Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "api_access_url": "",
2
  "api_access_url": "",
            
3
  "api_response_formats": [],
3
  "api_response_formats": [],
            
4
  "api_type": "",
4
  "api_type": "",
            
5
  "author": null,
5
  "author": null,
            
6
  "author_email": null,
6
  "author_email": null,
            
7
  "citation": "Keogh K, McKenna C, Waters SM, Porter RK et al. Effect 
7
  "citation": "Keogh K, McKenna C, Waters SM, Porter RK et al. Effect 
            
8
of breed and diet on the M. longissimus thoracis et lumborum 
8
of breed and diet on the M. longissimus thoracis et lumborum 
            
9
transcriptome of steers divergent for residual feed intake. Sci Rep 
9
transcriptome of steers divergent for residual feed intake. Sci Rep 
            
10
2023 Jun 3;13(1):9034. PMID: 37270611",
10
2023 Jun 3;13(1):9034. PMID: 37270611",
            
11
  "commercial_data": "false",
11
  "commercial_data": "false",
            
12
  "conforms_to": "",
12
  "conforms_to": "",
            
13
  "contact_email": "david.kenny@teagasc.ie",
13
  "contact_email": "david.kenny@teagasc.ie",
            
14
  "contact_name": "Dr David Kenny",
14
  "contact_name": "Dr David Kenny",
            
15
  "creator_user_id": "68d970d0-ff26-4dfe-ab51-46dde87e3f23",
15
  "creator_user_id": "68d970d0-ff26-4dfe-ab51-46dde87e3f23",
            
16
  "data_creator": [
16
  "data_creator": [
            
17
    "Kate Keogh",
17
    "Kate Keogh",
            
18
    "Clare McKenna",
18
    "Clare McKenna",
            
19
    " Sinead M.Waters",
19
    " Sinead M.Waters",
            
20
    "Richard K. Porter",
20
    "Richard K. Porter",
            
21
    "Claire Fitzsimons",
21
    "Claire Fitzsimons",
            
22
    "Mark McGee"
22
    "Mark McGee"
            
23
  ],
23
  ],
            
24
  "doi": "",
24
  "doi": "",
            
25
  "equipment_used": "",
25
  "equipment_used": "",
            
26
  "funding_acknowledgment": "",
26
  "funding_acknowledgment": "",
            
27
  "geographic_coverage": "",
27
  "geographic_coverage": "",
            
28
  "groups": [],
28
  "groups": [],
            
29
  "high_value_data": "false",
29
  "high_value_data": "false",
            
30
  "id": "abef3c2a-2737-4b4a-85d3-33ae9c22b9e2",
30
  "id": "abef3c2a-2737-4b4a-85d3-33ae9c22b9e2",
            
31
  "if_not_open_why": "",
31
  "if_not_open_why": "",
            
32
  "isopen": false,
32
  "isopen": false,
            
33
  "language": "en",
33
  "language": "en",
            
34
  "license_id": "notspecified",
34
  "license_id": "notspecified",
            
35
  "license_title": "Licence Not Specified",
35
  "license_title": "Licence Not Specified",
            
36
  "maintainer": null,
36
  "maintainer": null,
            
37
  "maintainer_email": null,
37
  "maintainer_email": null,
            
38
  "metadata_created": "2026-09-29T15:40:20.505582",
38
  "metadata_created": "2026-09-29T15:40:20.505582",
            
n
39
  "metadata_modified": "2026-09-29T15:40:20.505588",
n
39
  "metadata_modified": "2026-09-29T16:08:51.827542",
            
40
  "name": 
40
  "name": 
            
41
reed-on-global-gene-expression-profiles-of-animals-divergent-for-rfi",
41
reed-on-global-gene-expression-profiles-of-animals-divergent-for-rfi",
            
42
  "notes_translated": {
42
  "notes_translated": {
            
43
    "en": "RNA-seq data from M. longissimus thoracis et lumborum 
43
    "en": "RNA-seq data from M. longissimus thoracis et lumborum 
            
44
biopsies collected from Charolais (CH) and Holstein-Friesian (HF) beef 
44
biopsies collected from Charolais (CH) and Holstein-Friesian (HF) beef 
            
45
steers ranked as high-RFI (feed inefficient) or low-RFI (feed 
45
steers ranked as high-RFI (feed inefficient) or low-RFI (feed 
            
46
efficient) within breed during each of three consecutive 70-day 
46
efficient) within breed during each of three consecutive 70-day 
            
47
dietary phases: (1) high-concentrate, growing phase (H1); (2) 
47
dietary phases: (1) high-concentrate, growing phase (H1); (2) 
            
48
zero-grazed grass, growing phase (ZG); and (3) high-concentrate, 
48
zero-grazed grass, growing phase (ZG); and (3) high-concentrate, 
            
49
finishing phase (H2). The 12 most extreme high-RFI and 12 most extreme 
49
finishing phase (H2). The 12 most extreme high-RFI and 12 most extreme 
            
50
low-RFI steers per breed and dietary phase were biopsied. Libraries 
50
low-RFI steers per breed and dietary phase were biopsied. Libraries 
            
51
were sequenced (Illumina HiSeq 2500, 50 bp single-end, ~22 million 
51
were sequenced (Illumina HiSeq 2500, 50 bp single-end, ~22 million 
            
52
reads/sample) to identify genes and biological pathways associated 
52
reads/sample) to identify genes and biological pathways associated 
            
53
with RFI and to test whether these are consistent across breed and 
53
with RFI and to test whether these are consistent across breed and 
            
54
diet. No gene was consistently differentially expressed across all six 
54
diet. No gene was consistently differentially expressed across all six 
            
55
breed x diet comparisons; however, processes related to fatty acid 
55
breed x diet comparisons; however, processes related to fatty acid 
            
56
metabolism, immune function, energy production and muscle growth were 
56
metabolism, immune function, energy production and muscle growth were 
            
57
common across comparisons.",
57
common across comparisons.",
            
58
    "ga": ""
58
    "ga": ""
            
59
  },
59
  },
            
60
  "num_resources": 0,
60
  "num_resources": 0,
            
61
  "num_tags": 5,
61
  "num_tags": 5,
            
62
  "open_data": "Open data",
62
  "open_data": "Open data",
            
63
  "orcid_id": "",
63
  "orcid_id": "",
            
64
  "organization": {
64
  "organization": {
            
65
    "approval_status": "approved",
65
    "approval_status": "approved",
            
66
    "created": "2025-09-12T14:20:31.985845",
66
    "created": "2025-09-12T14:20:31.985845",
            
67
    "description": "",
67
    "description": "",
            
68
    "id": "b16b4c0b-15bd-4654-b227-792210c7076b",
68
    "id": "b16b4c0b-15bd-4654-b227-792210c7076b",
            
69
    "image_url": "",
69
    "image_url": "",
            
70
    "is_organization": true,
70
    "is_organization": true,
            
71
    "name": "animal-and-bioscience-research",
71
    "name": "animal-and-bioscience-research",
            
72
    "state": "active",
72
    "state": "active",
            
73
    "title": "Animal and Bioscience Research",
73
    "title": "Animal and Bioscience Research",
            
74
    "type": "organization"
74
    "type": "organization"
            
75
  },
75
  },
            
76
  "owner_org": "b16b4c0b-15bd-4654-b227-792210c7076b",
76
  "owner_org": "b16b4c0b-15bd-4654-b227-792210c7076b",
            
77
  "personal_data_flag": "false",
77
  "personal_data_flag": "false",
            
78
  "personal_sensitive_data": "false",
78
  "personal_sensitive_data": "false",
            
79
  "private": false,
79
  "private": false,
            
80
  "provenance": "Raw read quality was checked with FASTQC; adapters 
80
  "provenance": "Raw read quality was checked with FASTQC; adapters 
            
81
and low-quality reads were removed with Cutadapt. Trimmed reads were 
81
and low-quality reads were removed with Cutadapt. Trimmed reads were 
            
82
aligned to the bovine reference genome ARS-UCD1.2 with STAR (mean 
82
aligned to the bovine reference genome ARS-UCD1.2 with STAR (mean 
            
83
90.62% mapped), and gene-level counts for protein-coding genes were 
83
90.62% mapped), and gene-level counts for protein-coding genes were 
            
84
generated using STAR \"quantMode GeneCounts\" against the Ensembl v87 
84
generated using STAR \"quantMode GeneCounts\" against the Ensembl v87 
            
85
annotation. Genes with <1 count per million in at least half the 
85
annotation. Genes with <1 count per million in at least half the 
            
86
samples per comparison were removed; data were TMM-normalised and 
86
samples per comparison were removed; data were TMM-normalised and 
            
87
differential expression between H- and L-RFI steers was tested within 
87
differential expression between H- and L-RFI steers was tested within 
            
88
each breed x diet comparison using exact tests in edgeR. A separate 
88
each breed x diet comparison using exact tests in edgeR. A separate 
            
89
model evaluated the breed x diet interaction (RFI as class variable, 
89
model evaluated the breed x diet interaction (RFI as class variable, 
            
90
animal as random effect). DEGs were defined as Benjamini-Hochberg FDR 
90
animal as random effect). DEGs were defined as Benjamini-Hochberg FDR 
            
91
< 0.1 and fold change > 1.5 (230 DEGs across six comparisons; 23 
91
< 0.1 and fold change > 1.5 (230 DEGs across six comparisons; 23 
            
92
interaction genes). DEGs were annotated and analysed for pathway 
92
interaction genes). DEGs were annotated and analysed for pathway 
            
93
enrichment using Ingenuity Pathway Analysis (Qiagen).",
93
enrichment using Ingenuity Pathway Analysis (Qiagen).",
            
94
  "publish_to_public": true,
94
  "publish_to_public": true,
            
95
  "related_resource": [
95
  "related_resource": [
            
96
    "Keogh, K., McKenna, C., Waters, S. M., Porter, R. K., Fitzsimons, 
96
    "Keogh, K., McKenna, C., Waters, S. M., Porter, R. K., Fitzsimons, 
            
97
C., McGee, M. & Kenny, D. A. (2023). Effect of breed and diet on the 
97
C., McGee, M. & Kenny, D. A. (2023). Effect of breed and diet on the 
            
98
M. longissimus thoracis et lumborum transcriptome of steers divergent 
98
M. longissimus thoracis et lumborum transcriptome of steers divergent 
            
99
for residual feed intake. Scientific Reports 13, 9034. 
99
for residual feed intake. Scientific Reports 13, 9034. 
            
100
https://doi.org/10.1038/s41598-023-35661-z"
100
https://doi.org/10.1038/s41598-023-35661-z"
            
101
  ],
101
  ],
            
102
  "relationships_as_object": [],
102
  "relationships_as_object": [],
            
103
  "relationships_as_subject": [],
103
  "relationships_as_subject": [],
            
104
  "resources": [],
104
  "resources": [],
            
105
  "rights": "",
105
  "rights": "",
            
106
  "spatial": "",
106
  "spatial": "",
            
107
  "spatial_resolution": "",
107
  "spatial_resolution": "",
            
108
  "spatial_uri": "",
108
  "spatial_uri": "",
            
109
  "srs": [],
109
  "srs": [],
            
n
110
  "state": "approval_needed",
n
110
  "state": "active",
            
111
  "supplementary_data": "",
111
  "supplementary_data": "",
            
112
  "tags": [
112
  "tags": [
            
113
    {
113
    {
            
114
      "display_name": "Feed efficiency",
114
      "display_name": "Feed efficiency",
            
115
      "id": "766c049d-87b5-468d-8925-e6cfc6e8e465",
115
      "id": "766c049d-87b5-468d-8925-e6cfc6e8e465",
            
116
      "name": "Feed efficiency",
116
      "name": "Feed efficiency",
            
117
      "state": "active",
117
      "state": "active",
            
118
      "vocabulary_id": null
118
      "vocabulary_id": null
            
119
    },
119
    },
            
120
    {
120
    {
            
121
      "display_name": "RNA-seq",
121
      "display_name": "RNA-seq",
            
122
      "id": "6778acec-6cd4-45d6-961e-9dafc9403e5a",
122
      "id": "6778acec-6cd4-45d6-961e-9dafc9403e5a",
            
123
      "name": "RNA-seq",
123
      "name": "RNA-seq",
            
124
      "state": "active",
124
      "state": "active",
            
125
      "vocabulary_id": null
125
      "vocabulary_id": null
            
126
    },
126
    },
            
127
    {
127
    {
            
128
      "display_name": "Residual feed intake",
128
      "display_name": "Residual feed intake",
            
129
      "id": "1289a37d-3426-4ca3-8f75-57fb0d17aedd",
129
      "id": "1289a37d-3426-4ca3-8f75-57fb0d17aedd",
            
130
      "name": "Residual feed intake",
130
      "name": "Residual feed intake",
            
131
      "state": "active",
131
      "state": "active",
            
132
      "vocabulary_id": null
132
      "vocabulary_id": null
            
133
    },
133
    },
            
134
    {
134
    {
            
135
      "display_name": "beef cattle",
135
      "display_name": "beef cattle",
            
136
      "id": "1b1f9430-8c44-4ec8-84eb-970f6cf75819",
136
      "id": "1b1f9430-8c44-4ec8-84eb-970f6cf75819",
            
137
      "name": "beef cattle",
137
      "name": "beef cattle",
            
138
      "state": "active",
138
      "state": "active",
            
139
      "vocabulary_id": null
139
      "vocabulary_id": null
            
140
    },
140
    },
            
141
    {
141
    {
            
142
      "display_name": "skeletal muscle",
142
      "display_name": "skeletal muscle",
            
143
      "id": "16684b2d-2f75-4d6f-9f7a-c57a1f2816cb",
143
      "id": "16684b2d-2f75-4d6f-9f7a-c57a1f2816cb",
            
144
      "name": "skeletal muscle",
144
      "name": "skeletal muscle",
            
145
      "state": "active",
145
      "state": "active",
            
146
      "vocabulary_id": null
146
      "vocabulary_id": null
            
147
    }
147
    }
            
148
  ],
148
  ],
            
149
  "temporal": "",
149
  "temporal": "",
            
150
  "theme": "animal_and_grassland",
150
  "theme": "animal_and_grassland",
            
151
  "title": "The effect of diet and breed on global gene expression 
151
  "title": "The effect of diet and breed on global gene expression 
            
152
profiles of animals divergent for RFI",
152
profiles of animals divergent for RFI",
            
153
  "title_translated": {
153
  "title_translated": {
            
154
    "en": "The effect of diet and breed on global gene expression 
154
    "en": "The effect of diet and breed on global gene expression 
            
155
profiles of animals divergent for RFI",
155
profiles of animals divergent for RFI",
            
156
    "ga": ""
156
    "ga": ""
            
157
  },
157
  },
            
158
  "type": "dataset",
158
  "type": "dataset",
            
159
  "update_frequency": "",
159
  "update_frequency": "",
            
t
160
  "url": "The sequencing data are available in NCBI\u2019s Gene 
t
160
  "url": 
            
161
Expression Omnibus at [https://www. ncbi.nlm.nih.gov/geo/] and can be 
161
"https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE113135",
            
162
accessed with unique GEO ID GSE113135.",

            
163
  "version": "",
162
  "version": "",
            
164
  "vertical_extent": ""
163
  "vertical_extent": ""
            
165
}
164
}