Changes

              
    

          
          
        
        

            
f
1
{
f
1
{
            
2
  "api_access_url": "",
2
  "api_access_url": "",
            
3
  "api_response_formats": [],
3
  "api_response_formats": [],
            
4
  "api_type": "",
4
  "api_type": "",
            
5
  "author": null,
5
  "author": null,
            
6
  "author_email": null,
6
  "author_email": null,
            
7
  "citation": "",
7
  "citation": "",
            
8
  "commercial_data": "false",
8
  "commercial_data": "false",
            
9
  "conforms_to": "",
9
  "conforms_to": "",
            
n
10
  "contact_email": "https://orcid.org/0000-0003-3787-6084",
n
10
  "contact_email": "dheeraj.rathore@teagasc.ie",
            
11
  "contact_name": "Dr Dheeraj Singh Rathore",
11
  "contact_name": "Dr Dheeraj Singh Rathore",
            
12
  "creator_user_id": "68d970d0-ff26-4dfe-ab51-46dde87e3f23",
12
  "creator_user_id": "68d970d0-ff26-4dfe-ab51-46dde87e3f23",
            
13
  "data_creator": [
13
  "data_creator": [
            
14
    "Tom\u00e1s Byrne"
14
    "Tom\u00e1s Byrne"
            
15
  ],
15
  ],
            
16
  "doi": "",
16
  "doi": "",
            
17
  "equipment_used": "",
17
  "equipment_used": "",
            
18
  "funding_acknowledgment": "",
18
  "funding_acknowledgment": "",
            
19
  "geographic_coverage": "",
19
  "geographic_coverage": "",
            
20
  "groups": [],
20
  "groups": [],
            
21
  "high_value_data": "false",
21
  "high_value_data": "false",
            
22
  "id": "01a12f2c-9aa7-472b-8de2-1d5dd664853a",
22
  "id": "01a12f2c-9aa7-472b-8de2-1d5dd664853a",
            
23
  "if_not_open_why": "",
23
  "if_not_open_why": "",
            
24
  "isopen": false,
24
  "isopen": false,
            
25
  "language": "en",
25
  "language": "en",
            
26
  "license_id": "notspecified",
26
  "license_id": "notspecified",
            
27
  "license_title": "Licence Not Specified",
27
  "license_title": "Licence Not Specified",
            
28
  "maintainer": null,
28
  "maintainer": null,
            
29
  "maintainer_email": null,
29
  "maintainer_email": null,
            
30
  "metadata_created": "2026-10-05T16:27:20.453963",
30
  "metadata_created": "2026-10-05T16:27:20.453963",
            
n
31
  "metadata_modified": "2026-10-05T16:27:20.453974",
n
31
  "metadata_modified": "2026-10-05T16:28:07.726468",
            
32
  "name": 
32
  "name": 
            
33
ome-structure-across-phyllosphere-compartments-of-eucalyptus-cinerea",
33
ome-structure-across-phyllosphere-compartments-of-eucalyptus-cinerea",
            
34
  "notes_translated": {
34
  "notes_translated": {
            
35
    "en": "Fungal ITS amplicon sequencing data (Illumina NovaSeq, 2 x 
35
    "en": "Fungal ITS amplicon sequencing data (Illumina NovaSeq, 2 x 
            
36
150 bp) from leaf, stem and bark tissues of five Eucalyptus cinerea 
36
150 bp) from leaf, stem and bark tissues of five Eucalyptus cinerea 
            
37
trees in an intensively managed commercial cut foliage plantation in 
37
trees in an intensively managed commercial cut foliage plantation in 
            
38
Co. Dublin, sampled on one day in July 2024. Tissues were pooled by 
38
Co. Dublin, sampled on one day in July 2024. Tissues were pooled by 
            
39
compartment within each tree, giving 15 samples (5 trees x 3 
39
compartment within each tree, giving 15 samples (5 trees x 3 
            
40
compartments). Tissues were not surface-sterilised, so the profiles 
40
compartments). Tissues were not surface-sterilised, so the profiles 
            
41
combine epiphytic and endophytic fungi. After quality control and 
41
combine epiphytic and endophytic fungi. After quality control and 
            
42
DADA2 denoising, 405 fungal ASVs were retained. Bark carried richer, 
42
DADA2 denoising, 405 fungal ASVs were retained. Bark carried richer, 
            
43
more diverse and phylogenetically broader fungal communities than leaf 
43
more diverse and phylogenetically broader fungal communities than leaf 
            
44
and stem: bark was dominated by Diaporthe, Peniophora and Talaromyces, 
44
and stem: bark was dominated by Diaporthe, Peniophora and Talaromyces, 
            
45
and leaf and stem by Vishniacozyma and Sporobolomyces. Both 
45
and leaf and stem by Vishniacozyma and Sporobolomyces. Both 
            
46
compartment (PERMANOVA R2 = 0.239) and tree identity (R2 = 0.451) 
46
compartment (PERMANOVA R2 = 0.239) and tree identity (R2 = 0.451) 
            
47
significantly affected community composition. The dataset is a 
47
significantly affected community composition. The dataset is a 
            
48
baseline description of the fungal microbiome of E. cinerea grown 
48
baseline description of the fungal microbiome of E. cinerea grown 
            
49
commercially under Irish conditions.",
49
commercially under Irish conditions.",
            
50
    "ga": ""
50
    "ga": ""
            
51
  },
51
  },
            
52
  "num_resources": 0,
52
  "num_resources": 0,
            
53
  "num_tags": 5,
53
  "num_tags": 5,
            
54
  "open_data": "Open data",
54
  "open_data": "Open data",
            
55
  "orcid_id": "https://orcid.org/0000-0003-4931-7263",
55
  "orcid_id": "https://orcid.org/0000-0003-4931-7263",
            
56
  "organization": {
56
  "organization": {
            
57
    "approval_status": "approved",
57
    "approval_status": "approved",
            
58
    "created": "2026-10-05T15:46:06.560119",
58
    "created": "2026-10-05T15:46:06.560119",
            
59
    "description": "",
59
    "description": "",
            
60
    "id": "082abffe-7eb8-4f8b-a78e-a664136a1a39",
60
    "id": "082abffe-7eb8-4f8b-a78e-a664136a1a39",
            
61
    "image_url": "",
61
    "image_url": "",
            
62
    "is_organization": true,
62
    "is_organization": true,
            
63
    "name": "forestry-development",
63
    "name": "forestry-development",
            
64
    "state": "active",
64
    "state": "active",
            
65
    "title": "Forestry Development",
65
    "title": "Forestry Development",
            
66
    "type": "organization"
66
    "type": "organization"
            
67
  },
67
  },
            
68
  "owner_org": "082abffe-7eb8-4f8b-a78e-a664136a1a39",
68
  "owner_org": "082abffe-7eb8-4f8b-a78e-a664136a1a39",
            
69
  "personal_data_flag": "false",
69
  "personal_data_flag": "false",
            
70
  "personal_sensitive_data": "false",
70
  "personal_sensitive_data": "false",
            
71
  "private": false,
71
  "private": false,
            
72
  "provenance": "A commercial E. cinerea cut foliage plantation in Co. 
72
  "provenance": "A commercial E. cinerea cut foliage plantation in Co. 
            
73
Dublin, established in 2019 and managed intensively (irrigation, 
73
Dublin, established in 2019 and managed intensively (irrigation, 
            
74
fertilisation, herbicide weed control). Five trees of similar age and 
74
fertilisation, herbicide weed control). Five trees of similar age and 
            
75
management history were selected at random across three production 
75
management history were selected at random across three production 
            
76
fields. From each tree, six leaves, six stem sections (about 2 cm) and 
76
fields. From each tree, six leaves, six stem sections (about 2 cm) and 
            
77
six bark pieces were taken from several canopy positions and pooled by 
77
six bark pieces were taken from several canopy positions and pooled by 
            
78
compartment. All samples were collected on one day, put on ice, and 
78
compartment. All samples were collected on one day, put on ice, and 
            
79
stored at -80 C. Tissues were not surface-sterilised.   DNA and 
79
stored at -80 C. Tissues were not surface-sterilised.   DNA and 
            
80
sequencing: total DNA was extracted with the Qiagen DNeasy Plant Mini 
80
sequencing: total DNA was extracted with the Qiagen DNeasy Plant Mini 
            
81
Kit. Novogene (Cambridge, UK) amplified the fungal ITS region with 
81
Kit. Novogene (Cambridge, UK) amplified the fungal ITS region with 
            
82
primers ITS5-1737F (5'-GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG-3') and ITS2-2043R 
82
primers ITS5-1737F (5'-GGAAGTAAAAGTCGTAACAAGG-3') and ITS2-2043R 
            
83
(5'-GCTGGTTCATTCATCGATGC-3'), prepared libraries, and sequenced them 
83
(5'-GCTGGTTCATTCATCGATGC-3'), prepared libraries, and sequenced them 
            
84
on an Illumina NovaSeq (PE150). Library negative controls produced no 
84
on an Illumina NovaSeq (PE150). Library negative controls produced no 
            
85
detectable amplification and were not sequenced.",
85
detectable amplification and were not sequenced.",
            
86
  "publish_to_public": true,
86
  "publish_to_public": true,
            
87
  "related_resource": [
87
  "related_resource": [
            
88
    "Byrne, T. & Rathore, D. S. (2026). Fungal Microbiome Structure 
88
    "Byrne, T. & Rathore, D. S. (2026). Fungal Microbiome Structure 
            
89
Across Phyllosphere Compartments in Intensively Managed Eucalyptus 
89
Across Phyllosphere Compartments in Intensively Managed Eucalyptus 
            
90
cinerea for Cut Foliage Production. Applied Microbiology 6(7), 76. 
90
cinerea for Cut Foliage Production. Applied Microbiology 6(7), 76. 
            
91
https://doi.org/10.3390/applmicrobiol6070076",
91
https://doi.org/10.3390/applmicrobiol6070076",
            
92
    "Bioinformatic workflows and analysis scripts are available on 
92
    "Bioinformatic workflows and analysis scripts are available on 
            
93
GitHub at: 
93
GitHub at: 
            
94
https://github.com/ByrneTforestry/its-fungal-amplicon-Eucalyptus"
94
https://github.com/ByrneTforestry/its-fungal-amplicon-Eucalyptus"
            
95
  ],
95
  ],
            
96
  "relationships_as_object": [],
96
  "relationships_as_object": [],
            
97
  "relationships_as_subject": [],
97
  "relationships_as_subject": [],
            
98
  "resources": [],
98
  "resources": [],
            
99
  "rights": "",
99
  "rights": "",
            
100
  "spatial": "",
100
  "spatial": "",
            
101
  "spatial_resolution": "",
101
  "spatial_resolution": "",
            
102
  "spatial_uri": "",
102
  "spatial_uri": "",
            
103
  "srs": [],
103
  "srs": [],
            
t
104
  "state": "approval_needed",
t
104
  "state": "active",
            
105
  "supplementary_data": "",
105
  "supplementary_data": "",
            
106
  "tags": [
106
  "tags": [
            
107
    {
107
    {
            
108
      "display_name": "Eucalyptus cinerea",
108
      "display_name": "Eucalyptus cinerea",
            
109
      "id": "bacf9838-9611-47be-840f-9c9dcdf72adc",
109
      "id": "bacf9838-9611-47be-840f-9c9dcdf72adc",
            
110
      "name": "Eucalyptus cinerea",
110
      "name": "Eucalyptus cinerea",
            
111
      "state": "active",
111
      "state": "active",
            
112
      "vocabulary_id": null
112
      "vocabulary_id": null
            
113
    },
113
    },
            
114
    {
114
    {
            
115
      "display_name": "Foliage",
115
      "display_name": "Foliage",
            
116
      "id": "591e0846-195e-4416-bbbd-a71f533a3304",
116
      "id": "591e0846-195e-4416-bbbd-a71f533a3304",
            
117
      "name": "Foliage",
117
      "name": "Foliage",
            
118
      "state": "active",
118
      "state": "active",
            
119
      "vocabulary_id": null
119
      "vocabulary_id": null
            
120
    },
120
    },
            
121
    {
121
    {
            
122
      "display_name": "Mycobiome",
122
      "display_name": "Mycobiome",
            
123
      "id": "6c0be5a8-904b-427d-b535-3719e410662e",
123
      "id": "6c0be5a8-904b-427d-b535-3719e410662e",
            
124
      "name": "Mycobiome",
124
      "name": "Mycobiome",
            
125
      "state": "active",
125
      "state": "active",
            
126
      "vocabulary_id": null
126
      "vocabulary_id": null
            
127
    },
127
    },
            
128
    {
128
    {
            
129
      "display_name": "Phyllosphere microbiome",
129
      "display_name": "Phyllosphere microbiome",
            
130
      "id": "31ec592a-870c-4742-a602-a6cf5af5261a",
130
      "id": "31ec592a-870c-4742-a602-a6cf5af5261a",
            
131
      "name": "Phyllosphere microbiome",
131
      "name": "Phyllosphere microbiome",
            
132
      "state": "active",
132
      "state": "active",
            
133
      "vocabulary_id": null
133
      "vocabulary_id": null
            
134
    },
134
    },
            
135
    {
135
    {
            
136
      "display_name": "Sequencing",
136
      "display_name": "Sequencing",
            
137
      "id": "1883e57e-6a22-4b18-a0ce-47d8e973141c",
137
      "id": "1883e57e-6a22-4b18-a0ce-47d8e973141c",
            
138
      "name": "Sequencing",
138
      "name": "Sequencing",
            
139
      "state": "active",
139
      "state": "active",
            
140
      "vocabulary_id": null
140
      "vocabulary_id": null
            
141
    }
141
    }
            
142
  ],
142
  ],
            
143
  "temporal": "July 2024",
143
  "temporal": "July 2024",
            
144
  "theme": "crops_environment_and_land_use",
144
  "theme": "crops_environment_and_land_use",
            
145
  "title": " Fungal microbiome structure across phyllosphere 
145
  "title": " Fungal microbiome structure across phyllosphere 
            
146
compartments of Eucalyptus cinerea",
146
compartments of Eucalyptus cinerea",
            
147
  "title_translated": {
147
  "title_translated": {
            
148
    "en": " Fungal microbiome structure across phyllosphere 
148
    "en": " Fungal microbiome structure across phyllosphere 
            
149
compartments of Eucalyptus cinerea",
149
compartments of Eucalyptus cinerea",
            
150
    "ga": ""
150
    "ga": ""
            
151
  },
151
  },
            
152
  "type": "dataset",
152
  "type": "dataset",
            
153
  "update_frequency": "",
153
  "update_frequency": "",
            
154
  "url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1460758/ ",
154
  "url": "https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1460758/ ",
            
155
  "version": "",
155
  "version": "",
            
156
  "vertical_extent": ""
156
  "vertical_extent": ""
            
157
}
157
}