Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "api_access_url": "",
2
  "api_access_url": "",
            
3
  "api_response_formats": [],
3
  "api_response_formats": [],
            
4
  "api_type": "",
4
  "api_type": "",
            
5
  "author": null,
5
  "author": null,
            
6
  "author_email": null,
6
  "author_email": null,
            
7
  "citation": "O'Sullivan, O., Yap, M. (2025) MicrobiomeMilkMap 
7
  "citation": "O'Sullivan, O., Yap, M. (2025) MicrobiomeMilkMap 
            
8
2021-2022: Data underlying the publication \"Seasonal and geographical 
8
2021-2022: Data underlying the publication \"Seasonal and geographical 
            
9
impact on the Irish  raw milk microbiota correlates with chemical 
9
impact on the Irish  raw milk microbiota correlates with chemical 
            
10
composition and climatic variables\". Teagasc Open Platform. ",
10
composition and climatic variables\". Teagasc Open Platform. ",
            
11
  "commercial_data": "false",
11
  "commercial_data": "false",
            
12
  "conforms_to": "",
12
  "conforms_to": "",
            
13
  "contact_email": "orla.osullivan@teagasc.ie",
13
  "contact_email": "orla.osullivan@teagasc.ie",
            
14
  "contact_name": "Dr Orla O'Sullivan ",
14
  "contact_name": "Dr Orla O'Sullivan ",
            
15
  "creator_user_id": "68d970d0-ff26-4dfe-ab51-46dde87e3f23",
15
  "creator_user_id": "68d970d0-ff26-4dfe-ab51-46dde87e3f23",
            
16
  "data_creator": [
16
  "data_creator": [
            
17
    "Min Yap"
17
    "Min Yap"
            
18
  ],
18
  ],
            
19
  "description_english": "Season and location have previously been 
19
  "description_english": "Season and location have previously been 
            
20
shown to be associated with differences in the microbiota of raw milk, 
20
shown to be associated with differences in the microbiota of raw milk, 
            
21
\r\nespecially in milk from pasture-based systems. Here we further 
21
\r\nespecially in milk from pasture-based systems. Here we further 
            
22
advance research in this area by examining \r\ndifferences in the raw 
22
advance research in this area by examining \r\ndifferences in the raw 
            
23
milk microbiota from several locations across Ireland over 12 months, 
23
milk microbiota from several locations across Ireland over 12 months, 
            
24
and by investigating \r\nmicrobiota associations with climatic 
24
and by investigating \r\nmicrobiota associations with climatic 
            
25
variables and chemical composition. Shotgun metagenomic sequencing was 
25
variables and chemical composition. Shotgun metagenomic sequencing was 
            
26
used \r\nto investigate the microbiota of raw milk collected from 9 
26
used \r\nto investigate the microbiota of raw milk collected from 9 
            
27
locations (n=241). Concurrent chemical analysis of the \r\nprotein, 
27
locations (n=241). Concurrent chemical analysis of the \r\nprotein, 
            
28
fat, lactose, total solids, nonprotein nitrogen (NPN) contents and 
28
fat, lactose, total solids, nonprotein nitrogen (NPN) contents and 
            
29
titratable acidity (TA) of the same \r\nraw milk were performed.",
29
titratable acidity (TA) of the same \r\nraw milk were performed.",
            
30
  "description_translated": "",
30
  "description_translated": "",
            
31
  "doi": "",
31
  "doi": "",
            
32
  "equipment_used": "- Sample collection and preparation: Raw bovine 
32
  "equipment_used": "- Sample collection and preparation: Raw bovine 
            
33
milk samples (200 ml) were collected from silos from 9 locations 
33
milk samples (200 ml) were collected from silos from 9 locations 
            
34
\r\nacross Ireland weekly from March 2021 to March 2022 (n=241). The 
34
\r\nacross Ireland weekly from March 2021 to March 2022 (n=241). The 
            
35
samples were collected over 2 days, transported under 
35
samples were collected over 2 days, transported under 
            
36
\r\nrefrigeration and stored at 4 degrees C, to mimic conditions of 
36
\r\nrefrigeration and stored at 4 degrees C, to mimic conditions of 
            
37
their storage in bulk tanks or silos, for a maximum of \r\n48h before 
37
their storage in bulk tanks or silos, for a maximum of \r\n48h before 
            
38
sample processing of all samples together. Samples were prepared as 
38
sample processing of all samples together. Samples were prepared as 
            
39
follows: 30 ml of the bovine milk \r\nsample was centrifuged at 4,500 
39
follows: 30 ml of the bovine milk \r\nsample was centrifuged at 4,500 
            
40
x g for 20 min at 4 degrees C. After centrifugation, the cream and 
40
x g for 20 min at 4 degrees C. After centrifugation, the cream and 
            
41
supernatant were \r\ndiscarded, and the pellets were subjected to two 
41
supernatant were \r\ndiscarded, and the pellets were subjected to two 
            
42
washing steps, whereby the pellets were resuspended in sterile\r\nPBS 
42
washing steps, whereby the pellets were resuspended in sterile\r\nPBS 
            
43
and centrifuged at 13,000 x g for 1 minute, after which the 
43
and centrifuged at 13,000 x g for 1 minute, after which the 
            
44
supernatant was discarded, and the pellet was \r\nstored at -20 
44
supernatant was discarded, and the pellet was \r\nstored at -20 
            
45
degrees C before DNA extraction. \r\n\r\n- DNA extraction: Samples 
45
degrees C before DNA extraction. \r\n\r\n- DNA extraction: Samples 
            
46
were subjected to DNA extraction using the MolYsis complete5 kit 
46
were subjected to DNA extraction using the MolYsis complete5 kit 
            
47
(Molzym GmBH & Co. KG, \r\nBremen, Germany), with 50 microlitres of 
47
(Molzym GmBH & Co. KG, \r\nBremen, Germany), with 50 microlitres of 
            
48
DNA eluted for downstream sequencing. The MolYsis kit was used to 
48
DNA eluted for downstream sequencing. The MolYsis kit was used to 
            
49
improve\r\nmicrobiota characterization by significantly enhancing the 
49
improve\r\nmicrobiota characterization by significantly enhancing the 
            
50
microbial sequencing depth of milk samples. gDNA was \r\nquantified 
50
microbial sequencing depth of milk samples. gDNA was \r\nquantified 
            
51
using the Qubit dsDNA HS assay kit (Invitrogen) and stored at -20 
51
using the Qubit dsDNA HS assay kit (Invitrogen) and stored at -20 
            
52
degrees C before library preparation.\r\n\r\n- Shotgun metagenomic 
52
degrees C before library preparation.\r\n\r\n- Shotgun metagenomic 
            
53
sequencing: 248 samples (241 samples and 7 controls) were prepared for 
53
sequencing: 248 samples (241 samples and 7 controls) were prepared for 
            
54
shotgun metagenomic \r\nsequencing according to Illumina Nextera XT 
54
shotgun metagenomic \r\nsequencing according to Illumina Nextera XT 
            
55
library preparation kit guidelines, using unique dual indexes for 
55
library preparation kit guidelines, using unique dual indexes for 
            
56
\r\nmultiplexing with the Nextera XT index kit (Illumina). Following 
56
\r\nmultiplexing with the Nextera XT index kit (Illumina). Following 
            
57
indexing and clean-up, samples were pooled to an \r\nequimolar 
57
indexing and clean-up, samples were pooled to an \r\nequimolar 
            
58
concentration of 1 nM. Samples were sequenced in two pools, the first 
58
concentration of 1 nM. Samples were sequenced in two pools, the first 
            
59
pool containing 98 samples on an \r\nIllumina NextSeq 550 sequencing 
59
pool containing 98 samples on an \r\nIllumina NextSeq 550 sequencing 
            
60
platform with a V2 kit, and the second containing 150 samples on an 
60
platform with a V2 kit, and the second containing 150 samples on an 
            
61
Illumina NextSeq \r\n2000 sequencing platform with a P3 chip, at the 
61
Illumina NextSeq \r\n2000 sequencing platform with a P3 chip, at the 
            
62
Teagasc DNA Sequencing Facility, using standard Illumina sequencing 
62
Teagasc DNA Sequencing Facility, using standard Illumina sequencing 
            
63
\r\nprotocols. \r\n\r\n- Bioinformatic processing: Default parameters 
63
\r\nprotocols. \r\n\r\n- Bioinformatic processing: Default parameters 
            
64
were applied for all the bioinformatic tools unless otherwise 
64
were applied for all the bioinformatic tools unless otherwise 
            
65
specified. \r\nQuality checks and adapter trimming were performed with 
65
specified. \r\nQuality checks and adapter trimming were performed with 
            
66
FastQC (0.11.8) and cutadapt (2.6) and host reads were aligned \r\nto 
66
FastQC (0.11.8) and cutadapt (2.6) and host reads were aligned \r\nto 
            
67
the bovine genome (Bos taurus) and removed with Bowtie2 (2.4.4). 
67
the bovine genome (Bos taurus) and removed with Bowtie2 (2.4.4). 
            
68
Taxonomic classification was performed with Kraken2 \r\n(2.0.7) (32) 
68
Taxonomic classification was performed with Kraken2 \r\n(2.0.7) (32) 
            
69
using the Genome Taxonomy Database (release 89) which contains 
69
using the Genome Taxonomy Database (release 89) which contains 
            
70
Bacteria and Archaea. SUPER-FOCUS was used \r\nto predict the 
70
Bacteria and Archaea. SUPER-FOCUS was used \r\nto predict the 
            
71
microbiological functional potential of shotgun reads, through the 
71
microbiological functional potential of shotgun reads, through the 
            
72
alignment of reads against a reduced \r\nSEED database using DIAMOND, 
72
alignment of reads against a reduced \r\nSEED database using DIAMOND, 
            
73
with results classified into subsystems (sets of protein families with 
73
with results classified into subsystems (sets of protein families with 
            
74
similar function). \r\nResistome analysis was done using Resistance 
74
similar function). \r\nResistome analysis was done using Resistance 
            
75
Gene Identifier (RGI 4.2.2), with the strict cut-off. Assembly of 
75
Gene Identifier (RGI 4.2.2), with the strict cut-off. Assembly of 
            
76
Metagenome \r\nAssembled Genomes (MAGs) was done using metaSPAdes 
76
Metagenome \r\nAssembled Genomes (MAGs) was done using metaSPAdes 
            
77
(3.13), followed by binning with MetaBAT2 (2.12.1) and quality 
77
(3.13), followed by binning with MetaBAT2 (2.12.1) and quality 
            
78
\r\nassessment with checkM (1.0.18). High-quality MAGs, of at least 
78
\r\nassessment with checkM (1.0.18). High-quality MAGs, of at least 
            
79
90% completeness and less than 5% contamination were \r\nassigned 
79
90% completeness and less than 5% contamination were \r\nassigned 
            
80
taxonomy with GTDB-tk (2.1.1).\r\n\r\n- Chemical analysis: The 
80
taxonomy with GTDB-tk (2.1.1).\r\n\r\n- Chemical analysis: The 
            
81
chemical composition of the 100 ml of milk samples was determined by 
81
chemical composition of the 100 ml of milk samples was determined by 
            
82
DPTC analytical \r\nstaff at the Technical Services lab at the Teagasc 
82
DPTC analytical \r\nstaff at the Technical Services lab at the Teagasc 
            
83
Food Research Centre. Kjeldahl analysis was used to determine 
83
Food Research Centre. Kjeldahl analysis was used to determine 
            
84
\r\nprotein and nonprotein nitrogen (NPN) contents. Rose Gottlieb 
84
\r\nprotein and nonprotein nitrogen (NPN) contents. Rose Gottlieb 
            
85
method was used to determine fat content, and the \r\nCEM SMART Trac 
85
method was used to determine fat content, and the \r\nCEM SMART Trac 
            
86
II (CEM, Matthews, NC, USA) was used to measure the total solids 
86
II (CEM, Matthews, NC, USA) was used to measure the total solids 
            
87
content. Polarimetry was used to \r\ndetermine the lactose content, 
87
content. Polarimetry was used to \r\ndetermine the lactose content, 
            
88
and titration was used to determine titratable acidity (TA) in raw 
88
and titration was used to determine titratable acidity (TA) in raw 
            
89
milk samples.\r\n\r\n- Climactic data: Monthly climate data for the 
89
milk samples.\r\n\r\n- Climactic data: Monthly climate data for the 
            
90
sampling locations relating to mean temperature (degrees C), total 
90
sampling locations relating to mean temperature (degrees C), total 
            
91
rainfall \r\n(mm), grass minimum temperature (degrees C), mean wind 
91
rainfall \r\n(mm), grass minimum temperature (degrees C), mean wind 
            
92
speed (knots) and sunshine duration (daily hours of sun) was retrieved 
92
speed (knots) and sunshine duration (daily hours of sun) was retrieved 
            
93
\r\nfrom the Irish Meteorological Service website (www.met.ie). The 
93
\r\nfrom the Irish Meteorological Service website (www.met.ie). The 
            
94
months of March, April and May were classified as \r\nSpring, June, 
94
months of March, April and May were classified as \r\nSpring, June, 
            
95
July and August as Summer, September, October and November as Autumn 
95
July and August as Summer, September, October and November as Autumn 
            
96
and December, January and \r\nFebruary as Winter.\r\n\r\n- Statistical 
96
and December, January and \r\nFebruary as Winter.\r\n\r\n- Statistical 
            
97
analysis: Statistical analysis and data visualization was performed in 
97
analysis: Statistical analysis and data visualization was performed in 
            
98
R (4.1.2). All data was cleaned, \r\nanalyzed and visualised in R with 
98
R (4.1.2). All data was cleaned, \r\nanalyzed and visualised in R with 
            
99
ggplot2, tidyverse and ggpubr packages (44, 45). Kruskal-Wallis and 
99
ggplot2, tidyverse and ggpubr packages (44, 45). Kruskal-Wallis and 
            
100
pairwise \r\nWilcoxon rank sum tests with Benjamini-Hochberg P-value 
100
pairwise \r\nWilcoxon rank sum tests with Benjamini-Hochberg P-value 
            
101
correction were used to compare sampling seasons and locations. 
101
correction were used to compare sampling seasons and locations. 
            
102
\r\nMicrobiota diversity analysis was performed with the vegan package 
102
\r\nMicrobiota diversity analysis was performed with the vegan package 
            
103
(46), and beta diversity was calculated as Bray-Curtis \r\nmetrics, 
103
(46), and beta diversity was calculated as Bray-Curtis \r\nmetrics, 
            
104
visualised in a principal coordinate analysis plot. The adonis 
104
visualised in a principal coordinate analysis plot. The adonis 
            
105
function from the vegan package was used to \r\ncalculate the 
105
function from the vegan package was used to \r\ncalculate the 
            
106
permutational analysis of variance (PERMANOVA) to determine 
106
permutational analysis of variance (PERMANOVA) to determine 
            
107
differences in composition of the community \r\nbetween groups of 
107
differences in composition of the community \r\nbetween groups of 
            
108
samples (number of permutations=999). Redundancy analysis was also 
108
samples (number of permutations=999). Redundancy analysis was also 
            
109
done with vegan and visualised \r\nusing the ggord package. The 
109
done with vegan and visualised \r\nusing the ggord package. The 
            
110
multiplatt function from the indicspecies package was used to identify 
110
multiplatt function from the indicspecies package was used to identify 
            
111
taxa that were \r\nsignificantly associated with particular seasons 
111
taxa that were \r\nsignificantly associated with particular seasons 
            
112
and sampling locations, by calculating Pearson's phi coefficient of 
112
and sampling locations, by calculating Pearson's phi coefficient of 
            
113
\r\nassociation and correcting for unequal group sizes using the 
113
\r\nassociation and correcting for unequal group sizes using the 
            
114
parameter r.g. Pearson's correlation was measured \r\nwith the R base 
114
parameter r.g. Pearson's correlation was measured \r\nwith the R base 
            
115
function, cor, and visualised using ggcorrplot.\r\n",
115
function, cor, and visualised using ggcorrplot.\r\n",
            
116
  "funding_acknowledgment": "",
116
  "funding_acknowledgment": "",
            
117
  "geographic_coverage": "Ireland",
117
  "geographic_coverage": "Ireland",
            
118
  "groups": [],
118
  "groups": [],
            
119
  "high_value_data": "false",
119
  "high_value_data": "false",
            
120
  "id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
120
  "id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
            
121
  "if_not_open_why": "",
121
  "if_not_open_why": "",
            
122
  "isopen": false,
122
  "isopen": false,
            
123
  "language": "en",
123
  "language": "en",
            
124
  "license_id": "cc-by-nc",
124
  "license_id": "cc-by-nc",
            
125
  "license_title": "CC-BY-NC",
125
  "license_title": "CC-BY-NC",
            
126
  "maintainer": null,
126
  "maintainer": null,
            
127
  "maintainer_email": null,
127
  "maintainer_email": null,
            
128
  "metadata_created": "2025-09-24T11:54:27.934616",
128
  "metadata_created": "2025-09-24T11:54:27.934616",
            
n
129
  "metadata_modified": "2025-09-24T11:54:27.934624",
n
129
  "metadata_modified": "2025-09-24T11:54:39.659845",
            
130
  "name": "microbiomemilkmap-2021-2022",
130
  "name": "microbiomemilkmap-2021-2022",
            
131
  "num_resources": 4,
131
  "num_resources": 4,
            
132
  "num_tags": 2,
132
  "num_tags": 2,
            
133
  "open_data": "Open data",
133
  "open_data": "Open data",
            
134
  "orcid_id": "https://orcid.org/0000-0002-4332-1109",
134
  "orcid_id": "https://orcid.org/0000-0002-4332-1109",
            
135
  "organization": {
135
  "organization": {
            
136
    "approval_status": "approved",
136
    "approval_status": "approved",
            
137
    "created": "2025-09-24T11:47:36.394831",
137
    "created": "2025-09-24T11:47:36.394831",
            
138
    "description": "",
138
    "description": "",
            
139
    "id": "4b6fc2b8-ef2a-4899-974a-0aa62c78f935",
139
    "id": "4b6fc2b8-ef2a-4899-974a-0aa62c78f935",
            
140
    "image_url": "",
140
    "image_url": "",
            
141
    "is_organization": true,
141
    "is_organization": true,
            
142
    "name": "food-biosciences-research",
142
    "name": "food-biosciences-research",
            
143
    "state": "active",
143
    "state": "active",
            
144
    "title": "Food Biosciences Research",
144
    "title": "Food Biosciences Research",
            
145
    "type": "organization"
145
    "type": "organization"
            
146
  },
146
  },
            
147
  "owner_org": "4b6fc2b8-ef2a-4899-974a-0aa62c78f935",
147
  "owner_org": "4b6fc2b8-ef2a-4899-974a-0aa62c78f935",
            
148
  "personal_data_flag": "false",
148
  "personal_data_flag": "false",
            
149
  "personal_sensitive_data": "false",
149
  "personal_sensitive_data": "false",
            
150
  "private": false,
150
  "private": false,
            
151
  "provenance": "",
151
  "provenance": "",
            
152
  "publish_to_public": "true",
152
  "publish_to_public": "true",
            
153
  "related_resource": [
153
  "related_resource": [
            
154
    "Yap, M., O'Sullivan, O., O'Toole, P.W., Sheehan, J.J., Fenelon, 
154
    "Yap, M., O'Sullivan, O., O'Toole, P.W., Sheehan, J.J., Fenelon, 
            
155
M.A. and Cotter, P.D., (2024) Seasonal and geographical impact on the 
155
M.A. and Cotter, P.D., (2024) Seasonal and geographical impact on the 
            
156
Irish raw milk microbiota correlates with chemical composition and 
156
Irish raw milk microbiota correlates with chemical composition and 
            
157
climatic variables. mSystems, 9, e01290-23. 
157
climatic variables. mSystems, 9, e01290-23. 
            
158
https://doi.org/10.1128/msystems.01290-23"
158
https://doi.org/10.1128/msystems.01290-23"
            
159
  ],
159
  ],
            
160
  "relationships_as_object": [],
160
  "relationships_as_object": [],
            
161
  "relationships_as_subject": [],
161
  "relationships_as_subject": [],
            
162
  "resources": [
162
  "resources": [
            
163
    {
163
    {
            
164
      "api_access_url": "",
164
      "api_access_url": "",
            
165
      "api_response_formats": [],
165
      "api_response_formats": [],
            
166
      "api_type": "",
166
      "api_type": "",
            
167
      "cache_last_updated": null,
167
      "cache_last_updated": null,
            
168
      "cache_url": null,
168
      "cache_url": null,
            
169
      "created": "2025-08-19T08:52:05.916222",
169
      "created": "2025-08-19T08:52:05.916222",
            
170
      "datastore_active": false,
170
      "datastore_active": false,
            
171
      "description": null,
171
      "description": null,
            
172
      "format": "CSV",
172
      "format": "CSV",
            
173
      "hash": "",
173
      "hash": "",
            
174
      "id": "014483ba-0eac-4b5f-ac69-e81939c1dda4",
174
      "id": "014483ba-0eac-4b5f-ac69-e81939c1dda4",
            
175
      "last_modified": null,
175
      "last_modified": null,
            
n
176
      "metadata_modified": "2025-09-24T11:54:27.899403",
n
176
      "metadata_modified": "2025-09-24T11:54:39.676403",
            
177
      "mimetype": null,
177
      "mimetype": null,
            
178
      "mimetype_inner": null,
178
      "mimetype_inner": null,
            
179
      "name": "MilkMicrobiomeMap_climate_metadata",
179
      "name": "MilkMicrobiomeMap_climate_metadata",
            
180
      "notes": "",
180
      "notes": "",
            
181
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
181
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
            
182
      "position": 0,
182
      "position": 0,
            
183
      "resource_type": null,
183
      "resource_type": null,
            
184
      "size": null,
184
      "size": null,
            
185
      "state": "active",
185
      "state": "active",
            
186
      "url": 
186
      "url": 
            
187
d0623a04e/resource/014483ba-0eac-4b5f-ac69-e81939c1dda4/download/___",
187
d0623a04e/resource/014483ba-0eac-4b5f-ac69-e81939c1dda4/download/___",
            
188
      "url_type": "upload"
188
      "url_type": "upload"
            
189
    },
189
    },
            
190
    {
190
    {
            
191
      "api_access_url": "",
191
      "api_access_url": "",
            
192
      "api_response_formats": [],
192
      "api_response_formats": [],
            
193
      "api_type": "",
193
      "api_type": "",
            
194
      "cache_last_updated": null,
194
      "cache_last_updated": null,
            
195
      "cache_url": null,
195
      "cache_url": null,
            
196
      "created": "2025-08-19T08:52:23.393280",
196
      "created": "2025-08-19T08:52:23.393280",
            
197
      "datastore_active": false,
197
      "datastore_active": false,
            
198
      "description": null,
198
      "description": null,
            
199
      "format": "CSV",
199
      "format": "CSV",
            
200
      "hash": "",
200
      "hash": "",
            
201
      "id": "d9b5144c-a0d9-46aa-80b7-29af6196e16f",
201
      "id": "d9b5144c-a0d9-46aa-80b7-29af6196e16f",
            
202
      "last_modified": null,
202
      "last_modified": null,
            
n
203
      "metadata_modified": "2025-09-24T11:54:27.901368",
n
203
      "metadata_modified": "2025-09-24T11:54:39.676564",
            
204
      "mimetype": null,
204
      "mimetype": null,
            
205
      "mimetype_inner": null,
205
      "mimetype_inner": null,
            
206
      "name": "MilkMicrobiomeMap_metadata_redacted",
206
      "name": "MilkMicrobiomeMap_metadata_redacted",
            
207
      "notes": "",
207
      "notes": "",
            
208
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
208
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
            
209
      "position": 1,
209
      "position": 1,
            
210
      "resource_type": null,
210
      "resource_type": null,
            
211
      "size": null,
211
      "size": null,
            
212
      "state": "active",
212
      "state": "active",
            
213
      "url": 
213
      "url": 
            
214
d0623a04e/resource/d9b5144c-a0d9-46aa-80b7-29af6196e16f/download/___",
214
d0623a04e/resource/d9b5144c-a0d9-46aa-80b7-29af6196e16f/download/___",
            
215
      "url_type": "upload"
215
      "url_type": "upload"
            
216
    },
216
    },
            
217
    {
217
    {
            
218
      "api_access_url": "",
218
      "api_access_url": "",
            
219
      "api_response_formats": [],
219
      "api_response_formats": [],
            
220
      "api_type": "",
220
      "api_type": "",
            
221
      "cache_last_updated": null,
221
      "cache_last_updated": null,
            
222
      "cache_url": null,
222
      "cache_url": null,
            
223
      "created": "2025-08-19T08:52:38.308579",
223
      "created": "2025-08-19T08:52:38.308579",
            
224
      "datastore_active": false,
224
      "datastore_active": false,
            
225
      "description": null,
225
      "description": null,
            
226
      "format": "CSV",
226
      "format": "CSV",
            
227
      "hash": "",
227
      "hash": "",
            
228
      "id": "363a6efa-7d7a-44bd-a6e0-f15e9a6503ae",
228
      "id": "363a6efa-7d7a-44bd-a6e0-f15e9a6503ae",
            
229
      "last_modified": null,
229
      "last_modified": null,
            
n
230
      "metadata_modified": "2025-09-24T11:54:27.907967",
n
230
      "metadata_modified": "2025-09-24T11:54:39.676701",
            
231
      "mimetype": null,
231
      "mimetype": null,
            
232
      "mimetype_inner": null,
232
      "mimetype_inner": null,
            
233
      "name": "Teagasc_codebook_MilkMicrobiomeMap",
233
      "name": "Teagasc_codebook_MilkMicrobiomeMap",
            
234
      "notes": "",
234
      "notes": "",
            
235
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
235
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
            
236
      "position": 2,
236
      "position": 2,
            
237
      "resource_type": null,
237
      "resource_type": null,
            
238
      "size": null,
238
      "size": null,
            
239
      "state": "active",
239
      "state": "active",
            
240
      "url": 
240
      "url": 
            
241
d0623a04e/resource/363a6efa-7d7a-44bd-a6e0-f15e9a6503ae/download/___",
241
d0623a04e/resource/363a6efa-7d7a-44bd-a6e0-f15e9a6503ae/download/___",
            
242
      "url_type": "upload"
242
      "url_type": "upload"
            
243
    },
243
    },
            
244
    {
244
    {
            
245
      "api_access_url": "",
245
      "api_access_url": "",
            
246
      "api_response_formats": [],
246
      "api_response_formats": [],
            
247
      "api_type": "",
247
      "api_type": "",
            
248
      "cache_last_updated": null,
248
      "cache_last_updated": null,
            
249
      "cache_url": null,
249
      "cache_url": null,
            
250
      "created": "2025-08-19T08:52:55.455944",
250
      "created": "2025-08-19T08:52:55.455944",
            
251
      "datastore_active": false,
251
      "datastore_active": false,
            
252
      "description": null,
252
      "description": null,
            
253
      "format": "TXT",
253
      "format": "TXT",
            
254
      "hash": "",
254
      "hash": "",
            
255
      "id": "a4940370-279e-4459-9b88-d9620a8eeddc",
255
      "id": "a4940370-279e-4459-9b88-d9620a8eeddc",
            
256
      "last_modified": null,
256
      "last_modified": null,
            
n
257
      "metadata_modified": "2025-09-24T11:54:27.913363",
n
257
      "metadata_modified": "2025-09-24T11:54:39.676830",
            
258
      "mimetype": null,
258
      "mimetype": null,
            
259
      "mimetype_inner": null,
259
      "mimetype_inner": null,
            
260
      "name": "README",
260
      "name": "README",
            
261
      "notes": "",
261
      "notes": "",
            
262
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
262
      "package_id": "cb739bf3-2f8a-4b16-85f2-019d0623a04e",
            
263
      "position": 3,
263
      "position": 3,
            
264
      "resource_type": null,
264
      "resource_type": null,
            
265
      "size": null,
265
      "size": null,
            
266
      "state": "active",
266
      "state": "active",
            
267
      "url": 
267
      "url": 
            
268
d0623a04e/resource/a4940370-279e-4459-9b88-d9620a8eeddc/download/___",
268
d0623a04e/resource/a4940370-279e-4459-9b88-d9620a8eeddc/download/___",
            
269
      "url_type": "upload"
269
      "url_type": "upload"
            
270
    }
270
    }
            
271
  ],
271
  ],
            
272
  "rights": "This license enables reusers to distribute, remix, adapt, 
272
  "rights": "This license enables reusers to distribute, remix, adapt, 
            
273
and build upon the material in any medium or format for noncommercial 
273
and build upon the material in any medium or format for noncommercial 
            
274
purposes only, and only so long as attribution is given to the 
274
purposes only, and only so long as attribution is given to the 
            
275
creator. CC BY-NC includes the following elements:\r\n\r\n BY: credit 
275
creator. CC BY-NC includes the following elements:\r\n\r\n BY: credit 
            
276
must be given to the creator.\r\n NC: Only noncommercial uses of the 
276
must be given to the creator.\r\n NC: Only noncommercial uses of the 
            
277
work are permitted.",
277
work are permitted.",
            
278
  "spatial": "",
278
  "spatial": "",
            
279
  "spatial_resolution": "",
279
  "spatial_resolution": "",
            
280
  "spatial_uri": "",
280
  "spatial_uri": "",
            
281
  "srs": [],
281
  "srs": [],
            
t
282
  "state": "approval_needed",
t
282
  "state": "active",
            
283
  "supplementary_data": "",
283
  "supplementary_data": "",
            
284
  "tags": [
284
  "tags": [
            
285
    {
285
    {
            
286
      "display_name": "Microbiome",
286
      "display_name": "Microbiome",
            
287
      "id": "7576d3c7-4914-4113-b5c1-b1a9e95c1436",
287
      "id": "7576d3c7-4914-4113-b5c1-b1a9e95c1436",
            
288
      "name": "Microbiome",
288
      "name": "Microbiome",
            
289
      "state": "active",
289
      "state": "active",
            
290
      "vocabulary_id": null
290
      "vocabulary_id": null
            
291
    },
291
    },
            
292
    {
292
    {
            
293
      "display_name": "Milk",
293
      "display_name": "Milk",
            
294
      "id": "e5f9d75f-9316-45d2-9a92-805dabccaf9a",
294
      "id": "e5f9d75f-9316-45d2-9a92-805dabccaf9a",
            
295
      "name": "Milk",
295
      "name": "Milk",
            
296
      "state": "active",
296
      "state": "active",
            
297
      "vocabulary_id": null
297
      "vocabulary_id": null
            
298
    }
298
    }
            
299
  ],
299
  ],
            
300
  "temporal": "",
300
  "temporal": "",
            
301
  "theme": "food",
301
  "theme": "food",
            
302
  "title": "MicrobiomeMilkMap 2021-2022: Data underlying the 
302
  "title": "MicrobiomeMilkMap 2021-2022: Data underlying the 
            
303
publication \"Seasonal and geographical impact on the Irish  raw milk 
303
publication \"Seasonal and geographical impact on the Irish  raw milk 
            
304
microbiota correlates with chemical composition and climatic 
304
microbiota correlates with chemical composition and climatic 
            
305
variables\"",
305
variables\"",
            
306
  "title_translated": {
306
  "title_translated": {
            
307
    "en": "MicrobiomeMilkMap 2021-2022: Data underlying the 
307
    "en": "MicrobiomeMilkMap 2021-2022: Data underlying the 
            
308
publication \"Seasonal and geographical impact on the Irish  raw milk 
308
publication \"Seasonal and geographical impact on the Irish  raw milk 
            
309
microbiota correlates with chemical composition and climatic 
309
microbiota correlates with chemical composition and climatic 
            
310
variables\"",
310
variables\"",
            
311
    "ga": ""
311
    "ga": ""
            
312
  },
312
  },
            
313
  "type": "dataset",
313
  "type": "dataset",
            
314
  "update_frequency": "",
314
  "update_frequency": "",
            
315
  "url": "",
315
  "url": "",
            
316
  "version": "",
316
  "version": "",
            
317
  "vertical_extent": ""
317
  "vertical_extent": ""
            
318
}
318
}