Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "api_access_url": "",
2
  "api_access_url": "",
            
3
  "api_response_formats": [],
3
  "api_response_formats": [],
            
4
  "api_type": "",
4
  "api_type": "",
            
5
  "author": null,
5
  "author": null,
            
6
  "author_email": null,
6
  "author_email": null,
            
7
  "citation": "Byrne, S. (2025). Genome-Wide Association Study (GWAS) 
7
  "citation": "Byrne, S. (2025). Genome-Wide Association Study (GWAS) 
            
8
for heading date and crown rust resistance in perennial ryegrass. 
8
for heading date and crown rust resistance in perennial ryegrass. 
            
9
[Data set]. Teagasc - The Irish Agriculture and Food Development 
9
[Data set]. Teagasc - The Irish Agriculture and Food Development 
            
10
Authority. https://doi.org/10.82253/YKFT-M434",
10
Authority. https://doi.org/10.82253/YKFT-M434",
            
11
  "commercial_data": "false",
11
  "commercial_data": "false",
            
12
  "conforms_to": "",
12
  "conforms_to": "",
            
13
  "contact_email": "stephen.byrne@teagasc.ie",
13
  "contact_email": "stephen.byrne@teagasc.ie",
            
14
  "contact_name": "Dr Stephen Byrne ",
14
  "contact_name": "Dr Stephen Byrne ",
            
15
  "creator_user_id": "68d970d0-ff26-4dfe-ab51-46dde87e3f23",
15
  "creator_user_id": "68d970d0-ff26-4dfe-ab51-46dde87e3f23",
            
16
  "data_creator": [],
16
  "data_creator": [],
            
17
  "description_english": "This work aimed to identify Quantitative 
17
  "description_english": "This work aimed to identify Quantitative 
            
18
Trait Loci associated with heading date and crown rust in perennial 
18
Trait Loci associated with heading date and crown rust in perennial 
            
19
ryegrass. Full details on the collection and analysis of phenotypic 
19
ryegrass. Full details on the collection and analysis of phenotypic 
            
20
data can be found in https://doi.org/10.1038/s41598-017-03232-8 and 
20
data can be found in https://doi.org/10.1038/s41598-017-03232-8 and 
            
21
https://doi.org/10.1186/s12863-018-0613-z , and associated  raw 
21
https://doi.org/10.1186/s12863-018-0613-z , and associated  raw 
            
22
genotyping-by-sequencing (GBS) data is available at the NCBI 
22
genotyping-by-sequencing (GBS) data is available at the NCBI 
            
23
(BioProject accession PRJNA352789). When those initial studies were 
23
(BioProject accession PRJNA352789). When those initial studies were 
            
24
carried out a  pseudochromosome scale assembly of perennial ryegrass 
24
carried out a  pseudochromosome scale assembly of perennial ryegrass 
            
25
was not yet available. In this work, the GBS data has been re-analysed 
25
was not yet available. In this work, the GBS data has been re-analysed 
            
26
using the pseudochromosome  scale assembly as a reference, a new SNP 
26
using the pseudochromosome  scale assembly as a reference, a new SNP 
            
27
database established, and used to carry out a GWAS.  \r\n",
27
database established, and used to carry out a GWAS.  \r\n",
            
28
  "description_translated": "",
28
  "description_translated": "",
            
29
  "doi": "doi.org/10.82253/YKFT-M434",
29
  "doi": "doi.org/10.82253/YKFT-M434",
            
30
  "equipment_used": "",
30
  "equipment_used": "",
            
31
  "funding_acknowledgment": "",
31
  "funding_acknowledgment": "",
            
32
  "geographic_coverage": "",
32
  "geographic_coverage": "",
            
33
  "groups": [],
33
  "groups": [],
            
34
  "high_value_data": "false",
34
  "high_value_data": "false",
            
35
  "id": "009b6b48-0b8b-49d0-9ad9-f761ca0a7f4e",
35
  "id": "009b6b48-0b8b-49d0-9ad9-f761ca0a7f4e",
            
36
  "if_not_open_why": "",
36
  "if_not_open_why": "",
            
37
  "isopen": false,
37
  "isopen": false,
            
38
  "language": "en",
38
  "language": "en",
            
39
  "license_id": "cc-by-nc",
39
  "license_id": "cc-by-nc",
            
40
  "license_title": "CC-BY-NC",
40
  "license_title": "CC-BY-NC",
            
41
  "maintainer": null,
41
  "maintainer": null,
            
42
  "maintainer_email": null,
42
  "maintainer_email": null,
            
43
  "metadata_created": "2025-09-24T11:28:18.660767",
43
  "metadata_created": "2025-09-24T11:28:18.660767",
            
n
44
  "metadata_modified": "2025-09-24T11:34:14.395030",
n
44
  "metadata_modified": "2025-09-24T11:35:05.420455",
            
45
  "name": 
45
  "name": 
            
46
was-for-heading-date-and-crown-rust-resistance-in-perennial-ryegrass",
46
was-for-heading-date-and-crown-rust-resistance-in-perennial-ryegrass",
            
47
  "num_resources": 1,
47
  "num_resources": 1,
            
48
  "num_tags": 4,
48
  "num_tags": 4,
            
49
  "open_data": "Open data",
49
  "open_data": "Open data",
            
50
  "orcid_id": "http://orcid.org/0000-0002-1179-2272",
50
  "orcid_id": "http://orcid.org/0000-0002-1179-2272",
            
51
  "organization": {
51
  "organization": {
            
52
    "approval_status": "approved",
52
    "approval_status": "approved",
            
53
    "created": "2025-09-02T11:44:16.121764",
53
    "created": "2025-09-02T11:44:16.121764",
            
54
    "description": "",
54
    "description": "",
            
55
    "id": "9cf31806-11fa-422c-b1d4-a68a52abd204",
55
    "id": "9cf31806-11fa-422c-b1d4-a68a52abd204",
            
56
    "image_url": "",
56
    "image_url": "",
            
57
    "is_organization": true,
57
    "is_organization": true,
            
58
    "name": "crops-research",
58
    "name": "crops-research",
            
59
    "state": "active",
59
    "state": "active",
            
60
    "title": "Crops Research",
60
    "title": "Crops Research",
            
61
    "type": "organization"
61
    "type": "organization"
            
62
  },
62
  },
            
63
  "owner_org": "9cf31806-11fa-422c-b1d4-a68a52abd204",
63
  "owner_org": "9cf31806-11fa-422c-b1d4-a68a52abd204",
            
64
  "personal_data_flag": "false",
64
  "personal_data_flag": "false",
            
65
  "personal_sensitive_data": "false",
65
  "personal_sensitive_data": "false",
            
66
  "private": false,
66
  "private": false,
            
67
  "provenance": "+ Heading date Please see 
67
  "provenance": "+ Heading date Please see 
            
68
https://doi.org/10.1038/s41598-017-03232-8 for full details on data 
68
https://doi.org/10.1038/s41598-017-03232-8 for full details on data 
            
69
collection and analysis.   + Crown rust Please see 
69
collection and analysis.   + Crown rust Please see 
            
70
https://doi.org/10.1186/s12863-018-0613-z for full details on data 
70
https://doi.org/10.1186/s12863-018-0613-z for full details on data 
            
71
collection and analysis.   + SNPs SNPs were identified by mapping GBS 
71
collection and analysis.   + SNPs SNPs were identified by mapping GBS 
            
72
data for each plant back to the reference genome 
72
data for each plant back to the reference genome 
            
73
(https://doi.org/10.1186/s12864-022-08697-0) and identifying genetic 
73
(https://doi.org/10.1186/s12864-022-08697-0) and identifying genetic 
            
74
variation. SNPs are encoded as 0, 1, 2 representing homozygous for 
74
variation. SNPs are encoded as 0, 1, 2 representing homozygous for 
            
75
reference allele, heterozygous, and homozygous for alternate allele, 
75
reference allele, heterozygous, and homozygous for alternate allele, 
            
76
respectively.    + Processing and analysis scripts The GWAS was 
76
respectively.    + Processing and analysis scripts The GWAS was 
            
77
performed in R and the script outlining the analysis is included.  + 
77
performed in R and the script outlining the analysis is included.  + 
            
78
Figures and tables All figures and tables were created through R. The 
78
Figures and tables All figures and tables were created through R. The 
            
79
manhattan plots for each trait are included along with tables of 
79
manhattan plots for each trait are included along with tables of 
            
80
identified QTL. Refer to the  R script for detailed information.",
80
identified QTL. Refer to the  R script for detailed information.",
            
81
  "publish_to_public": "false",
81
  "publish_to_public": "false",
            
82
  "related_resource": [
82
  "related_resource": [
            
83
    "Byrne, S.L., Conaghan, P., Barth, S., Arojju, S.K., Casler, M., 
83
    "Byrne, S.L., Conaghan, P., Barth, S., Arojju, S.K., Casler, M., 
            
84
Michel, T., Velmurugan, J. and Milbourne, D. (2017) \u2018Using 
84
Michel, T., Velmurugan, J. and Milbourne, D. (2017) \u2018Using 
            
85
variable importance measures to identify a small set of SNPs to 
85
variable importance measures to identify a small set of SNPs to 
            
86
predict heading date in perennial ryegrass\u2019, Scientific Reports, 
86
predict heading date in perennial ryegrass\u2019, Scientific Reports, 
            
87
7(1), p.3566. doi:10.1038/s41598-017-03232-8.",
87
7(1), p.3566. doi:10.1038/s41598-017-03232-8.",
            
88
    "Arojju, S., Conaghan, P., Barth, S., Byrne, S.L., Casler, M., 
88
    "Arojju, S., Conaghan, P., Barth, S., Byrne, S.L., Casler, M., 
            
89
Lynn, D. and Milbourne, D. (2018) \u2018Genomic prediction of crown 
89
Lynn, D. and Milbourne, D. (2018) \u2018Genomic prediction of crown 
            
90
rust resistance in Lolium perenne\u2019, BMC Genetics, 19(1), p.35. 
90
rust resistance in Lolium perenne\u2019, BMC Genetics, 19(1), p.35. 
            
91
doi:10.1186/s12863-018-0613-z."
91
doi:10.1186/s12863-018-0613-z."
            
92
  ],
92
  ],
            
93
  "relationships_as_object": [],
93
  "relationships_as_object": [],
            
94
  "relationships_as_subject": [],
94
  "relationships_as_subject": [],
            
95
  "resources": [
95
  "resources": [
            
96
    {
96
    {
            
97
      "api_access_url": "",
97
      "api_access_url": "",
            
98
      "api_response_formats": [],
98
      "api_response_formats": [],
            
99
      "api_type": "",
99
      "api_type": "",
            
100
      "cache_last_updated": null,
100
      "cache_last_updated": null,
            
101
      "cache_url": null,
101
      "cache_url": null,
            
102
      "created": "2025-08-18T11:56:22.988659",
102
      "created": "2025-08-18T11:56:22.988659",
            
103
      "datastore_active": false,
103
      "datastore_active": false,
            
104
      "description": null,
104
      "description": null,
            
105
      "format": "ZIP",
105
      "format": "ZIP",
            
106
      "hash": "",
106
      "hash": "",
            
107
      "id": "2541bce1-ec6b-4957-9f16-d39f9882c6e0",
107
      "id": "2541bce1-ec6b-4957-9f16-d39f9882c6e0",
            
108
      "last_modified": null,
108
      "last_modified": null,
            
n
109
      "metadata_modified": "2025-09-24T11:34:14.463368",
n
109
      "metadata_modified": "2025-09-24T11:35:05.445845",
            
110
      "mimetype": null,
110
      "mimetype": null,
            
111
      "mimetype_inner": null,
111
      "mimetype_inner": null,
            
112
      "name": "GWAS Zip File ",
112
      "name": "GWAS Zip File ",
            
t
113
      "notes": "",
t
113
      "notes": "ZIP file contains data, R script, as well as README 
            
114
file",
            
114
      "package_id": "009b6b48-0b8b-49d0-9ad9-f761ca0a7f4e",
115
      "package_id": "009b6b48-0b8b-49d0-9ad9-f761ca0a7f4e",
            
115
      "position": 0,
116
      "position": 0,
            
116
      "resource_type": null,
117
      "resource_type": null,
            
117
      "size": null,
118
      "size": null,
            
118
      "state": "active",
119
      "state": "active",
            
119
      "url": 
120
      "url": 
            
120
1ca0a7f4e/resource/2541bce1-ec6b-4957-9f16-d39f9882c6e0/download/___",
121
1ca0a7f4e/resource/2541bce1-ec6b-4957-9f16-d39f9882c6e0/download/___",
            
121
      "url_type": "upload"
122
      "url_type": "upload"
            
122
    }
123
    }
            
123
  ],
124
  ],
            
124
  "rights": "This license enables reusers to distribute, remix, adapt, 
125
  "rights": "This license enables reusers to distribute, remix, adapt, 
            
125
and build upon the material in any medium or format for noncommercial 
126
and build upon the material in any medium or format for noncommercial 
            
126
purposes only, and only so long as attribution is given to the 
127
purposes only, and only so long as attribution is given to the 
            
127
creator. CC BY-NC includes the following elements:\r\n\r\n BY: credit 
128
creator. CC BY-NC includes the following elements:\r\n\r\n BY: credit 
            
128
must be given to the creator.\r\n NC: Only noncommercial uses of the 
129
must be given to the creator.\r\n NC: Only noncommercial uses of the 
            
129
work are permitted.",
130
work are permitted.",
            
130
  "spatial": "",
131
  "spatial": "",
            
131
  "spatial_resolution": "",
132
  "spatial_resolution": "",
            
132
  "spatial_uri": "",
133
  "spatial_uri": "",
            
133
  "srs": [],
134
  "srs": [],
            
134
  "state": "active",
135
  "state": "active",
            
135
  "supplementary_data": "",
136
  "supplementary_data": "",
            
136
  "tags": [
137
  "tags": [
            
137
    {
138
    {
            
138
      "display_name": "Grass",
139
      "display_name": "Grass",
            
139
      "id": "1b118dc1-532d-4a23-b6c8-dee25aace6f3",
140
      "id": "1b118dc1-532d-4a23-b6c8-dee25aace6f3",
            
140
      "name": "Grass",
141
      "name": "Grass",
            
141
      "state": "active",
142
      "state": "active",
            
142
      "vocabulary_id": null
143
      "vocabulary_id": null
            
143
    },
144
    },
            
144
    {
145
    {
            
145
      "display_name": "Grassland",
146
      "display_name": "Grassland",
            
146
      "id": "732f3589-efc9-47f0-810b-a8ed20a79fe0",
147
      "id": "732f3589-efc9-47f0-810b-a8ed20a79fe0",
            
147
      "name": "Grassland",
148
      "name": "Grassland",
            
148
      "state": "active",
149
      "state": "active",
            
149
      "vocabulary_id": null
150
      "vocabulary_id": null
            
150
    },
151
    },
            
151
    {
152
    {
            
152
      "display_name": "Plant breeding",
153
      "display_name": "Plant breeding",
            
153
      "id": "37ced4f9-4834-417d-a730-a1b6dd2b2f17",
154
      "id": "37ced4f9-4834-417d-a730-a1b6dd2b2f17",
            
154
      "name": "Plant breeding",
155
      "name": "Plant breeding",
            
155
      "state": "active",
156
      "state": "active",
            
156
      "vocabulary_id": null
157
      "vocabulary_id": null
            
157
    },
158
    },
            
158
    {
159
    {
            
159
      "display_name": "Ryegrass",
160
      "display_name": "Ryegrass",
            
160
      "id": "bcd66e99-7de4-459b-a40e-ab04a81a93a5",
161
      "id": "bcd66e99-7de4-459b-a40e-ab04a81a93a5",
            
161
      "name": "Ryegrass",
162
      "name": "Ryegrass",
            
162
      "state": "active",
163
      "state": "active",
            
163
      "vocabulary_id": null
164
      "vocabulary_id": null
            
164
    }
165
    }
            
165
  ],
166
  ],
            
166
  "temporal": "",
167
  "temporal": "",
            
167
  "theme": "crops_environment_and_land_use",
168
  "theme": "crops_environment_and_land_use",
            
168
  "title": "Genome-Wide Association Study (GWAS) for heading date and 
169
  "title": "Genome-Wide Association Study (GWAS) for heading date and 
            
169
crown rust resistance in perennial ryegrass.",
170
crown rust resistance in perennial ryegrass.",
            
170
  "title_translated": {
171
  "title_translated": {
            
171
    "en": "Genome-Wide Association Study (GWAS) for heading date and 
172
    "en": "Genome-Wide Association Study (GWAS) for heading date and 
            
172
crown rust resistance in perennial ryegrass.",
173
crown rust resistance in perennial ryegrass.",
            
173
    "ga": ""
174
    "ga": ""
            
174
  },
175
  },
            
175
  "type": "dataset",
176
  "type": "dataset",
            
176
  "update_frequency": "",
177
  "update_frequency": "",
            
177
  "url": "",
178
  "url": "",
            
178
  "version": "",
179
  "version": "",
            
179
  "vertical_extent": ""
180
  "vertical_extent": ""
            
180
}
181
}