Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "api_access_url": "",
2
  "api_access_url": "",
            
3
  "api_response_formats": [],
3
  "api_response_formats": [],
            
4
  "api_type": "",
4
  "api_type": "",
            
5
  "author": null,
5
  "author": null,
            
6
  "author_email": null,
6
  "author_email": null,
            
7
  "citation": "Huang, J., Byrne, S., Oliver, S., Byrne, T., Hodkinson, 
7
  "citation": "Huang, J., Byrne, S., Oliver, S., Byrne, T., Hodkinson, 
            
8
T., Kelleher, C., Barth, S., Nemesio Gorriz, M., & Rathore, D. S. 
8
T., Kelleher, C., Barth, S., Nemesio Gorriz, M., & Rathore, D. S. 
            
9
(2025). Data related to: \"Genetic diversity and genomic prediction in 
9
(2025). Data related to: \"Genetic diversity and genomic prediction in 
            
10
alder (Alnus glutinosa) to support seed orchard improvement and 
10
alder (Alnus glutinosa) to support seed orchard improvement and 
            
11
sustainable forestry\" [Dataset]. Zenodo",
11
sustainable forestry\" [Dataset]. Zenodo",
            
12
  "commercial_data": "false",
12
  "commercial_data": "false",
            
13
  "conforms_to": "",
13
  "conforms_to": "",
            
14
  "contact_email": "dheeraj.rathore@teagasc.ie",
14
  "contact_email": "dheeraj.rathore@teagasc.ie",
            
15
  "contact_name": "Dr Dheeraj Singh Rathore ",
15
  "contact_name": "Dr Dheeraj Singh Rathore ",
            
16
  "creator_user_id": "68d970d0-ff26-4dfe-ab51-46dde87e3f23",
16
  "creator_user_id": "68d970d0-ff26-4dfe-ab51-46dde87e3f23",
            
17
  "data_creator": [
17
  "data_creator": [
            
18
    "Jie Huang",
18
    "Jie Huang",
            
19
    "Stephen Byrne",
19
    "Stephen Byrne",
            
20
    "Oliver Sheridan",
20
    "Oliver Sheridan",
            
21
    "Tom\u00e1s Byrne",
21
    "Tom\u00e1s Byrne",
            
22
    "Trevor R. Hodkinson",
22
    "Trevor R. Hodkinson",
            
23
    "Colin Kelleher",
23
    "Colin Kelleher",
            
24
    "Susanne Barth",
24
    "Susanne Barth",
            
25
    "Miguel Nemesio-Gorriz"
25
    "Miguel Nemesio-Gorriz"
            
26
  ],
26
  ],
            
27
  "doi": "",
27
  "doi": "",
            
28
  "equipment_used": "* Illumina NextSeq, 150 bp paired-end (LGC, 
28
  "equipment_used": "* Illumina NextSeq, 150 bp paired-end (LGC, 
            
29
Berlin); MslI restriction enzyme (NEB)\r\n* BWA; bcftools (mpileup, 
29
Berlin); MslI restriction enzyme (NEB)\r\n* BWA; bcftools (mpileup, 
            
30
call); VCFtools; Beagle 5.5 (versions of the first three not 
30
call); VCFtools; Beagle 5.5 (versions of the first three not 
            
31
reported)\r\n* R 4.5.2; packages lme4, emmeans 2.0.1, sommer, 
31
reported)\r\n* R 4.5.2; packages lme4, emmeans 2.0.1, sommer, 
            
32
adegenet, hierfstat, rrBLUP, pheatmap 1.0.13\r\n* Hagl\u00f6f Vertex 5 
32
adegenet, hierfstat, rrBLUP, pheatmap 1.0.13\r\n* Hagl\u00f6f Vertex 5 
            
33
hypsometer (height); DBH measuring tape, 2 m, 
33
hypsometer (height); DBH measuring tape, 2 m, 
            
34
circumference-to-diameter (Kestrel Forestry)\r\n \r\n* Standards and 
34
circumference-to-diameter (Kestrel Forestry)\r\n \r\n* Standards and 
            
35
calibration information, if appropriate: Not reported\r\n* 
35
calibration information, if appropriate: Not reported\r\n* 
            
36
Environmental/experimental conditions:\r\n  - Progeny trial, 
36
Environmental/experimental conditions:\r\n  - Progeny trial, 
            
37
Corcovety, Co. Cavan: poorly drained clay loam; 80 m elevation; mean 
37
Corcovety, Co. Cavan: poorly drained clay loam; 80 m elevation; mean 
            
38
annual temperature 9.4 C; annual precipitation 976 mm (Met 
38
annual temperature 9.4 C; annual precipitation 976 mm (Met 
            
39
\u00c9ireann)\r\n  - Gene-bank, Oak Park, Co. Carlow: well-drained 
39
\u00c9ireann)\r\n  - Gene-bank, Oak Park, Co. Carlow: well-drained 
            
40
grey brown podzolic soil; 59 m elevation; mean annual temperature 11.2 
40
grey brown podzolic soil; 59 m elevation; mean annual temperature 11.2 
            
41
C; annual precipitation 936.4 mm\r\n  - Ethics approval not 
41
C; annual precipitation 936.4 mm\r\n  - Ethics approval not 
            
42
applicable; plant collection under landowner consent, institutional 
42
applicable; plant collection under landowner consent, institutional 
            
43
permissions and a DAFM seed collection licence\r\n* Describe any 
43
permissions and a DAFM seed collection licence\r\n* Describe any 
            
44
quality-assurance procedures performed on the data: Expert 
44
quality-assurance procedures performed on the data: Expert 
            
45
confirmation of species identity and an archived voucher specimen; 
45
confirmation of species identity and an archived voucher specimen; 
            
46
living clonal reference copies kept in the gene-bank; SNP quality 
46
living clonal reference copies kept in the gene-bank; SNP quality 
            
47
filters as above; heritability adjusted for unbalanced data from 
47
filters as above; heritability adjusted for unbalanced data from 
            
48
mortality (adjusted trees per family per block); 500-iteration 
48
mortality (adjusted trees per family per block); 500-iteration 
            
49
cross-validation of genomic prediction.",
49
cross-validation of genomic prediction.",
            
50
  "funding_acknowledgment": "Teagasc Walsh Scholarship programme 
50
  "funding_acknowledgment": "Teagasc Walsh Scholarship programme 
            
51
(grant 2021036). The Department of Agriculture, Food and the Marine 
51
(grant 2021036). The Department of Agriculture, Food and the Marine 
            
52
(DAFM) supported the underlying alder research programmes.",
52
(DAFM) supported the underlying alder research programmes.",
            
53
  "geographic_coverage": "",
53
  "geographic_coverage": "",
            
54
  "groups": [],
54
  "groups": [],
            
55
  "high_value_data": "false",
55
  "high_value_data": "false",
            
56
  "id": "c6c1d52c-14f1-4c2e-846a-94065441fcdd",
56
  "id": "c6c1d52c-14f1-4c2e-846a-94065441fcdd",
            
57
  "if_not_open_why": "",
57
  "if_not_open_why": "",
            
58
  "isopen": false,
58
  "isopen": false,
            
59
  "language": "en",
59
  "language": "en",
            
60
  "license_id": "notspecified",
60
  "license_id": "notspecified",
            
61
  "license_title": "Licence Not Specified",
61
  "license_title": "Licence Not Specified",
            
62
  "maintainer": null,
62
  "maintainer": null,
            
63
  "maintainer_email": null,
63
  "maintainer_email": null,
            
64
  "metadata_created": "2026-10-05T15:46:06.906562",
64
  "metadata_created": "2026-10-05T15:46:06.906562",
            
n
65
  "metadata_modified": "2026-10-05T15:46:06.906575",
n
65
  "metadata_modified": "2026-10-05T16:01:06.896412",
            
66
  "name": "genotyping-by-sequencing-of-103-irish-black-alder-trees",
66
  "name": "genotyping-by-sequencing-of-103-irish-black-alder-trees",
            
67
  "notes_translated": {
67
  "notes_translated": {
            
68
    "en": "This dataset has two linked parts from the Irish A. 
68
    "en": "This dataset has two linked parts from the Irish A. 
            
69
glutinosa breeding and improvement programme, begun in 2005.\r\n  (1) 
69
glutinosa breeding and improvement programme, begun in 2005.\r\n  (1) 
            
70
Genotyping-by-sequencing (GBS) reads from 103 plus-trees held in the 
70
Genotyping-by-sequencing (GBS) reads from 103 plus-trees held in the 
            
71
Teagasc Oak Park clonal gene-bank (NCBI SRA). After variant calling 
71
Teagasc Oak Park clonal gene-bank (NCBI SRA). After variant calling 
            
72
and filtering these yielded 95,139 SNPs, which were used to assess 
72
and filtering these yielded 95,139 SNPs, which were used to assess 
            
73
genetic diversity, population structure and genomic relatedness.\r\n  
73
genetic diversity, population structure and genomic relatedness.\r\n  
            
74
(2) Height and diameter-at-breast-height (DBH) measurements, 
74
(2) Height and diameter-at-breast-height (DBH) measurements, 
            
75
2008-2020, from a replicated half-sib progeny trial at Corcovety, Co. 
75
2008-2020, from a replicated half-sib progeny trial at Corcovety, Co. 
            
76
Cavan, with R scripts for data processing and genomic prediction 
76
Cavan, with R scripts for data processing and genomic prediction 
            
77
(Zenodo). The trial holds 88 open-pollinated half-sib families raised 
77
(Zenodo). The trial holds 88 open-pollinated half-sib families raised 
            
78
from plus-tree seed plus one commercial seed control.\r\nThe 
78
from plus-tree seed plus one commercial seed control.\r\nThe 
            
79
plus-trees showed high genetic diversity and no evidence of 
79
plus-trees showed high genetic diversity and no evidence of 
            
80
inbreeding. Heritability of relative growth was 0.45-0.53 for height 
80
inbreeding. Heritability of relative growth was 0.45-0.53 for height 
            
81
and 0.28-0.31 for DBH. Genomic prediction (GBLUP) gave low-to-moderate 
81
and 0.28-0.31 for DBH. Genomic prediction (GBLUP) gave low-to-moderate 
            
82
predictive ability for height and negligible predictive ability for 
82
predictive ability for height and negligible predictive ability for 
            
83
DBH.\r\n ",
83
DBH.\r\n ",
            
84
    "ga": ""
84
    "ga": ""
            
85
  },
85
  },
            
86
  "num_resources": 0,
86
  "num_resources": 0,
            
87
  "num_tags": 5,
87
  "num_tags": 5,
            
88
  "open_data": "Open data",
88
  "open_data": "Open data",
            
89
  "orcid_id": "",
89
  "orcid_id": "",
            
90
  "organization": {
90
  "organization": {
            
91
    "approval_status": "approved",
91
    "approval_status": "approved",
            
92
    "created": "2026-10-05T15:46:06.560119",
92
    "created": "2026-10-05T15:46:06.560119",
            
93
    "description": "",
93
    "description": "",
            
94
    "id": "082abffe-7eb8-4f8b-a78e-a664136a1a39",
94
    "id": "082abffe-7eb8-4f8b-a78e-a664136a1a39",
            
95
    "image_url": "",
95
    "image_url": "",
            
96
    "is_organization": true,
96
    "is_organization": true,
            
97
    "name": "forestry-development",
97
    "name": "forestry-development",
            
98
    "state": "active",
98
    "state": "active",
            
99
    "title": "Forestry Development",
99
    "title": "Forestry Development",
            
100
    "type": "organization"
100
    "type": "organization"
            
101
  },
101
  },
            
102
  "owner_org": "082abffe-7eb8-4f8b-a78e-a664136a1a39",
102
  "owner_org": "082abffe-7eb8-4f8b-a78e-a664136a1a39",
            
103
  "personal_data_flag": "false",
103
  "personal_data_flag": "false",
            
104
  "personal_sensitive_data": "false",
104
  "personal_sensitive_data": "false",
            
105
  "private": false,
105
  "private": false,
            
106
  "provenance": "Plus-tree selection: from October 2005, 114 
106
  "provenance": "Plus-tree selection: from October 2005, 114 
            
107
plus-trees (90 in 2005) were selected from wild and plantation stands 
107
plus-trees (90 in 2005) were selected from wild and plantation stands 
            
108
across Ireland, in collaboration with Coillte and private landowners. 
108
across Ireland, in collaboration with Coillte and private landowners. 
            
109
Trees had to be mature, healthy, straight-stemmed, symmetrically 
109
Trees had to be mature, healthy, straight-stemmed, symmetrically 
            
110
branched and of high timber volume (13-23 m tall, DBH 30-99 cm), and 
110
branched and of high timber volume (13-23 m tall, DBH 30-99 cm), and 
            
111
were sampled at least 50 m apart to reduce relatedness. Species 
111
were sampled at least 50 m apart to reduce relatedness. Species 
            
112
identity was confirmed by D. S. Rathore and O. Sheridan with T. R. 
112
identity was confirmed by D. S. Rathore and O. Sheridan with T. R. 
            
113
Hodkinson (TCD) and C. Kelleher (National Botanic Gardens), using 
113
Hodkinson (TCD) and C. Kelleher (National Botanic Gardens), using 
            
114
Parnell & Curtis (Webb's An Irish Flora).   Progeny trial: 
114
Parnell & Curtis (Webb's An Irish Flora).   Progeny trial: 
            
115
open-pollinated seed was collected from plus-trees in 2006, under a 
115
open-pollinated seed was collected from plus-trees in 2006, under a 
            
116
DAFM seed collection licence, and sown in 2007. The trial at 
116
DAFM seed collection licence, and sown in 2007. The trial at 
            
117
Corcovety, Co. Cavan was planted in spring 2008 on a strip-ploughed 
117
Corcovety, Co. Cavan was planted in spring 2008 on a strip-ploughed 
            
118
drumlin. Layout: RCBD, 3 blocks, 9-tree plots (3 x 3), 2 m x 2 m 
118
drumlin. Layout: RCBD, 3 blocks, 9-tree plots (3 x 3), 2 m x 2 m 
            
119
spacing, two guard rows per block, no thinning since planting. Height 
119
spacing, two guard rows per block, no thinning since planting. Height 
            
120
was measured with a Hagl\u00f6f Vertex 5 hypsometer and DBH with a DBH 
120
was measured with a Hagl\u00f6f Vertex 5 hypsometer and DBH with a DBH 
            
121
tape.   Clonal gene-bank: scion wood of 103 plus-trees was grafted in 
121
tape.   Clonal gene-bank: scion wood of 103 plus-trees was grafted in 
            
122
early spring 2014, grown in a glasshouse and planted at Teagasc Oak 
122
early spring 2014, grown in a glasshouse and planted at Teagasc Oak 
            
123
Park at 4 m x 3 m spacing.   Genotyping: six 0.6 cm leaf discs per 
123
Park at 4 m x 3 m spacing.   Genotyping: six 0.6 cm leaf discs per 
            
124
plus-tree were freeze-dried for 72 h and sent to LGC (Berlin) in 
124
plus-tree were freeze-dried for 72 h and sent to LGC (Berlin) in 
            
125
BioArk leaf sampling kits. LGC carried out DNA extraction, GBS library 
125
BioArk leaf sampling kits. LGC carried out DNA extraction, GBS library 
            
126
construction (MslI restriction enzyme, NEB) and Illumina NextSeq 
126
construction (MslI restriction enzyme, NEB) and Illumina NextSeq 
            
127
sequencing, 150 bp paired-end.",
127
sequencing, 150 bp paired-end.",
            
128
  "publish_to_public": true,
128
  "publish_to_public": true,
            
129
  "related_resource": [
129
  "related_resource": [
            
130
    "Huang, J., Byrne, S., Sheridan, O., Byrne, T., Hodkinson, T. R., 
130
    "Huang, J., Byrne, S., Sheridan, O., Byrne, T., Hodkinson, T. R., 
            
131
Kelleher, C., Barth, S., Nemesio-Gorriz, M. & Rathore, D. S. (2026). 
131
Kelleher, C., Barth, S., Nemesio-Gorriz, M. & Rathore, D. S. (2026). 
            
132
Genetic diversity assessment and genomic prediction in alder (Alnus 
132
Genetic diversity assessment and genomic prediction in alder (Alnus 
            
133
glutinosa) to support seed orchard improvement and sustainable 
133
glutinosa) to support seed orchard improvement and sustainable 
            
134
forestry. Discover Plants 3, 386. 
134
forestry. Discover Plants 3, 386. 
            
135
https://doi.org/10.1007/s44372-026-00862-z"
135
https://doi.org/10.1007/s44372-026-00862-z"
            
136
  ],
136
  ],
            
137
  "relationships_as_object": [],
137
  "relationships_as_object": [],
            
138
  "relationships_as_subject": [],
138
  "relationships_as_subject": [],
            
139
  "resources": [],
139
  "resources": [],
            
140
  "rights": "",
140
  "rights": "",
            
141
  "spatial": "",
141
  "spatial": "",
            
142
  "spatial_resolution": "",
142
  "spatial_resolution": "",
            
143
  "spatial_uri": "",
143
  "spatial_uri": "",
            
144
  "srs": [],
144
  "srs": [],
            
t
145
  "state": "approval_needed",
t
145
  "state": "active",
            
146
  "supplementary_data": "",
146
  "supplementary_data": "",
            
147
  "tags": [
147
  "tags": [
            
148
    {
148
    {
            
149
      "display_name": "Alnus glutinosa",
149
      "display_name": "Alnus glutinosa",
            
150
      "id": "dcfabc8a-f042-4127-a60d-014a7087b901",
150
      "id": "dcfabc8a-f042-4127-a60d-014a7087b901",
            
151
      "name": "Alnus glutinosa",
151
      "name": "Alnus glutinosa",
            
152
      "state": "active",
152
      "state": "active",
            
153
      "vocabulary_id": null
153
      "vocabulary_id": null
            
154
    },
154
    },
            
155
    {
155
    {
            
156
      "display_name": "Black alder",
156
      "display_name": "Black alder",
            
157
      "id": "54d3e02c-3b2c-4ca5-9d74-4f1ac83f1716",
157
      "id": "54d3e02c-3b2c-4ca5-9d74-4f1ac83f1716",
            
158
      "name": "Black alder",
158
      "name": "Black alder",
            
159
      "state": "active",
159
      "state": "active",
            
160
      "vocabulary_id": null
160
      "vocabulary_id": null
            
161
    },
161
    },
            
162
    {
162
    {
            
163
      "display_name": "Forestry",
163
      "display_name": "Forestry",
            
164
      "id": "ca8f2709-edc3-4f73-bc62-531cccd39684",
164
      "id": "ca8f2709-edc3-4f73-bc62-531cccd39684",
            
165
      "name": "Forestry",
165
      "name": "Forestry",
            
166
      "state": "active",
166
      "state": "active",
            
167
      "vocabulary_id": null
167
      "vocabulary_id": null
            
168
    },
168
    },
            
169
    {
169
    {
            
170
      "display_name": "Genetic diversity",
170
      "display_name": "Genetic diversity",
            
171
      "id": "06e34980-7eaa-4c84-8b9a-ee7c607e9229",
171
      "id": "06e34980-7eaa-4c84-8b9a-ee7c607e9229",
            
172
      "name": "Genetic diversity",
172
      "name": "Genetic diversity",
            
173
      "state": "active",
173
      "state": "active",
            
174
      "vocabulary_id": null
174
      "vocabulary_id": null
            
175
    },
175
    },
            
176
    {
176
    {
            
177
      "display_name": "Tree",
177
      "display_name": "Tree",
            
178
      "id": "91f97540-977d-4abf-978f-99b212ed3526",
178
      "id": "91f97540-977d-4abf-978f-99b212ed3526",
            
179
      "name": "Tree",
179
      "name": "Tree",
            
180
      "state": "active",
180
      "state": "active",
            
181
      "vocabulary_id": null
181
      "vocabulary_id": null
            
182
    }
182
    }
            
183
  ],
183
  ],
            
184
  "temporal": "",
184
  "temporal": "",
            
185
  "theme": "crops_environment_and_land_use",
185
  "theme": "crops_environment_and_land_use",
            
186
  "title": "Genotyping-by-sequencing of 103 Irish black alder trees",
186
  "title": "Genotyping-by-sequencing of 103 Irish black alder trees",
            
187
  "title_translated": {
187
  "title_translated": {
            
188
    "en": "Genotyping-by-sequencing of 103 Irish black alder trees",
188
    "en": "Genotyping-by-sequencing of 103 Irish black alder trees",
            
189
    "ga": ""
189
    "ga": ""
            
190
  },
190
  },
            
191
  "type": "dataset",
191
  "type": "dataset",
            
192
  "update_frequency": "",
192
  "update_frequency": "",
            
193
  "url": "https://zenodo.org/records/17698837",
193
  "url": "https://zenodo.org/records/17698837",
            
194
  "version": "",
194
  "version": "",
            
195
  "vertical_extent": ""
195
  "vertical_extent": ""
            
196
}
196
}