Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "api_access_url": "",
2
  "api_access_url": "",
            
3
  "api_response_formats": [],
3
  "api_response_formats": [],
            
4
  "api_type": "",
4
  "api_type": "",
            
5
  "author": null,
5
  "author": null,
            
6
  "author_email": null,
6
  "author_email": null,
            
7
  "citation": "",
7
  "citation": "",
            
8
  "commercial_data": "false",
8
  "commercial_data": "false",
            
9
  "conforms_to": "",
9
  "conforms_to": "",
            
10
  "contact_email": "david.kenny@teagasc.ie",
10
  "contact_email": "david.kenny@teagasc.ie",
            
11
  "contact_name": "Dr David Kenny",
11
  "contact_name": "Dr David Kenny",
            
12
  "creator_user_id": "68d970d0-ff26-4dfe-ab51-46dde87e3f23",
12
  "creator_user_id": "68d970d0-ff26-4dfe-ab51-46dde87e3f23",
            
13
  "data_creator": [
13
  "data_creator": [
            
14
    "Sabine Scully",
14
    "Sabine Scully",
            
15
    "Bernadette Earley",
15
    "Bernadette Earley",
            
16
    "Paul E. Smith",
16
    "Paul E. Smith",
            
17
    "Matthew S. J. Finnie",
17
    "Matthew S. J. Finnie",
            
18
    "Catherine McAloon"
18
    "Catherine McAloon"
            
19
  ],
19
  ],
            
20
  "doi": "",
20
  "doi": "",
            
21
  "equipment_used": "",
21
  "equipment_used": "",
            
22
  "funding_acknowledgment": "European Union Horizon 2020, 
22
  "funding_acknowledgment": "European Union Horizon 2020, 
            
23
\"HoloRuminant\" project (grant agreement no. 101000213)",
23
\"HoloRuminant\" project (grant agreement no. 101000213)",
            
24
  "geographic_coverage": "Dairygold Research Farm, Kilworth, Co. Cork, 
24
  "geographic_coverage": "Dairygold Research Farm, Kilworth, Co. Cork, 
            
25
Ireland (Teagasc Animal and Grassland Research and Innovation Centre, 
25
Ireland (Teagasc Animal and Grassland Research and Innovation Centre, 
            
26
Moorepark, Fermoy, Co. Cork).",
26
Moorepark, Fermoy, Co. Cork).",
            
27
  "groups": [],
27
  "groups": [],
            
28
  "high_value_data": "false",
28
  "high_value_data": "false",
            
29
  "id": "ab5c94fe-4fb5-4140-8479-6f7da7645010",
29
  "id": "ab5c94fe-4fb5-4140-8479-6f7da7645010",
            
30
  "if_not_open_why": "",
30
  "if_not_open_why": "",
            
31
  "isopen": false,
31
  "isopen": false,
            
32
  "language": "en",
32
  "language": "en",
            
33
  "license_id": "notspecified",
33
  "license_id": "notspecified",
            
34
  "license_title": "Licence Not Specified",
34
  "license_title": "Licence Not Specified",
            
35
  "maintainer": null,
35
  "maintainer": null,
            
36
  "maintainer_email": null,
36
  "maintainer_email": null,
            
37
  "metadata_created": "2026-10-02T15:44:19.259795",
37
  "metadata_created": "2026-10-02T15:44:19.259795",
            
n
38
  "metadata_modified": "2026-10-02T15:44:19.259806",
n
38
  "metadata_modified": "2026-10-02T15:52:27.377800",
            
39
  "name": "bovine-colostrum-raw-sequence-reads",
39
  "name": "bovine-colostrum-raw-sequence-reads",
            
40
  "notes_translated": {
40
  "notes_translated": {
            
41
    "en": "16S rRNA gene (V4 region) amplicon sequencing data and 
41
    "en": "16S rRNA gene (V4 region) amplicon sequencing data and 
            
42
associated colostrum quality data from 21 processed colostrum samples 
42
associated colostrum quality data from 21 processed colostrum samples 
            
43
collected immediately before calf feeding on a single spring-calving 
43
collected immediately before calf feeding on a single spring-calving 
            
44
Holstein-Friesian and Jersey dairy herd (Dairygold Research Farm, 
44
Holstein-Friesian and Jersey dairy herd (Dairygold Research Farm, 
            
45
Kilworth, Co. Cork) during the spring 2022 calving season. Colostrum 
45
Kilworth, Co. Cork) during the spring 2022 calving season. Colostrum 
            
46
from 31 primiparous and multiparous donors was refrigerated at 4 C for 
46
from 31 primiparous and multiparous donors was refrigerated at 4 C for 
            
47
up to 24 h, combined with a second donor's colostrum where needed (no 
47
up to 24 h, combined with a second donor's colostrum where needed (no 
            
48
more than two donors per sample), and reheated to 38 C in a water bath 
48
more than two donors per sample), and reheated to 38 C in a water bath 
            
49
for 60 min before sampling. The dataset characterises the prokaryotic 
49
for 60 min before sampling. The dataset characterises the prokaryotic 
            
50
community of colostrum as it is commonly managed on commercial dairy 
50
community of colostrum as it is commonly managed on commercial dairy 
            
51
farms, and complements an earlier dataset on fresh colostrum from the 
51
farms, and complements an earlier dataset on fresh colostrum from the 
            
52
same herd and calving season. Colostral immunoglobulin (Ig A, Ig G, Ig 
52
same herd and calving season. Colostral immunoglobulin (Ig A, Ig G, Ig 
            
53
M) concentrations were measured by single radial immunodiffusion. 
53
M) concentrations were measured by single radial immunodiffusion. 
            
54
Breed and parity had no effect on alpha- or beta-diversity; the 
54
Breed and parity had no effect on alpha- or beta-diversity; the 
            
55
community was low in diversity, heterogeneous across samples, and 
55
community was low in diversity, heterogeneous across samples, and 
            
56
dominated by Pseudomonas and Acinetobacter (bacteria) and 
56
dominated by Pseudomonas and Acinetobacter (bacteria) and 
            
57
Methanobrevibacter (archaea).\r\n",
57
Methanobrevibacter (archaea).\r\n",
            
58
    "ga": ""
58
    "ga": ""
            
59
  },
59
  },
            
60
  "num_resources": 0,
60
  "num_resources": 0,
            
61
  "num_tags": 4,
61
  "num_tags": 4,
            
62
  "open_data": "Open data",
62
  "open_data": "Open data",
            
63
  "orcid_id": "https://orcid.org/0000-0001-9204-098X",
63
  "orcid_id": "https://orcid.org/0000-0001-9204-098X",
            
64
  "organization": {
64
  "organization": {
            
65
    "approval_status": "approved",
65
    "approval_status": "approved",
            
66
    "created": "2025-09-12T14:20:31.985845",
66
    "created": "2025-09-12T14:20:31.985845",
            
67
    "description": "",
67
    "description": "",
            
68
    "id": "b16b4c0b-15bd-4654-b227-792210c7076b",
68
    "id": "b16b4c0b-15bd-4654-b227-792210c7076b",
            
69
    "image_url": "",
69
    "image_url": "",
            
70
    "is_organization": true,
70
    "is_organization": true,
            
71
    "name": "animal-and-bioscience-research",
71
    "name": "animal-and-bioscience-research",
            
72
    "state": "active",
72
    "state": "active",
            
73
    "title": "Animal and Bioscience Research",
73
    "title": "Animal and Bioscience Research",
            
74
    "type": "organization"
74
    "type": "organization"
            
75
  },
75
  },
            
76
  "owner_org": "b16b4c0b-15bd-4654-b227-792210c7076b",
76
  "owner_org": "b16b4c0b-15bd-4654-b227-792210c7076b",
            
77
  "personal_data_flag": "false",
77
  "personal_data_flag": "false",
            
78
  "personal_sensitive_data": "false",
78
  "personal_sensitive_data": "false",
            
79
  "private": false,
79
  "private": false,
            
80
  "provenance": "Colostrum was collected from each quarter within 2-6 
80
  "provenance": "Colostrum was collected from each quarter within 2-6 
            
81
h of calving using a portable milking unit, following sterile 
81
h of calving using a portable milking unit, following sterile 
            
82
microbiome sampling procedures (equipment cleaned with antimicrobial 
82
microbiome sampling procedures (equipment cleaned with antimicrobial 
            
83
soap and boiling water, teats and clusters disinfected with 70% 
83
soap and boiling water, teats and clusters disinfected with 70% 
            
84
ethanol). Each donor's colostrum was stored separately in sterile 
84
ethanol). Each donor's colostrum was stored separately in sterile 
            
85
buckets at 4 C for no more than 24 h, combined with a second donor 
85
buckets at 4 C for no more than 24 h, combined with a second donor 
            
86
where needed, and reheated to 38 C in a water bath for 60 min. Calves 
86
where needed, and reheated to 38 C in a water bath for 60 min. Calves 
            
87
(n = 21) did not receive colostrum from their own dam and were fed 
87
(n = 21) did not receive colostrum from their own dam and were fed 
            
88
8.5% of birthweight within 2 h of birth. Immediately before feeding, 
88
8.5% of birthweight within 2 h of birth. Immediately before feeding, 
            
89
30 mL was collected aseptically into three sterile 10 mL tubes, snap 
89
30 mL was collected aseptically into three sterile 10 mL tubes, snap 
            
90
frozen in liquid nitrogen and stored at -80 C.   Samples were thawed 
90
frozen in liquid nitrogen and stored at -80 C.   Samples were thawed 
            
91
stepwise (-20 C for 24 h, then 4 C for 24 h), treated with EDTA and 
91
stepwise (-20 C for 24 h, then 4 C for 24 h), treated with EDTA and 
            
92
centrifuged (4,500 x g, 20 min, 4 C). The fat layer was discarded, the 
92
centrifuged (4,500 x g, 20 min, 4 C). The fat layer was discarded, the 
            
93
supernatant kept for sRID assays, and the microbial pellet used for 
93
supernatant kept for sRID assays, and the microbial pellet used for 
            
94
DNA extraction (Qiagen DNeasy PowerSoil Pro Kit, repeated bead 
94
DNA extraction (Qiagen DNeasy PowerSoil Pro Kit, repeated bead 
            
95
beating). Bacterial DNA presence was confirmed by qPCR (Kittelmann et 
95
beating). Bacterial DNA presence was confirmed by qPCR (Kittelmann et 
            
96
al. 2013 method). Library preparation and sequencing were performed by 
96
al. 2013 method). Library preparation and sequencing were performed by 
            
97
Macrogen (Seoul, South Korea): V4 region amplified with 515F/806R 
97
Macrogen (Seoul, South Korea): V4 region amplified with 515F/806R 
            
98
primers carrying Nextera overhang adapters, 25 PCR cycles, AMPure 
98
primers carrying Nextera overhang adapters, 25 PCR cycles, AMPure 
            
99
purification, sequenced on an Illumina MiSeq with the 500-cycle v2 
99
purification, sequenced on an Illumina MiSeq with the 500-cycle v2 
            
100
reagent kit on one flow cell.   Herd management: cows and heifers 
100
reagent kit on one flow cell.   Herd management: cows and heifers 
            
101
grazed perennial ryegrass/white clover until November, then were 
101
grazed perennial ryegrass/white clover until November, then were 
            
102
housed on grass silage ad libitum without concentrate. Dry-off 
102
housed on grass silage ad libitum without concentrate. Dry-off 
            
103
treatments included parasite control and teat sealant for multiparous 
103
treatments included parasite control and teat sealant for multiparous 
            
104
cows; 11 multiparous cows with SCC > 100,000 also received 
104
cows; 11 multiparous cows with SCC > 100,000 also received 
            
105
intramammary antibiotic.   Full protocols: Scully et al. (2026) PLOS 
105
intramammary antibiotic.   Full protocols: Scully et al. (2026) PLOS 
            
106
ONE 21(7), e0353693, and Scully et al. (2025) PLOS ONE 20(10), 
106
ONE 21(7), e0353693, and Scully et al. (2025) PLOS ONE 20(10), 
            
107
e0335718.",
107
e0335718.",
            
108
  "publish_to_public": true,
108
  "publish_to_public": true,
            
109
  "related_resource": [
109
  "related_resource": [
            
110
    "Scully, S., Earley, B., Smith, P. E., Finnie, M. S. J., McAloon, 
110
    "Scully, S., Earley, B., Smith, P. E., Finnie, M. S. J., McAloon, 
            
111
C., Kenny, D. A. & Waters, S. M. (2026). Characterisation of the 
111
C., Kenny, D. A. & Waters, S. M. (2026). Characterisation of the 
            
112
bacterial and archaeal microbiota in processed colostrum collected 
112
bacterial and archaeal microbiota in processed colostrum collected 
            
113
from a spring-calving dairy herd. PLOS ONE 21(7), e0353693. 
113
from a spring-calving dairy herd. PLOS ONE 21(7), e0353693. 
            
114
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0353693"
114
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0353693"
            
115
  ],
115
  ],
            
116
  "relationships_as_object": [],
116
  "relationships_as_object": [],
            
117
  "relationships_as_subject": [],
117
  "relationships_as_subject": [],
            
118
  "resources": [],
118
  "resources": [],
            
119
  "rights": "",
119
  "rights": "",
            
120
  "spatial": "",
120
  "spatial": "",
            
121
  "spatial_resolution": "",
121
  "spatial_resolution": "",
            
122
  "spatial_uri": "",
122
  "spatial_uri": "",
            
123
  "srs": [],
123
  "srs": [],
            
t
124
  "state": "approval_needed",
t
124
  "state": "active",
            
125
  "supplementary_data": "",
125
  "supplementary_data": "",
            
126
  "tags": [
126
  "tags": [
            
127
    {
127
    {
            
128
      "display_name": "Colostrum",
128
      "display_name": "Colostrum",
            
129
      "id": "4876f8bf-6c37-4d11-9116-8a33b8b009c4",
129
      "id": "4876f8bf-6c37-4d11-9116-8a33b8b009c4",
            
130
      "name": "Colostrum",
130
      "name": "Colostrum",
            
131
      "state": "active",
131
      "state": "active",
            
132
      "vocabulary_id": null
132
      "vocabulary_id": null
            
133
    },
133
    },
            
134
    {
134
    {
            
135
      "display_name": "Dairy farming",
135
      "display_name": "Dairy farming",
            
136
      "id": "b81d303f-e320-45a8-8f86-81e6365d5f7a",
136
      "id": "b81d303f-e320-45a8-8f86-81e6365d5f7a",
            
137
      "name": "Dairy farming",
137
      "name": "Dairy farming",
            
138
      "state": "active",
138
      "state": "active",
            
139
      "vocabulary_id": null
139
      "vocabulary_id": null
            
140
    },
140
    },
            
141
    {
141
    {
            
142
      "display_name": "Gene sequencing",
142
      "display_name": "Gene sequencing",
            
143
      "id": "06cd453c-1d85-41ea-bd6b-b2add99540dd",
143
      "id": "06cd453c-1d85-41ea-bd6b-b2add99540dd",
            
144
      "name": "Gene sequencing",
144
      "name": "Gene sequencing",
            
145
      "state": "active",
145
      "state": "active",
            
146
      "vocabulary_id": null
146
      "vocabulary_id": null
            
147
    },
147
    },
            
148
    {
148
    {
            
149
      "display_name": "Microbiome",
149
      "display_name": "Microbiome",
            
150
      "id": "7576d3c7-4914-4113-b5c1-b1a9e95c1436",
150
      "id": "7576d3c7-4914-4113-b5c1-b1a9e95c1436",
            
151
      "name": "Microbiome",
151
      "name": "Microbiome",
            
152
      "state": "active",
152
      "state": "active",
            
153
      "vocabulary_id": null
153
      "vocabulary_id": null
            
154
    }
154
    }
            
155
  ],
155
  ],
            
156
  "temporal": "January-March 2022",
156
  "temporal": "January-March 2022",
            
157
  "theme": "animal_and_grassland",
157
  "theme": "animal_and_grassland",
            
158
  "title": "Bovine Colostrum Raw sequence reads",
158
  "title": "Bovine Colostrum Raw sequence reads",
            
159
  "title_translated": {
159
  "title_translated": {
            
160
    "en": "Bovine Colostrum Raw sequence reads",
160
    "en": "Bovine Colostrum Raw sequence reads",
            
161
    "ga": ""
161
    "ga": ""
            
162
  },
162
  },
            
163
  "type": "dataset",
163
  "type": "dataset",
            
164
  "update_frequency": "",
164
  "update_frequency": "",
            
165
  "url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1136803/",
165
  "url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1136803/",
            
166
  "version": "",
166
  "version": "",
            
167
  "vertical_extent": ""
167
  "vertical_extent": ""
            
168
}
168
}