r\n48h before 
38
their storage in bulk tanks or silos, for a maximum of \r\n48h before 
            
38
sample processing of all samples together. Samples were prepared as 
39
sample processing of all samples together. Samples were prepared as 
            
39
follows: 30 ml of the bovine milk \r\nsample was centrifuged at 4,500 
40
follows: 30 ml of the bovine milk \r\nsample was centrifuged at 4,500 
            
40
x g for 20 min at 4 degrees C. After centrifugation, the cream and 
41
x g for 20 min at 4 degrees C. After centrifugation, the cream and 
            
41
supernatant were \r\ndiscarded, and the pellets were subjected to two 
42
supernatant were \r\ndiscarded, and the pellets were subjected to two 
            
42
washing steps, whereby the pellets were resuspended in sterile\r\nPBS 
43
washing steps, whereby the pellets were resuspended in sterile\r\nPBS 
            
43
and centrifuged at 13,000 x g for 1 minute, after which the 
44
and centrifuged at 13,000 x g for 1 minute, after which the 
            
44
supernatant was discarded, and the pellet was \r\nstored at -20 
45
supernatant was discarded, and the pellet was \r\nstored at -20 
            
45
degrees C before DNA extraction. \r\n\r\n- DNA extraction: Samples 
46
degrees C before DNA extraction. \r\n\r\n- DNA extraction: Samples 
            
46
were subjected to DNA extraction using the MolYsis complete5 kit 
47
were subjected to DNA extraction using the MolYsis complete5 kit 
            
47
(Molzym GmBH & Co. KG, \r\nBremen, Germany), with 50 microlitres of 
48
(Molzym GmBH & Co. KG, \r\nBremen, Germany), with 50 microlitres of 
            
48
DNA eluted for downstream sequencing. The MolYsis kit was used to 
49
DNA eluted for downstream sequencing. The MolYsis kit was used to 
            
49
improve\r\nmicrobiota characterization by significantly enhancing the 
50
improve\r\nmicrobiota characterization by significantly enhancing the 
            
50
microbial sequencing depth of milk samples. gDNA was \r\nquantified 
51
microbial sequencing depth of milk samples. gDNA was \r\nquantified 
            
51
using the Qubit dsDNA HS assay kit (Invitrogen) and stored at -20 
52
using the Qubit dsDNA HS assay kit (Invitrogen) and stored at -20 
            
52
degrees C before library preparation.\r\n\r\n- Shotgun metagenomic 
53
degrees C before library preparation.\r\n\r\n- Shotgun metagenomic 
            
53
sequencing: 248 samples (241 samples and 7 controls) were prepared for 
54
sequencing: 248 samples (241 samples and 7 controls) were prepared for 
            
54
shotgun metagenomic \r\nsequencing according to Illumina Nextera XT 
55
shotgun metagenomic \r\nsequencing according to Illumina Nextera XT 
            
55
library preparation kit guidelines, using unique dual indexes for 
56
library preparation kit guidelines, using unique dual indexes for 
            
56
\r\nmultiplexing with the Nextera XT index kit (Illumina). Following 
57
\r\nmultiplexing with the Nextera XT index kit (Illumina). Following 
            
57
indexing and clean-up, samples were pooled to an \r\nequimolar 
58
indexing and clean-up, samples were pooled to an \r\nequimolar 
            
58
concentration of 1 nM. Samples were sequenced in two pools, the first 
59
concentration of 1 nM. Samples were sequenced in two pools, the first 
            
59
pool containing 98 samples on an \r\nIllumina NextSeq 550 sequencing 
60
pool containing 98 samples on an \r\nIllumina NextSeq 550 sequencing 
            
60
platform with a V2 kit, and the second containing 150 samples on an 
61
platform with a V2 kit, and the second containing 150 samples on an 
            
61
Illumina NextSeq \r\n2000 sequencing platform with a P3 chip, at the 
62
Illumina NextSeq \r\n2000 sequencing platform with a P3 chip, at the 
            
62
Teagasc DNA Sequencing Facility, using standard Illumina sequencing 
63
Teagasc DNA Sequencing Facility, using standard Illumina sequencing 
            
63
\r\nprotocols. \r\n\r\n- Bioinformatic processing: Default parameters 
64
\r\nprotocols. \r\n\r\n- Bioinformatic processing: Default parameters 
            
64
were applied for all the bioinformatic tools unless otherwise 
65
were applied for all the bioinformatic tools unless otherwise 
            
65
specified. \r\nQuality checks and adapter trimming were performed with 
66
specified. \r\nQuality checks and adapter trimming were performed with 
            
66
FastQC (0.11.8) and cutadapt (2.6) and host reads were aligned \r\nto 
67
FastQC (0.11.8) and cutadapt (2.6) and host reads were aligned \r\nto 
            
67
the bovine genome (Bos taurus) and removed with Bowtie2 (2.4.4). 
68
the bovine genome (Bos taurus) and removed with Bowtie2 (2.4.4). 
            
68
Taxonomic classification was performed with Kraken2 \r\n(2.0.7) (32) 
69
Taxonomic classification was performed with Kraken2 \r\n(2.0.7) (32) 
            
69
using the Genome Taxonomy Database (release 89) which contains 
70
using the Genome Taxonomy Database (release 89) which contains 
            
70
Bacteria and Archaea. SUPER-FOCUS was used \r\nto predict the 
71
Bacteria and Archaea. SUPER-FOCUS was used \r\nto predict the 
            
71
microbiological functional potential of shotgun reads, through the 
72
microbiological functional potential of shotgun reads, through the 
            
72
alignment of reads against a reduced \r\nSEED database using DIAMOND, 
73
alignment of reads against a reduced \r\nSEED database using DIAMOND, 
            
73
with results classified into subsystems (sets of protein families with 
74
with results classified into subsystems (sets of protein families with 
            
74
similar function). \r\nResistome analysis was done using Resistance 
75
similar function). \r\nResistome analysis was done using Resistance 
            
75
Gene Identifier (RGI 4.2.2), with the strict cut-off. Assembly of 
76
Gene Identifier (RGI 4.2.2), with the strict cut-off. Assembly of 
            
76
Metagenome \r\nAssembled Genomes (MAGs) was done using metaSPAdes 
77
Metagenome \r\nAssembled Genomes (MAGs) was done using metaSPAdes 
            
77
(3.13), followed by binning with MetaBAT2 (2.12.1) and quality 
78
(3.13), followed by binning with MetaBAT2 (2.12.1) and quality 
            
78
\r\nassessment with checkM (1.0.18). High-quality MAGs, of at least 
79
\r\nassessment with checkM (1.0.18). High-quality MAGs, of at least 
            
79
90% completeness and less than 5% contamination were \r\nassigned 
80
90% completeness and less than 5% contamination were \r\nassigned 
            
80
taxonomy with GTDB-tk (2.1.1).\r\n\r\n- Chemical analysis: The 
81
taxonomy with GTDB-tk (2.1.1).\r\n\r\n- Chemical analysis: The 
            
81
chemical composition of the 100 ml of milk samples was determined by 
82
chemical composition of the 100 ml of milk samples was determined by 
            
82
DPTC analytical \r\nstaff at the Technical Services lab at the Teagasc 
83
DPTC analytical \r\nstaff at the Technical Services lab at the Teagasc 
            
83
Food Research Centre. Kjeldahl analysis was used to determine 
84
Food Research Centre. Kjeldahl analysis was used to determine 
            
84
\r\nprotein and nonprotein nitrogen (NPN) contents. Rose Gottlieb 
85
\r\nprotein and nonprotein nitrogen (NPN) contents. Rose Gottlieb 
            
85
method was used to determine fat content, and the \r\nCEM SMART Trac 
86
method was used to determine fat content, and the \r\nCEM SMART Trac 
            
86
II (CEM, Matthews, NC, USA) was used to measure the total solids 
87
II (CEM, Matthews, NC, USA) was used to measure the total solids 
            
87
content. Polarimetry was used to \r\ndetermine the lactose content, 
88
content. Polarimetry was used to \r\ndetermine the lactose content, 
            
88
and titration was used to determine titratable acidity (TA) in raw 
89
and titration was used to determine titratable acidity (TA) in raw 
            
89
milk samples.\r\n\r\n- Climactic data: Monthly climate data for the 
90
milk samples.\r\n\r\n- Climactic data: Monthly climate data for the 
            
90
sampling locations relating to mean temperature (degrees C), total 
91
sampling locations relating to mean temperature (degrees C), total 
            
91
rainfall \r\n(mm), grass minimum temperature (degrees C), mean wind 
92
rainfall \r\n(mm), grass minimum temperature (degrees C), mean wind 
            
92
speed (knots) and sunshine duration (daily hours of sun) was retrieved 
93
speed (knots) and sunshine duration (daily hours of sun) was retrieved 
            
93
\r\nfrom the Irish Meteorological Service website (www.met.ie). The 
94
\r\nfrom the Irish Meteorological Service website (www.met.ie). The 
            
94
months of March, April and May were classified as \r\nSpring, June, 
95
months of March, April and May were classified as \r\nSpring, June, 
            
95
July and August as Summer, September, October and November as Autumn 
96
July and August as Summer, September, October and November as Autumn 
            
96
and December, January and \r\nFebruary as Winter.\r\n\r\n- Statistical 
97
and December, January and \r\nFebruary as Winter.\r\n\r\n- Statistical 
            
97
analysis: Statistical analysis and data visualization was performed in 
98
analysis: Statistical analysis and data visualization was performed in 
            
98
R (4.1.2). All data was cleaned, \r\nanalyzed and visualised in R with 
99
R (4.1.2). All data was cleaned, \r\nanalyzed and visualised in R with 
            
99
ggplot2, tidyverse and ggpubr packages (44, 45). Kruskal-Wallis and 
100
ggplot2, tidyverse and ggpubr packages (44, 45). Kruskal-Wallis and 
            
100
pairwise \r\nWilcoxon rank sum tests with Benjamini-Hochberg P-value 
101
pairwise \r\nWilcoxon rank sum tests with Benjamini-Hochberg P-value 
            
101
correction were used to compare sampling seasons and locations. 
102
correction were used to compare sampling seasons and locations. 
            
102
\r\nMicrobiota diversity analysis was performed with the vegan package 
103
\r\nMicrobiota diversity analysis was performed with the vegan package 
            
103
(46), and beta diversity was calculated as Bray-Curtis \r\nmetrics, 
104
(46), and beta diversity was calculated as Bray-Curtis \r\nmetrics, 
            
104
visualised in a principal coordinate analysis plot. The adonis 
105
visualised in a principal coordinate analysis plot. The adonis 
            
105
function from the vegan package was used to \r\ncalculate the 
106
function from the vegan package was used to \r\ncalculate the 
            
106
permutational analysis of variance (PERMANOVA) to determine 
107
permutational analysis of variance (PERMANOVA) to determine 
            
107
differences in composition of the community \r\nbetween groups of 
108
differences in composition of the community \r\nbetween groups of 
            
108
samples (number of permutations=999). Redundancy analysis was also 
109
samples (number of permutations=999). Redundancy analysis was also 
            
109
done with vegan and visualised \r\nusing the ggord package. The 
110
done with vegan and visualised \r\nusing the ggord package. The 
            
110
multiplatt function from the indicspecies package was used to identify 
111
multiplatt function from the indicspecies package was used to identify 
            
111
taxa that were \r\nsignificantly associated with particular seasons 
112
taxa that were \r\nsignificantly associated with particular seasons 
            
112
and sampling locations, by calculating Pearson's phi coefficient of 
113
and sampling locations, by calculating Pearson's phi coefficient of 
            
113
\r\nassociation and correcting for unequal group sizes using the 
114
\r\nassociation and correcting for unequal group sizes using the 
            
114
parameter r.g. Pearson's correlation was measured \r\nwith the R base 
115
parameter r.g. Pearson's correlation was measured \r\nwith the R base 
            
115
function, cor, and visualised using ggcorrplot.\r\n",
116
function, cor, and visualised using ggcorrplot.\r\n",
            
116
  "funding_acknowledgment": "",
117
  "funding_acknowledgment": "",
            
117
  "geographic_coverage": "Ireland",
118
  "geographic_coverage": "Ireland",
            
118
  "groups": [],
119
  "groups": [],
            
119
  "high_value_data": "false",
120
  "high_value_data": "false",
            
120
  "id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
121
  "id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
            
121
  "if_not_open_why": "",
122
  "if_not_open_why": "",
            
122
  "isopen": false,
123
  "isopen": false,
            
123
  "language": "en",
124
  "language": "en",
            
124
  "license_id": "cc-by-nc",
125
  "license_id": "cc-by-nc",
            
125
  "license_title": "CC-BY-NC",
126
  "license_title": "CC-BY-NC",
            
126
  "maintainer": null,
127
  "maintainer": null,
            
127
  "maintainer_email": null,
128
  "maintainer_email": null,
            
128
  "metadata_created": "2025-09-24T11:54:27.934616",
129
  "metadata_created": "2025-09-24T11:54:27.934616",
            
n
129
  "metadata_modified": "2025-09-24T11:54:39.659845",
n
130
  "metadata_modified": "2025-09-24T11:56:50.364166",
            
130
  "name": "microbiomemilkmap-2021-2022",
131
  "name": "microbiomemilkmap-2021-2022",
            
131
  "num_resources": 4,
132
  "num_resources": 4,
            
132
  "num_tags": 2,
133
  "num_tags": 2,
            
133
  "open_data": "Open data",
134
  "open_data": "Open data",
            
134
  "orcid_id": "https://orcid.org/0000-0002-4332-1109",
135
  "orcid_id": "https://orcid.org/0000-0002-4332-1109",
            
135
  "organization": {
136
  "organization": {
            
136
    "approval_status": "approved",
137
    "approval_status": "approved",
            
137
    "created": "2025-09-24T11:47:36.394831",
138
    "created": "2025-09-24T11:47:36.394831",
            
138
    "description": "",
139
    "description": "",
            
139
    "id": "4b6fc2b8-ef2a-4899-974a-0aa62c78f935",
140
    "id": "4b6fc2b8-ef2a-4899-974a-0aa62c78f935",
            
140
    "image_url": "",
141
    "image_url": "",
            
141
    "is_organization": true,
142
    "is_organization": true,
            
142
    "name": "food-biosciences-research",
143
    "name": "food-biosciences-research",
            
143
    "state": "active",
144
    "state": "active",
            
144
    "title": "Food Biosciences Research",
145
    "title": "Food Biosciences Research",
            
145
    "type": "organization"
146
    "type": "organization"
            
146
  },
147
  },
            
147
  "owner_org": "4b6fc2b8-ef2a-4899-974a-0aa62c78f935",
148
  "owner_org": "4b6fc2b8-ef2a-4899-974a-0aa62c78f935",
            
148
  "personal_data_flag": "false",
149
  "personal_data_flag": "false",
            
149
  "personal_sensitive_data": "false",
150
  "personal_sensitive_data": "false",
            
150
  "private": false,
151
  "private": false,
            
151
  "provenance": "",
152
  "provenance": "",
            
152
  "publish_to_public": "true",
153
  "publish_to_public": "true",
            
153
  "related_resource": [
154
  "related_resource": [
            
154
    "Yap, M., O'Sullivan, O., O'Toole, P.W., Sheehan, J.J., Fenelon, 
155
    "Yap, M., O'Sullivan, O., O'Toole, P.W., Sheehan, J.J., Fenelon, 
            
155
M.A. and Cotter, P.D., (2024) Seasonal and geographical impact on the 
156
M.A. and Cotter, P.D., (2024) Seasonal and geographical impact on the 
            
156
Irish raw milk microbiota correlates with chemical composition and 
157
Irish raw milk microbiota correlates with chemical composition and 
            
157
climatic variables. mSystems, 9, e01290-23. 
158
climatic variables. mSystems, 9, e01290-23. 
            
158
https://doi.org/10.1128/msystems.01290-23"
159
https://doi.org/10.1128/msystems.01290-23"
            
159
  ],
160
  ],
            
160
  "relationships_as_object": [],
161
  "relationships_as_object": [],
            
161
  "relationships_as_subject": [],
162
  "relationships_as_subject": [],
            
162
  "resources": [
163
  "resources": [
            
163
    {
164
    {
            
164
      "api_access_url": "",
165
      "api_access_url": "",
            
165
      "api_response_formats": [],
166
      "api_response_formats": [],
            
166
      "api_type": "",
167
      "api_type": "",
            
167
      "cache_last_updated": null,
168
      "cache_last_updated": null,
            
168
      "cache_url": null,
169
      "cache_url": null,
            
169
      "created": "2025-08-19T08:52:05.916222",
170
      "created": "2025-08-19T08:52:05.916222",
            
170
      "datastore_active": false,
171
      "datastore_active": false,
            
171
      "description": null,
172
      "description": null,
            
172
      "format": "CSV",
173
      "format": "CSV",
            
173
      "hash": "",
174
      "hash": "",
            
174
      "id": "014483ba-0eac-4b5f-ac69-e81939c1dda4",
175
      "id": "014483ba-0eac-4b5f-ac69-e81939c1dda4",
            
175
      "last_modified": null,
176
      "last_modified": null,
            
n
176
      "metadata_modified": "2025-09-24T11:54:39.676403",
n
177
      "metadata_modified": "2025-09-24T11:56:50.375917",
            
177
      "mimetype": null,
178
      "mimetype": null,
            
178
      "mimetype_inner": null,
179
      "mimetype_inner": null,
            
179
      "name": "MilkMicrobiomeMap_climate_metadata",
180
      "name": "MilkMicrobiomeMap_climate_metadata",
            
180
      "notes": "",
181
      "notes": "",
            
181
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
182
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
            
182
      "position": 0,
183
      "position": 0,
            
183
      "resource_type": null,
184
      "resource_type": null,
            
184
      "size": null,
185
      "size": null,
            
185
      "state": "active",
186
      "state": "active",
            
186
      "url": 
187
      "url": 
            
187
d0623a04e/resource/014483ba-0eac-4b5f-ac69-e81939c1dda4/download/___",
188
d0623a04e/resource/014483ba-0eac-4b5f-ac69-e81939c1dda4/download/___",
            
188
      "url_type": "upload"
189
      "url_type": "upload"
            
189
    },
190
    },
            
190
    {
191
    {
            
191
      "api_access_url": "",
192
      "api_access_url": "",
            
192
      "api_response_formats": [],
193
      "api_response_formats": [],
            
193
      "api_type": "",
194
      "api_type": "",
            
194
      "cache_last_updated": null,
195
      "cache_last_updated": null,
            
195
      "cache_url": null,
196
      "cache_url": null,
            
196
      "created": "2025-08-19T08:52:23.393280",
197
      "created": "2025-08-19T08:52:23.393280",
            
197
      "datastore_active": false,
198
      "datastore_active": false,
            
198
      "description": null,
199
      "description": null,
            
199
      "format": "CSV",
200
      "format": "CSV",
            
200
      "hash": "",
201
      "hash": "",
            
201
      "id": "d9b5144c-a0d9-46aa-80b7-29af6196e16f",
202
      "id": "d9b5144c-a0d9-46aa-80b7-29af6196e16f",
            
202
      "last_modified": null,
203
      "last_modified": null,
            
n
203
      "metadata_modified": "2025-09-24T11:54:39.676564",
n
204
      "metadata_modified": "2025-09-24T11:56:50.376131",
            
204
      "mimetype": null,
205
      "mimetype": null,
            
205
      "mimetype_inner": null,
206
      "mimetype_inner": null,
            
206
      "name": "MilkMicrobiomeMap_metadata_redacted",
207
      "name": "MilkMicrobiomeMap_metadata_redacted",
            
207
      "notes": "",
208
      "notes": "",
            
208
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
209
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
            
209
      "position": 1,
210
      "position": 1,
            
210
      "resource_type": null,
211
      "resource_type": null,
            
211
      "size": null,
212
      "size": null,
            
212
      "state": "active",
213
      "state": "active",
            
213
      "url": 
214
      "url": 
            
214
d0623a04e/resource/d9b5144c-a0d9-46aa-80b7-29af6196e16f/download/___",
215
d0623a04e/resource/d9b5144c-a0d9-46aa-80b7-29af6196e16f/download/___",
            
215
      "url_type": "upload"
216
      "url_type": "upload"
            
216
    },
217
    },
            
217
    {
218
    {
            
218
      "api_access_url": "",
219
      "api_access_url": "",
            
219
      "api_response_formats": [],
220
      "api_response_formats": [],
            
220
      "api_type": "",
221
      "api_type": "",
            
221
      "cache_last_updated": null,
222
      "cache_last_updated": null,
            
222
      "cache_url": null,
223
      "cache_url": null,
            
223
      "created": "2025-08-19T08:52:38.308579",
224
      "created": "2025-08-19T08:52:38.308579",
            
224
      "datastore_active": false,
225
      "datastore_active": false,
            
225
      "description": null,
226
      "description": null,
            
226
      "format": "CSV",
227
      "format": "CSV",
            
227
      "hash": "",
228
      "hash": "",
            
228
      "id": "363a6efa-7d7a-44bd-a6e0-f15e9a6503ae",
229
      "id": "363a6efa-7d7a-44bd-a6e0-f15e9a6503ae",
            
229
      "last_modified": null,
230
      "last_modified": null,
            
n
230
      "metadata_modified": "2025-09-24T11:54:39.676701",
n
231
      "metadata_modified": "2025-09-24T11:56:50.376505",
            
231
      "mimetype": null,
232
      "mimetype": null,
            
232
      "mimetype_inner": null,
233
      "mimetype_inner": null,
            
233
      "name": "Teagasc_codebook_MilkMicrobiomeMap",
234
      "name": "Teagasc_codebook_MilkMicrobiomeMap",
            
234
      "notes": "",
235
      "notes": "",
            
235
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
236
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
            
236
      "position": 2,
237
      "position": 2,
            
237
      "resource_type": null,
238
      "resource_type": null,
            
238
      "size": null,
239
      "size": null,
            
239
      "state": "active",
240
      "state": "active",
            
240
      "url": 
241
      "url": 
            
241
d0623a04e/resource/363a6efa-7d7a-44bd-a6e0-f15e9a6503ae/download/___",
242
d0623a04e/resource/363a6efa-7d7a-44bd-a6e0-f15e9a6503ae/download/___",
            
242
      "url_type": "upload"
243
      "url_type": "upload"
            
243
    },
244
    },
            
244
    {
245
    {
            
245
      "api_access_url": "",
246
      "api_access_url": "",
            
246
      "api_response_formats": [],
247
      "api_response_formats": [],
            
247
      "api_type": "",
248
      "api_type": "",
            
248
      "cache_last_updated": null,
249
      "cache_last_updated": null,
            
249
      "cache_url": null,
250
      "cache_url": null,
            
250
      "created": "2025-08-19T08:52:55.455944",
251
      "created": "2025-08-19T08:52:55.455944",
            
251
      "datastore_active": false,
252
      "datastore_active": false,
            
252
      "description": null,
253
      "description": null,
            
253
      "format": "TXT",
254
      "format": "TXT",
            
254
      "hash": "",
255
      "hash": "",
            
255
      "id": "a4940370-279e-4459-9b88-d9620a8eeddc",
256
      "id": "a4940370-279e-4459-9b88-d9620a8eeddc",
            
256
      "last_modified": null,
257
      "last_modified": null,
            
t
257
      "metadata_modified": "2025-09-24T11:54:39.676830",
t
258
      "metadata_modified": "2025-09-24T11:56:50.376648",
            
258
      "mimetype": null,
259
      "mimetype": null,
            
259
      "mimetype_inner": null,
260
      "mimetype_inner": null,
            
260
      "name": "README",
261
      "name": "README",
            
261
      "notes": "",
262
      "notes": "",
            
262
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
263
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
            
263
      "position": 3,
264
      "position": 3,
            
264
      "resource_type": null,
265
      "resource_type": null,
            
265
      "size": null,
266
      "size": null,
            
266
      "state": "active",
267
      "state": "active",
            
267
      "url": 
268
      "url": 
            
268
d0623a04e/resource/a4940370-279e-4459-9b88-d9620a8eeddc/download/___",
269
d0623a04e/resource/a4940370-279e-4459-9b88-d9620a8eeddc/download/___",
            
269
      "url_type": "upload"
270
      "url_type": "upload"
            
270
    }
271
    }
            
271
  ],
272
  ],
            
272
  "rights": "This license enables reusers to distribute, remix, adapt, 
273
  "rights": "This license enables reusers to distribute, remix, adapt, 
            
273
and build upon the material in any medium or format for noncommercial 
274
and build upon the material in any medium or format for noncommercial 
            
274
purposes only, and only so long as attribution is given to the 
275
purposes only, and only so long as attribution is given to the 
            
275
creator. CC BY-NC includes the following elements:\r\n\r\n BY: credit 
276
creator. CC BY-NC includes the following elements:\r\n\r\n BY: credit 
            
276
must be given to the creator.\r\n NC: Only noncommercial uses of the 
277
must be given to the creator.\r\n NC: Only noncommercial uses of the 
            
277
work are permitted.",
278
work are permitted.",
            
278
  "spatial": "",
279
  "spatial": "",
            
279
  "spatial_resolution": "",
280
  "spatial_resolution": "",
            
280
  "spatial_uri": "",
281
  "spatial_uri": "",
            
281
  "srs": [],
282
  "srs": [],
            
282
  "state": "active",
283
  "state": "active",
            
283
  "supplementary_data": "",
284
  "supplementary_data": "",
            
284
  "tags": [
285
  "tags": [
            
285
    {
286
    {
            
286
      "display_name": "Microbiome",
287
      "display_name": "Microbiome",
            
287
      "id": "7576d3c7-4914-4113-b5c1-b1a9e95c1436",
288
      "id": "7576d3c7-4914-4113-b5c1-b1a9e95c1436",
            
288
      "name": "Microbiome",
289
      "name": "Microbiome",
            
289
      "state": "active",
290
      "state": "active",
            
290
      "vocabulary_id": null
291
      "vocabulary_id": null
            
291
    },
292
    },
            
292
    {
293
    {
            
293
      "display_name": "Milk",
294
      "display_name": "Milk",
            
294
      "id": "e5f9d75f-9316-45d2-9a92-805dabccaf9a",
295
      "id": "e5f9d75f-9316-45d2-9a92-805dabccaf9a",
            
295
      "name": "Milk",
296
      "name": "Milk",
            
296
      "state": "active",
297
      "state": "active",
            
297
      "vocabulary_id": null
298
      "vocabulary_id": null
            
298
    }
299
    }
            
299
  ],
300
  ],
            
300
  "temporal": "",
301
  "temporal": "",
            
301
  "theme": "food",
302
  "theme": "food",
            
302
  "title": "MicrobiomeMilkMap 2021-2022: Data underlying the 
303
  "title": "MicrobiomeMilkMap 2021-2022: Data underlying the 
            
303
publication \"Seasonal and geographical impact on the Irish  raw milk 
304
publication \"Seasonal and geographical impact on the Irish  raw milk 
            
304
microbiota correlates with chemical composition and climatic 
305
microbiota correlates with chemical composition and climatic 
            
305
variables\"",
306
variables\"",
            
306
  "title_translated": {
307
  "title_translated": {
            
307
    "en": "MicrobiomeMilkMap 2021-2022: Data underlying the 
308
    "en": "MicrobiomeMilkMap 2021-2022: Data underlying the 
            
308
publication \"Seasonal and geographical impact on the Irish  raw milk 
309
publication \"Seasonal and geographical impact on the Irish  raw milk 
            
309
microbiota correlates with chemical composition and climatic 
310
microbiota correlates with chemical composition and climatic 
            
310
variables\"",
311
variables\"",
            
311
    "ga": ""
312
    "ga": ""
            
312
  },
313
  },
            
313
  "type": "dataset",
314
  "type": "dataset",
            
314
  "update_frequency": "",
315
  "update_frequency": "",
            
315
  "url": "",
316
  "url": "",
            
316
  "version": "",
317
  "version": "",
            
317
  "vertical_extent": ""
318
  "vertical_extent": ""
            
318
}
319
}